More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SYO3AOP1_0327 on replicon NC_010730
Organism: Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010730  SYO3AOP1_0327  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  100 
 
 
590 aa  1180    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1530  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  50.34 
 
 
578 aa  555  1e-156  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6393  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  44.39 
 
 
697 aa  445  1e-123  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4296  sigma 38, RpoS  41.61 
 
 
574 aa  429  1e-119  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.939988  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1212  RpoD family RNA polymerase sigma factor  42.59 
 
 
599 aa  431  1e-119  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.389301 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4047  RpoD family RNA polymerase sigma factor  45 
 
 
586 aa  426  1e-118  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000898252  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1370  RpoD family RNA polymerase sigma factor  42.25 
 
 
590 aa  422  1e-117  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.69514  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.76 
 
 
665 aa  423  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2052  sigma-70 factor  41.57 
 
 
589 aa  425  1e-117  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0289381  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.96 
 
 
650 aa  422  1e-117  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.48 
 
 
666 aa  425  1e-117  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2223  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.5 
 
 
684 aa  419  1e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.909568 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2956  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.07 
 
 
685 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.661846  normal  0.765968 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2678  RNA polymerase, sigma(70) factor  41.14 
 
 
588 aa  416  9.999999999999999e-116  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2698  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.92 
 
 
685 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3104  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.7 
 
 
681 aa  416  9.999999999999999e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.218533  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.76 
 
 
659 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.75 
 
 
666 aa  412  1e-114  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1085  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  41.52 
 
 
589 aa  414  1e-114  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.348489  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.91 
 
 
718 aa  412  1e-114  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.66 
 
 
666 aa  412  1e-114  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  41.38 
 
 
598 aa  414  1e-114  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3789  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  43.07 
 
 
584 aa  415  1e-114  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0461  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  41.08 
 
 
608 aa  414  1e-114  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.69 
 
 
667 aa  410  1e-113  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1688  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.96 
 
 
671 aa  409  1e-113  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585859  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1970  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  40.26 
 
 
631 aa  410  1e-113  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.53576  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  40.5 
 
 
602 aa  410  1e-113  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.76 
 
 
638 aa  409  1e-113  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.34 
 
 
707 aa  411  1e-113  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0494  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  41.94 
 
 
590 aa  411  1e-113  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00018772 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0263  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  38.92 
 
 
629 aa  411  1e-113  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.262087 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2336  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.29 
 
 
624 aa  411  1e-113  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.684077  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3089  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.16 
 
 
577 aa  408  1.0000000000000001e-112  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  39.97 
 
 
599 aa  408  1.0000000000000001e-112  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1479  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.9 
 
 
672 aa  407  1.0000000000000001e-112  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1434  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.9 
 
 
672 aa  406  1.0000000000000001e-112  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.960837  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD-like  43.33 
 
 
579 aa  408  1.0000000000000001e-112  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.309099  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0841  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.2 
 
 
667 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104141  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2261  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.79 
 
 
664 aa  408  1.0000000000000001e-112  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.435799 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  40.8 
 
 
602 aa  403  1e-111  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1894  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  39.84 
 
 
587 aa  404  1e-111  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0780433  normal  0.0147198 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.19 
 
 
666 aa  404  1e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3299  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.16 
 
 
685 aa  405  1e-111  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269398  normal  0.821458 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1189  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.55 
 
 
666 aa  399  9.999999999999999e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.920411  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  40.35 
 
 
621 aa  399  9.999999999999999e-111  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  40.35 
 
 
621 aa  399  9.999999999999999e-111  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2457  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  40.48 
 
 
588 aa  401  9.999999999999999e-111  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.36607  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0616  RNA polymerase, sigma 70 factor  39.93 
 
 
612 aa  400  9.999999999999999e-111  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.840508  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3049  RpoD family RNA polymerase sigma factor  45.12 
 
 
582 aa  399  9.999999999999999e-111  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000323778  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  38.42 
 
