More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_0573 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2261  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.09 
 
 		 664 aa  837    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.435799 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.17 
 
 		 666 aa  870    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2049  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.62 
 
 		 668 aa  813    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.176039  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1627  RNA polymerase sigma factor RpoD  73.07 
 
 		 683 aa  959    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00680574 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1434  RNA polymerase sigma factor RpoD  70.61 
 
 		 672 aa  921    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.960837  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1479  RNA polymerase sigma factor RpoD  70.75 
 
 		 672 aa  923    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3299  RNA polymerase sigma factor RpoD  72.86 
 
 		 685 aa  975    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269398  normal  0.821458 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  75.04 
 
 		 656 aa  931    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  86.96 
 
 		 667 aa  1112    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2440  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.62 
 
 		 717 aa  927    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00995293  normal  0.135691 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  86.94 
 
 		 666 aa  1108    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  74.1 
 
 		 666 aa  958    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  83.46 
 
 		 665 aa  1083    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.62 
 
 		 668 aa  813    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  87.09 
 
 		 718 aa  1112    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4072  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.18 
 
 		 664 aa  793    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.518001 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2882  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.65 
 
 		 696 aa  831    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.129916  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2698  RNA polymerase sigma factor RpoD  69.91 
 
 		 685 aa  932    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2223  RNA polymerase sigma factor RpoD  70.45 
 
 		 684 aa  935    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.909568 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2956  RNA polymerase sigma factor RpoD  69.52 
 
 		 685 aa  930    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.661846  normal  0.765968 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4131  RNA polymerase sigma factor RpoD  68.38 
 
 		 714 aa  914    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2235  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.41 
 
 		 667 aa  778    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0841  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.37 
 
 		 667 aa  822    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104141  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3450  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.1 
 
 		 668 aa  808    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.472971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1481  RNA polymerase sigma factor RpoD  69.77 
 
 		 698 aa  933    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoD  68.81 
 
 		 702 aa  925    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0743249  hitchhiker  0.00275822 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4265  RNA polymerase sigma factor RpoD  67.53 
 
 		 649 aa  846    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.914604  normal  0.695759 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.81 
 
 		 638 aa  785    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3972  RNA polymerase sigma factor RpoD  68.66 
 
 		 711 aa  917    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2866  RNA polymerase sigma factor RpoD  67.65 
 
 		 717 aa  933    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00102705  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1688  RNA polymerase sigma factor RpoD  70.54 
 
 		 671 aa  920    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585859  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  68.08 
 
 		 702 aa  922    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493714  normal  0.364288 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2141  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.99 
 
 		 664 aa  803    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.320176  normal  0.578732 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0979  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.13 
 
 		 669 aa  792    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0235491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0431  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.7 
 
 		 674 aa  789    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213243  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1465  RNA polymerase sigma factor RpoD  70.67 
 
 		 668 aa  910    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  100 
 
 		 659 aa  1333    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2129  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.14 
 
 		 710 aa  825    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.22382 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3104  RNA polymerase sigma factor RpoD  70.61 
 
 		 681 aa  949    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.218533  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  83.23 
 
 		 666 aa  1093    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.58 
 
 		 650 aa  808    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0315  RNA polymerase sigma factor rpoD  47 
 
 		 622 aa  565  1e-160  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0760  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.7 
 
 		 622 aa  567  1e-160  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.856067  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0805  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.91 
 
 		 683 aa  559  1e-158  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.469743 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.64 
 
 		 707 aa  546  1e-154  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2336  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.53 
 
 		 624 aa  532  1e-150  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.684077  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1970  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  49.53 
 
 		 631 aa  533  1e-150  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.53576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2322  sigma 70 (RpoD)  46.88 
 
 		 644 aa  535  1e-150  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000648058  hitchhiker  0.00289182 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  48.58 
 
 		 602 aa  531  1e-149  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2491  putative RNA polymerase sigma(sigma-70) factor transcription regulator protein  48.12 
 
 		 746 aa  530  1e-149  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.046137  normal  0.87444 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2606  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.54 
 
 		 855 aa  531  1e-149  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10712  normal  0.319028 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  48.44 
 
 		 616 aa  527  1e-148  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0888  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.88 
 
 		 783 aa  525  1e-148  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2027  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.53 
 
 		 821 aa  525  1e-148  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.06 
 
 		 754 aa  528  1e-148  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.578035  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5045  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.66 
 
 		 808 aa  528  1e-148  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420321  normal  0.303158 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3489  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.82 
 
 		 611 aa  526  1e-148  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0495804  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.04 
 
 		 616 aa  525  1e-147  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  49.13 
 
 		 602 aa  525  1e-147  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.83 
 
 		 623 aa  522  1e-147  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.98 
 
 		 623 aa  523  1e-147  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3473  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.27 
 
 		 631 aa  524  1e-147  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0442977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.29 
 
 		 610 aa  525  1e-147  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2420  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.53 
 
 		 829 aa  525  1e-147  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.814829  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3567  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.12 
 
 		 615 aa  521  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.942992  normal  0.234837 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3397  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.12 
 
 		 615 aa  521  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000443649  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2058  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.96 
 
 		 635 aa  519  1e-146  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.704789  normal  0.0381419 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  47.3 
 
 		 599 aa  522  1e-146  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0303  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.06 
 
 		 612 aa  519  1e-146  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000283425  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2215  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.58 
 
 		 755 aa  518  1e-146  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47000  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.67 
 
 		 620 aa  519  1e-146  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3370  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.58 
 
 		 612 aa  519  1e-146  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.264997  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3465  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.12 
 
 		 615 aa  521  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268708  hitchhiker  0.00491171 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2204  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.38 
 
 		 808 aa  519  1e-146  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4813  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.52 
 
 		 804 aa  521  1e-146  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.24 
 
 		 800 aa  519  1e-146  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3097  sigma 70 (RpoD)  48.36 
 
 		 784 aa  521  1e-146  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.884131  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2820  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.5 
 
 		 680 aa  520  1e-146  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3641  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.06 
 
 		 683 aa  520  1e-146  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3471  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.12 
 
 		 615 aa  521  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4480  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.06 
 
 		 805 aa  519  1e-146  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.793179  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3401  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.12 
 
 		 615 aa  521  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3783  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.29 
 
 		 805 aa  519  1e-146  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.34 
 
 		 598 aa  519  1e-146  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6774  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.5 
 
 		 681 aa  520  1e-146  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.669833  normal  0.0681029 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3257  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.06 
 
 		 805 aa  520  1e-146  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0133032  normal  0.0284743 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07520  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.89 
 
 		 617 aa  519  1e-146  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0627024  normal  0.302038 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1406  RpoD family RNA polymerase sigma factor  48.02 
 
 		 781 aa  519  1e-146  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3886  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.06 
 
 		 805 aa  521  1e-146  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.673998  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0634  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.91 
 
 		 612 aa  517  1.0000000000000001e-145  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0230181  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0387  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.9 
 
 		 616 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.00859546  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0823  RNA polymerase sigma-70 factor  48.19 
 
 		 620 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0655826  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0339  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.24 
 
 		 680 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  47.81 
 
 		 621 aa  518  1.0000000000000001e-145  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  47.81 
 
 		 621 aa  517  1.0000000000000001e-145  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3248  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.37 
 
 		 613 aa  517  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0316286  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0421  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.9 
 
 		 616 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0853887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0373  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.24 
 
 		 680 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0553  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.91 
 
 		 612 aa  517  1.0000000000000001e-145  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000359129  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2525  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.09 
 
 		 736 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>