More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2141 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2223  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.65 
 
 		 684 aa  803    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.909568 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.17 
 
 		 666 aa  819    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2261  RNA polymerase sigma factor RpoD  86.64 
 
 		 664 aa  1113    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.435799 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.88 
 
 		 666 aa  806    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1479  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.66 
 
 		 672 aa  810    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.67 
 
 		 718 aa  790    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD  81.97 
 
 		 668 aa  1046    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.63 
 
 		 702 aa  800    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493714  normal  0.364288 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1434  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.66 
 
 		 672 aa  810    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.960837  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  66 
 
 		 656 aa  834    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2882  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.65 
 
 		 696 aa  812    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.129916  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1688  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.02 
 
 		 671 aa  812    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585859  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.67 
 
 		 666 aa  790    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4131  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.08 
 
 		 714 aa  799    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2235  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.15 
 
 		 667 aa  771    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2956  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.02 
 
 		 685 aa  806    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.661846  normal  0.765968 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3450  RNA polymerase sigma factor RpoD  83.04 
 
 		 668 aa  1078    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.472971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.07 
 
 		 650 aa  782    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  63 
 
 		 638 aa  776    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.39 
 
 		 666 aa  808    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3972  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.72 
 
 		 711 aa  797    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3299  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.14 
 
 		 685 aa  819    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269398  normal  0.821458 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2866  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.04 
 
 		 717 aa  817    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00102705  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.24 
 
 		 659 aa  807    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0431  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.39 
 
 		 674 aa  775    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213243  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2141  RNA polymerase sigma factor RpoD  100 
 
 		 664 aa  1348    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.320176  normal  0.578732 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0979  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.98 
 
 		 669 aa  796    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0235491  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.97 
 
 		 665 aa  810    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4265  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.61 
 
 		 649 aa  789    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.914604  normal  0.695759 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1465  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.07 
 
 		 668 aa  806    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2049  RNA polymerase sigma factor RpoD  81.97 
 
 		 668 aa  1046    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.176039  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3104  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.24 
 
 		 681 aa  815    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.218533  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.05 
 
 		 667 aa  793    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2698  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.56 
 
 		 685 aa  806    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2129  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.61 
 
 		 710 aa  793    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.22382 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0841  RNA polymerase sigma factor RpoD  82.69 
 
 		 667 aa  1061    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104141  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4072  RNA polymerase sigma factor RpoD  78.89 
 
 		 664 aa  1003    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.518001 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1627  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.3 
 
 		 683 aa  809    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00680574 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1481  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.67 
 
 		 698 aa  808    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2440  RNA polymerase sigma factor RpoD  70.77 
 
 		 717 aa  629  1e-179  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00995293  normal  0.135691 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoD  69.75 
 
 		 702 aa  625  1e-178  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0743249  hitchhiker  0.00275822 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0805  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.81 
 
 		 683 aa  583  1.0000000000000001e-165  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.469743 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0315  RNA polymerase sigma factor rpoD  45.26 
 
 		 622 aa  552  1e-156  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  47.75 
 
 		 602 aa  542  1e-153  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.89 
 
 		 707 aa  544  1e-153  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.91 
 
 		 602 aa  539  9.999999999999999e-153  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.38 
 
 		 610 aa  542  9.999999999999999e-153  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0760  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.91 
 
 		 622 aa  541  9.999999999999999e-153  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.856067  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  49.46 
 
 		 598 aa  536  1e-151  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0263  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.76 
 
 		 629 aa  536  1e-151  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.262087 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0044  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.94 
 
 		 621 aa  535  1e-150  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00416651  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  48.24 
 
 		 621 aa  534  1e-150  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  48.24 
 
 		 621 aa  534  1e-150  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001624  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.84 
 
 		 620 aa  534  1e-150  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.294566  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00848  RNA polymerase sigma factor RpoD  49 
 
 		 620 aa  534  1e-150  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2834  RNA polymerase sigma factor RpoD-like protein  50.23 
 
 		 617 aa  533  1e-150  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0916822  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0310  RNA polymerase sigma-70 factor RpoD  48.3 
 
 		 617 aa  529  1e-149  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.744549  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  46.59 
 
 		 599 aa  526  1e-148  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3567  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.6 
 
 		 615 aa  528  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.942992  normal  0.234837 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0303  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.37 
 
 		 612 aa  526  1e-148  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000283425  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3401  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.6 
 
 		 615 aa  528  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3471  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.6 
 
 		 615 aa  528  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3465  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.6 
 
 		 615 aa  528  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268708  hitchhiker  0.00491171 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47000  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.76 
 
 		 620 aa  526  1e-148  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3397  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.6 
 
 		 615 aa  528  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000443649  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02937  RNA polymerase sigma factor  47.12 
 
 		 613 aa  525  1e-147  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00570536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0633  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.97 
 
 		 613 aa  522  1e-147  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000780039  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0632  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.12 
 
 		 613 aa  525  1e-147  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0281134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3360  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.12 
 
 		 613 aa  525  1e-147  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0343174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3532  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.12 
 
 		 613 aa  525  1e-147  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000451825  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02887  hypothetical protein  47.12 
 
 		 613 aa  525  1e-147  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00855324  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3248  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.12 
 
 		 613 aa  525  1e-147  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0316286  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0553  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.22 
 
 		 612 aa  524  1e-147  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000359129  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4380  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.12 
 
 		 613 aa  525  1e-147  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00205022  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3502  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.28 
 
 		 613 aa  525  1e-147  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00613431  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0634  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.22 
 
 		 612 aa  524  1e-147  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0230181  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3473  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.15 
 
 		 631 aa  525  1e-147  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0442977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  47.82 
 
 		 616 aa  521  1e-146  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0418  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.29 
 
 		 616 aa  519  1e-146  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4028  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.07 
 
 		 615 aa  521  1e-146  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.8019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.51 
 
 		 616 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2322  sigma 70 (RpoD)  46.36 
 
 		 644 aa  518  1.0000000000000001e-145  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000648058  hitchhiker  0.00289182 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4300  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.52 
 
 		 647 aa  518  1.0000000000000001e-145  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.87 
 
 		 623 aa  511  1e-143  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1041  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.64 
 
 		 612 aa  510  1e-143  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.28445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2606  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.23 
 
 		 855 aa  512  1e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10712  normal  0.319028 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.72 
 
 		 623 aa  508  9.999999999999999e-143  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1013  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  45 
 
 		 586 aa  503  1e-141  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.241628  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2525  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.85 
 
 		 736 aa  499  1e-140  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0373  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.25 
 
 		 680 aa  499  1e-140  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0339  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.25 
 
 		 680 aa  499  1e-140  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0833  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.4 
 
 		 800 aa  499  1e-140  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2204  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.02 
 
 		 808 aa  499  1e-140  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2384  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.25 
 
 		 736 aa  499  1e-140  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.71 
 
 		 800 aa  499  1e-140  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3783  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.56 
 
 		 805 aa  499  1e-140  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1713  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.25 
 
 		 680 aa  499  1e-140  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.089433  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1520  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.25 
 
 		 736 aa  499  1e-140  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3886  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.4 
 
 		 805 aa  499  1e-140  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.673998  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4813  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.4 
 
 		 804 aa  498  1e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>