 
616 aa  397  1e-109  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.26 
 
 
616 aa  397  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0526  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.07 
 
 
657 aa  397  1e-109  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3489  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.13 
 
 
611 aa  398  1e-109  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0495804  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1041  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  39.52 
 
 
612 aa  396  1e-109  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.28445  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01730  RNA polymerase sigma factor  39.51 
 
 
611 aa  392  1e-108  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0157743  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2322  sigma 70 (RpoD)  40.45 
 
 
644 aa  393  1e-108  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000648058  hitchhiker  0.00289182 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1575  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  39.09 
 
 
623 aa  392  1e-107  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0235989  normal  0.0103568 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0634  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.13 
 
 
612 aa  390  1e-107  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0230181  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0393  RNA polymerase sigma factor  39.77 
 
 
698 aa  390  1e-107  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.735984  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0553  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.13 
 
 
612 aa  390  1e-107  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000359129  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2606  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.49 
 
 
855 aa  391  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10712  normal  0.319028 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.71 
 
 
623 aa  392  1e-107  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1784  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.77 
 
 
698 aa  390  1e-107  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.101726  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.71 
 
 
623 aa  392  1e-107  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2525  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.41 
 
 
736 aa  386  1e-106  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2384  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.41 
 
 
736 aa  386  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0833  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.41 
 
 
800 aa  386  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0303  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.13 
 
 
612 aa  389  1e-106  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000283425  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1104  RpoD family RNA polymerase sigma factor  38.45 
 
 
616 aa  387  1e-106  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0640269  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1520  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.41 
 
 
736 aa  386  1e-106  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2996  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  39.84 
 
 
614 aa  388  1e-106  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000465174  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0996  RpoD family RNA polymerase sigma factor  38.96 
 
 
616 aa  385  1e-105  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0289616  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0373  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.41 
 
 
680 aa  385  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0339  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.41 
 
 
680 aa  385  1e-105  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.06 
 
 
610 aa  384  1e-105  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1806  sigma 70 (RpoD)  38.64 
 
 
594 aa  382  1e-105  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000803488  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.41 
 
 
800 aa  384  1e-105  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3694  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  53.44 
 
 
584 aa  382  1e-105  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0716  Fis family transcriptional regulator  38.75 
 
 
613 aa  384  1e-105  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000378476  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1713  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.41 
 
 
680 aa  385  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.089433  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0044  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.56 
 
 
621 aa  379  1e-104  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00416651  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04069  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.85 
 
 
624 aa  381  1e-104  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.41319  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  38.59 
 
 
754 aa  377  1e-103  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.578035  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1235  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.44 
 
 
595 aa  374  1e-102  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1013  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  55.07 
 
 
586 aa  375  1e-102  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.241628  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  71.77 
 
 
819 aa  370  1e-101  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.023937  normal  0.967295 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  69.92 
 
 
802 aa  370  1e-101  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  69.92 
 
 
805 aa  369  1e-101  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0721  sigma 70 (RpoD)  69.92 
 
 
805 aa  370  1e-101  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.473729  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0431  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.04 
 
 
674 aa  370  1e-101  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213243  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2058  RpoD family RNA polymerase sigma factor  38.31 
 
 
635 aa  371  1e-101  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.704789  normal  0.0381419 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2186  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.68 
 
 
617 aa  367  1e-100  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00338141  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1604  RpoD family RNA polymerase sigma factor  38.09 
 
 
736 aa  366  1e-100  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.362235  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1406  RpoD family RNA polymerase sigma factor  38.36 
 
 
781 aa  367  1e-100  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7094  sigma 70 (RpoD)  35.63 
 
 
677 aa  367  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.678093  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3097  sigma 70 (RpoD)  38.13 
 
 
784 aa  368  1e-100  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.884131  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0979  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.04 
 
 
669 aa  367  1e-100  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0235491  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1465  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.27 
 
 
668 aa  366  1e-100  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.65 
 
 
656 aa  365  1e-100  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>