More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_3789 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU3089  RNA polymerase sigma factor RpoD  78.84 
 
 
577 aa  852    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4047  RpoD family RNA polymerase sigma factor  85.84 
 
 
586 aa  935    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000898252  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3049  RpoD family RNA polymerase sigma factor  75.9 
 
 
582 aa  797    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000323778  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1013  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  75.04 
 
 
586 aa  818    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.241628  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2678  RNA polymerase, sigma(70) factor  65.76 
 
 
588 aa  707    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD-like  79.66 
 
 
579 aa  855    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.309099  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3789  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  100 
 
 
584 aa  1156    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  57.92 
 
 
819 aa  648    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.023937  normal  0.967295 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3694  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  97.77 
 
 
584 aa  1066    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  57.37 
 
 
805 aa  633  1e-180  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  57.37 
 
 
802 aa  634  1e-180  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1212  RpoD family RNA polymerase sigma factor  57.39 
 
 
599 aa  619  1e-176  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.389301 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6393  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  56.76 
 
 
697 aa  609  1e-173  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4296  sigma 38, RpoS  53.19 
 
 
574 aa  560  1e-158  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.939988  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.51 
 
 
650 aa  552  1e-156  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1370  RpoD family RNA polymerase sigma factor  51.42 
 
 
590 aa  550  1e-155  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.69514  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2052  sigma-70 factor  51.69 
 
 
589 aa  541  9.999999999999999e-153  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0289381  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0494  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  49.42 
 
 
590 aa  539  9.999999999999999e-153  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00018772 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0805  RpoD family RNA polymerase sigma factor  46.36 
 
 
683 aa  537  1e-151  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.469743 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1085  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  50.08 
 
 
589 aa  532  1e-150  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.348489  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1894  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  50.75 
 
 
587 aa  530  1e-149  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0780433  normal  0.0147198 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.2 
 
 
666 aa  530  1e-149  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.19 
 
 
666 aa  529  1e-149  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1465  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.03 
 
 
668 aa  525  1e-148  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3104  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.46 
 
 
681 aa  528  1e-148  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.218533  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.69 
 
 
638 aa  524  1e-147  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.72 
 
 
665 aa  525  1e-147  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2223  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.1 
 
 
684 aa  523  1e-147  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.909568 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.52 
 
 
659 aa  523  1e-147  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2457  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  49.74 
 
 
588 aa  524  1e-147  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.36607  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2698  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.07 
 
 
685 aa  522  1e-147  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1479  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.7 
 
 
672 aa  521  1e-146  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2956  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.02 
 
 
685 aa  521  1e-146  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.661846  normal  0.765968 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2141  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.19 
 
 
664 aa  521  1e-146  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.320176  normal  0.578732 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.69 
 
 
656 aa  520  1e-146  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1434  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.55 
 
 
672 aa  519  1e-146  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.960837  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1688  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.06 
 
 
671 aa  517  1.0000000000000001e-145  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585859  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3489  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.99 
 
 
611 aa  515  1.0000000000000001e-145  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0495804  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.78 
 
 
718 aa  518  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.71 
 
 
667 aa  518  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.78 
 
 
666 aa  518  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2322  sigma 70 (RpoD)  46.92 
 
 
644 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000648058  hitchhiker  0.00289182 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1481  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.51 
 
 
698 aa  512  1e-144  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.52 
 
 
666 aa  514  1e-144  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0979  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.3 
 
 
669 aa  514  1e-144  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0235491  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4300  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.9 
 
 
647 aa  509  1e-143  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2388  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  48.68 
 
 
656 aa  509  1e-143  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.415567 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  48.55 
 
 
602 aa  509  1e-143  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1970  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.3 
 
 
631 aa  508  1e-143  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.53576  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2336  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.3 
 
 
624 aa  508  1e-143  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.684077  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3465  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.57 
 
 
615 aa  506  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268708  hitchhiker  0.00491171 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  47.03 
 
