More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0431 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.61 
 
 		 666 aa  789    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.81 
 
 		 666 aa  758    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3104  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.77 
 
 		 681 aa  826    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.218533  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4265  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.55 
 
 		 649 aa  768    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.914604  normal  0.695759 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0841  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.31 
 
 		 667 aa  765    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1481  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.21 
 
 		 698 aa  785    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1479  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.63 
 
 		 672 aa  804    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2956  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.17 
 
 		 685 aa  801    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.661846  normal  0.765968 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2698  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.78 
 
 		 685 aa  807    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0431  RNA polymerase sigma factor RpoD  100 
 
 		 674 aa  1370    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213243  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.62 
 
 		 659 aa  781    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2440  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.83 
 
 		 717 aa  805    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00995293  normal  0.135691 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.43 
 
 		 666 aa  801    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.73 
 
 		 668 aa  751    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.55 
 
 		 638 aa  747    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2882  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.23 
 
 		 696 aa  783    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.129916  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1627  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.97 
 
 		 683 aa  777    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00680574 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4131  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.31 
 
 		 714 aa  786    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2235  RNA polymerase sigma factor RpoD  79.4 
 
 		 667 aa  1020    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3450  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.82 
 
 		 668 aa  757    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.472971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1688  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.57 
 
 		 671 aa  798    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585859  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.14 
 
 		 702 aa  787    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0743249  hitchhiker  0.00275822 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.23 
 
 		 665 aa  793    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3972  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.85 
 
 		 711 aa  786    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.39 
 
 		 656 aa  813    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2866  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.54 
 
 		 717 aa  805    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00102705  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.29 
 
 		 702 aa  780    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493714  normal  0.364288 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3299  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.32 
 
 		 685 aa  797    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269398  normal  0.821458 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1434  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.63 
 
 		 672 aa  804    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.960837  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4072  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.88 
 
 		 664 aa  748    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.518001 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2141  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.75 
 
 		 664 aa  764    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.320176  normal  0.578732 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0979  RNA polymerase sigma factor RpoD  78.95 
 
 		 669 aa  1031    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0235491  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.81 
 
 		 718 aa  757    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1465  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.3 
 
 		 668 aa  790    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2049  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.73 
 
 		 668 aa  751    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.176039  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.09 
 
 		 650 aa  786    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2129  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.16 
 
 		 710 aa  766    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.22382 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.82 
 
 		 666 aa  761    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2223  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.75 
 
 		 684 aa  805    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.909568 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.88 
 
 		 667 aa  760    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2261  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.49 
 
 		 664 aa  786    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.435799 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0805  RpoD family RNA polymerase sigma factor  46.86 
 
 		 683 aa  555  1e-156  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.469743 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.72 
 
 		 707 aa  543  1e-153  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1970  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.48 
 
 		 631 aa  541  9.999999999999999e-153  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.53576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2336  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.48 
 
 		 624 aa  541  9.999999999999999e-153  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.684077  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3465  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.03 
 
 		 615 aa  533  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268708  hitchhiker  0.00491171 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3471  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.03 
 
 		 615 aa  533  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3401  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.03 
 
 		 615 aa  533  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3567  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.03 
 
 		 615 aa  533  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.942992  normal  0.234837 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3397  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.03 
 
 		 615 aa  533  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000443649  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.82 
 
 		 610 aa  533  1e-150  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4300  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.87 
 
 		 647 aa  531  1e-149  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  47.72 
 
 		 602 aa  530  1e-149  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3035  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.33 
 
 		 619 aa  529  1e-149  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  47.4 
 
 		 599 aa  528  1e-148  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1235  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.41 
 
 		 595 aa  526  1e-148  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0760  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.85 
 
 		 622 aa  523  1e-147  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.856067  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0783  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.7 
 
 		 611 aa  524  1e-147  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.060586  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2834  RNA polymerase sigma factor RpoD-like protein  46.34 
 
 		 617 aa  522  1e-147  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0916822  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2606  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.76 
 
 		 855 aa  523  1e-147  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10712  normal  0.319028 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2908  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.9 
 
 		 619 aa  523  1e-147  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.32821  normal  0.122569 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1188  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.01 
 
 		 627 aa  521  1e-146  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.438947  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0315  RNA polymerase sigma factor rpoD  43.29 
 
 		 622 aa  520  1e-146  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1221  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.01 
 
 		 627 aa  521  1e-146  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.104356  normal  0.675776 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2990  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.9 
 
 		 619 aa  521  1e-146  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0529376  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2996  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.42 
 
 		 614 aa  519  1e-146  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000465174  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1144  RpoD family RNA polymerase sigma factor  48.01 
 
 		 627 aa  521  1e-146  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0208725  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  46.36 
 
 		 616 aa  515  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001624  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.55 
 
 		 620 aa  518  1.0000000000000001e-145  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.294566  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00848  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.48 
 
 		 620 aa  516  1.0000000000000001e-145  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.5 
 
 		 623 aa  513  1e-144  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.36 
 
 		 616 aa  514  1e-144  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.34 
 
 		 623 aa  513  1e-144  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1041  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.25 
 
 		 612 aa  506  9.999999999999999e-143  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.28445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2491  putative RNA polymerase sigma(sigma-70) factor transcription regulator protein  45.15 
 
 		 746 aa  504  1e-141  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.046137  normal  0.87444 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2322  sigma 70 (RpoD)  43.83 
 
 		 644 aa  505  1e-141  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000648058  hitchhiker  0.00289182 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1698  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  44.65 
 
 		 678 aa  502  1e-141  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1416  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  44.29 
 
 		 900 aa  501  1e-140  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.322339  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3941  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.56 
 
 		 685 aa  498  1e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6774  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.23 
 
 		 681 aa  495  1e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.669833  normal  0.0681029 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2820  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.23 
 
 		 680 aa  495  1e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3783  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.76 
 
 		 805 aa  496  1e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3257  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.22 
 
 		 805 aa  497  1e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0133032  normal  0.0284743 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3886  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.07 
 
 		 805 aa  496  1e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.673998  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1520  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.02 
 
 		 736 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2525  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.86 
 
 		 736 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2384  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.02 
 
 		 736 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0339  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.02 
 
 		 680 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3641  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.07 
 
 		 683 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0833  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.02 
 
 		 800 aa  495  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2204  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.07 
 
 		 808 aa  495  9.999999999999999e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0373  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.02 
 
 		 680 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1713  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.02 
 
 		 680 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.089433  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4480  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.07 
 
 		 805 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.793179  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3138  RpoD family RNA polymerase sigma factor  44.55 
 
 		 797 aa  490  1e-137  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.335068  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  43.88 
 
 		 754 aa  489  1e-137  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.578035  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3097  sigma 70 (RpoD)  45 
 
 		 784 aa  490  1e-137  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.884131  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2485  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  44.39 
 
 		 801 aa  487  1e-136  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.187412  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2058  RpoD family RNA polymerase sigma factor  44.65 
 
 		 635 aa  488  1e-136  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.704789  normal  0.0381419 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1604  RpoD family RNA polymerase sigma factor  45.48 
 
 		 736 aa  484  1e-135  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.362235  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>