More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2420 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02937  RNA polymerase sigma factor  56.89 
 
 
613 aa  658    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00570536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0633  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  56.73 
 
 
613 aa  656    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000780039  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0044  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.75 
 
 
621 aa  648    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00416651  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0310  RNA polymerase sigma-70 factor RpoD  54.44 
 
 
617 aa  655    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.744549  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0634  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.49 
 
 
612 aa  652    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0230181  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0387  RNA polymerase sigma factor RpoD  55.95 
 
 
616 aa  642    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.00859546  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3783  RNA polymerase sigma factor RpoD  74.86 
 
 
805 aa  1023    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3138  RpoD family RNA polymerase sigma factor  65.42 
 
 
797 aa  883    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.335068  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  55.83 
 
 
599 aa  648    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2384  RNA polymerase sigma factor RpoD  76.32 
 
 
736 aa  1033    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2215  RNA polymerase sigma factor RpoD  90.08 
 
 
755 aa  1282    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2525  RNA polymerase sigma factor RpoD  76.18 
 
 
736 aa  1032    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4334  RNA polymerase sigma-70 factor  56.13 
 
 
616 aa  638    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1104  RpoD family RNA polymerase sigma factor  56.61 
 
 
616 aa  639    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0640269  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2058  RpoD family RNA polymerase sigma factor  68.8 
 
 
635 aa  876    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.704789  normal  0.0381419 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1221  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  57.1 
 
 
627 aa  641    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.104356  normal  0.675776 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3532  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.89 
 
 
613 aa  658    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000451825  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  55.45 
 
 
616 aa  656    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1713  RNA polymerase sigma factor RpoD  78.29 
 
 
680 aa  1030    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.089433  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1189  RNA polymerase sigma factor RpoD  69.5 
 
 
666 aa  834    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.920411  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1144  RpoD family RNA polymerase sigma factor  57.1 
 
 
627 aa  641    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0208725  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0339  RNA polymerase sigma factor RpoD  78.29 
 
 
680 aa  1030    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  54.4 
 
 
621 aa  644    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  54.4 
 
 
621 aa  644    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  55.61 
 
 
616 aa  660    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00848  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.33 
 
 
620 aa  644    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0526  RNA polymerase sigma factor RpoD  67.69 
 
 
657 aa  837    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1416  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  62.74 
 
 
900 aa  946    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.322339  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6013  sigma-70 region 1.2  56.63 
 
 
624 aa  734    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0888  RNA polymerase sigma factor RpoD  81.93 
 
 
783 aa  1206    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1750  sigma-70 region 1.2  59.44 
 
 
653 aa  767    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.746191  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3401  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.21 
 
 
615 aa  668    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2388  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  64.3 
 
 
656 aa  785    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.415567 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1188  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  57.1 
 
 
627 aa  641    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.438947  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0833  RNA polymerase sigma factor RpoD  76.32 
 
 
800 aa  1033    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  55.27 
 
 
602 aa  661    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3941  RNA polymerase sigma factor RpoD  78.47 
 
 
685 aa  1026    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5149  RNA polymerase sigma factor RpoD  55.59 
 
 
615 aa  642    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0632  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.89 
 
 
613 aa  658    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0281134  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4028  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.61 
 
 
615 aa  645    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.8019  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7094  sigma 70 (RpoD)  57.12 
 
 
677 aa  756    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.678093  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2204  RNA polymerase sigma factor RpoD  74.66 
 
 
808 aa  1021    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0418  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.12 
 
 
616 aa  643    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0553  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.49 
 
 
612 aa  652    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000359129  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6774  RNA polymerase sigma factor RpoD  79.6 
 
 
681 aa  1020    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.669833  normal  0.0681029 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3397  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.21 
 
 
615 aa  668    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000443649  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3087  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  55.97 
 
 
619 aa  636    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0259525  hitchhiker  0.0013173 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  67.46 
 
 
707 aa  879    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4380  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.89 
 
 
613 aa  658    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00205022  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1698  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  71.16 
 
 
678 aa  953    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  76.32 
 
 
800 aa  1030    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5045  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  69.31 
 