 
602 aa  508  9.999999999999999e-143  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3471  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.57 
 
 
615 aa  506  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3397  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.57 
 
 
615 aa  506  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000443649  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3401  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.57 
 
 
615 aa  506  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0616  RNA polymerase, sigma 70 factor  47.96 
 
 
612 aa  506  9.999999999999999e-143  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.840508  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3567  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.57 
 
 
615 aa  506  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.942992  normal  0.234837 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02937  RNA polymerase sigma factor  47.49 
 
 
613 aa  504  1e-141  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00570536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0633  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.33 
 
 
613 aa  502  1e-141  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000780039  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3370  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.82 
 
 
612 aa  504  1e-141  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.264997  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47000  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.95 
 
 
620 aa  502  1e-141  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1575  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.45 
 
 
623 aa  503  1e-141  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0235989  normal  0.0103568 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0303  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.33 
 
 
612 aa  505  1e-141  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000283425  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  48.62 
 
 
616 aa  503  1e-141  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0553  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.17 
 
 
612 aa  502  1e-141  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000359129  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00848  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.89 
 
 
620 aa  502  1e-141  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  48.69 
 
 
621 aa  503  1e-141  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  49.02 
 
 
621 aa  504  1e-141  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.62 
 
 
616 aa  503  1e-141  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0461  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.27 
 
 
608 aa  502  1e-141  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0632  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.49 
 
 
613 aa  504  1e-141  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0281134  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02887  hypothetical protein  47.49 
 
 
613 aa  504  1e-141  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00855324  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.42 
 
 
707 aa  504  1e-141  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4380  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.49 
 
 
613 aa  504  1e-141  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00205022  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3360  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.49 
 
 
613 aa  504  1e-141  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0343174  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3532  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.49 
 
 
613 aa  504  1e-141  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000451825  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2908  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.08 
 
 
619 aa  502  1e-141  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.32821  normal  0.122569 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0634  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.17 
 
 
612 aa  502  1e-141  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0230181  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3248  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.49 
 
 
613 aa  504  1e-141  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0316286  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3502  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.49 
 
 
613 aa  504  1e-141  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00613431  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3473  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.83 
 
 
631 aa  504  1e-141  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0442977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1284  RNA polymerase sigma-70 factor  47.76 
 
 
616 aa  499  1e-140  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0721  sigma 70 (RpoD)  63.29 
 
 
805 aa  501  1e-140  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.473729  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0716  Fis family transcriptional regulator  47.6 
 
 
613 aa  499  1e-140  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000378476  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2151  RpoD family RNA polymerase sigma factor  50 
 
 
738 aa  499  1e-140  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0548  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.42 
 
 
612 aa  500  1e-140  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128359  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1188  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.97 
 
 
627 aa  498  1e-140  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.438947  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1038  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.4 
 
 
613 aa  498  1e-140  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0389354  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001624  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.25 
 
 
620 aa  501  1e-140  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.294566  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1221  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.97 
 
 
627 aa  498  1e-140  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.104356  normal  0.675776 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3087  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.76 
 
 
619 aa  499  1e-140  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0259525  hitchhiker  0.0013173 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1104  RpoD family RNA polymerase sigma factor  48.32 
 
 
616 aa  498  1e-139  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0640269  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0783  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.99 
 
 
611 aa  498  1e-139  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.060586  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3169  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.56 
 
 
611 aa  497  1e-139  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.148528  normal  0.341399 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0996  RpoD family RNA polymerase sigma factor  46.78 
 
 
616 aa  497  1e-139  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0289616  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0044  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.07 
 
 
621 aa  498  1e-139  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00416651  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0823  RNA polymerase sigma-70 factor  47.71 
 
 
620 aa  498  1e-139  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0655826  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1144  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.97 
 
 
627 aa  498  1e-139  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0208725  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2990  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.76 
 
 
619 aa  498  1e-139  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0529376  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.48 
 
 
598 aa  497  1e-139  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.329688 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>