 
808 aa  907    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420321  normal  0.303158 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0823  RNA polymerase sigma-70 factor  56.77 
 
 
620 aa  639    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0655826  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3502  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.89 
 
 
613 aa  658    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00613431  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2562  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  67.23 
 
 
754 aa  869    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0018126 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1520  RNA polymerase sigma factor RpoD  76.32 
 
 
736 aa  1033    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0718  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.75 
 
 
617 aa  639    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0421  RNA polymerase sigma factor RpoD  55.95 
 
 
616 aa  642    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0853887  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1558  sigma 70 (RpoD)  61.73 
 
 
783 aa  868    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.990853  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01730  RNA polymerase sigma factor  54.53 
 
 
611 aa  640    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0157743  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3567  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.21 
 
 
615 aa  668    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.942992  normal  0.234837 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2322  sigma 70 (RpoD)  67.15 
 
 
644 aa  814    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000648058  hitchhiker  0.00289182 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3097  sigma 70 (RpoD)  61.73 
 
 
784 aa  893    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.884131  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0337  sigma 70 (RpoD)  56.43 
 
 
647 aa  741    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4813  RNA polymerase sigma factor RpoD  75.98 
 
 
804 aa  1032    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2569  sigma 70 (RpoD)  59 
 
 
665 aa  741    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  0.000000000000108997  normal  0.136917 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2820  RNA polymerase sigma factor RpoD  77.99 
 
 
680 aa  1035    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2834  RNA polymerase sigma factor RpoD-like protein  56.13 
 
 
617 aa  645    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0916822  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3360  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.89 
 
 
613 aa  658    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0343174  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1970  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  56.94 
 
 
631 aa  669    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.53576  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3641  RNA polymerase sigma factor RpoD  77.83 
 
 
683 aa  1024    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3248  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.89 
 
 
613 aa  658    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0316286  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2606  RNA polymerase sigma factor RpoD  78.6 
 
 
855 aa  1225    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10712  normal  0.319028 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3465  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.21 
 
 
615 aa  668    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268708  hitchhiker  0.00491171 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.63 
 
 
610 aa  662    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2420  RNA polymerase sigma factor RpoD  100 
 
 
829 aa  1677    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.814829  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3690  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  58.04 
 
 
664 aa  727    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.556111  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6584  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  58.45 
 
 
665 aa  739    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.0000000125379  normal  0.0159529 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0658  RpoD family RNA polymerase sigma factor  54.59 
 
 
618 aa  654    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.271928  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4480  RNA polymerase sigma factor RpoD  74.97 
 
 
805 aa  1027    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.793179  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3035  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  57.37 
 
 
619 aa  687    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4300  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.26 
 
 
647 aa  652    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3169  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  56.93 
 
 
611 aa  639    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.148528  normal  0.341399 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3473  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.82 
 
 
631 aa  669    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0442977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3471  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.21 
 
 
615 aa  668    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2908  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  56.61 
 
 
619 aa  639    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.32821  normal  0.122569 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2990  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  56.61 
 
 
619 aa  638    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0529376  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  57.56 
 
 
598 aa  654    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2485  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  65.27 
 
 
801 aa  879    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.187412  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0303  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.33 
 
 
612 aa  651    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000283425  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2336  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.94 
 
 
624 aa  670    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.684077  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3257  RNA polymerase sigma factor RpoD  74.72 
 
 
805 aa  1025    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0133032  normal  0.0284743 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4815  RNA polymerase sigma factor RpoD  55.79 
 
 
616 aa  637    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07520  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.51 
 
 
617 aa  642    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0627024  normal  0.302038 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47000  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.51 
 
 
620 aa  659    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1604  RpoD family RNA polymerase sigma factor  66.17 
 
 
736 aa  865    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.362235  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0373  RNA polymerase sigma factor RpoD  78.29 
 
 
680 aa  1030    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2491  putative RNA polymerase sigma(sigma-70) factor transcription regulator protein  63.29 
 
 
746 aa  874    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.046137  normal  0.87444 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3886  RNA polymerase sigma factor RpoD  75.1 
 
 
805 aa  1030    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.673998  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1406  RpoD family RNA polymerase sigma factor  66.52 
 
 
781 aa  886    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>