More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HY04AAS1_1530 on replicon NC_011126
Organism: Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011126  HY04AAS1_1530  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  100 
 
 
578 aa  1169    Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0327  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  49.33 
 
 
590 aa  550  1e-155  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6393  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  40.65 
 
 
697 aa  414  1e-114  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1212  RpoD family RNA polymerase sigma factor  42.02 
 
 
599 aa  410  1e-113  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.389301 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2678  RNA polymerase, sigma(70) factor  40.27 
 
 
588 aa  405  1e-111  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4296  sigma 38, RpoS  42.48 
 
 
574 aa  402  1e-111  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.939988  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  38.8 
 
 
602 aa  400  9.999999999999999e-111  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.55 
 
 
707 aa  399  9.999999999999999e-111  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0979  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.27 
 
 
669 aa  395  1e-109  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0235491  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.12 
 
 
650 aa  394  1e-108  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0431  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.57 
 
 
674 aa  393  1e-108  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213243  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2322  sigma 70 (RpoD)  37.3 
 
 
644 aa  392  1e-108  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000648058  hitchhiker  0.00289182 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2336  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.18 
 
 
624 aa  392  1e-107  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.684077  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1626  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  37.81 
 
 
688 aa  391  1e-107  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1970  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  37.18 
 
 
631 aa  392  1e-107  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.53576  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3789  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  40.61 
 
 
584 aa  390  1e-107  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4047  RpoD family RNA polymerase sigma factor  40.21 
 
 
586 aa  390  1e-107  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000898252  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3694  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  41 
 
 
584 aa  390  1e-107  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1013  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  41.23 
 
 
586 aa  389  1e-107  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.241628  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0310  RNA polymerase sigma-70 factor RpoD  37.99 
 
 
617 aa  386  1e-106  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.744549  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.24 
 
 
638 aa  386  1e-106  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3473  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.34 
 
 
631 aa  386  1e-106  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0442977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1465  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.79 
 
 
668 aa  385  1e-106  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2996  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  37.81 
 
 
614 aa  385  1e-106  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000465174  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4595  RpoD family RNA polymerase sigma factor  40.61 
 
 
640 aa  389  1e-106  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.5682  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.97 
 
 
659 aa  387  1e-106  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02937  RNA polymerase sigma factor  37.48 
 
 
613 aa  383  1e-105  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00570536  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0548  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.66 
 
 
612 aa  385  1e-105  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128359  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0783  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.55 
 
 
611 aa  384  1e-105  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.060586  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3360  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.48 
 
 
613 aa  383  1e-105  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0343174  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1688  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.36 
 
 
671 aa  384  1e-105  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585859  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1284  RNA polymerase sigma-70 factor  37.46 
 
 
616 aa  382  1e-105  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3169  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  37.87 
 
 
611 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.148528  normal  0.341399 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3502  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.48 
 
 
613 aa  383  1e-105  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00613431  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1575  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  37.79 
 
 
623 aa  383  1e-105  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0235989  normal  0.0103568 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD-like  40.24 
 
 
579 aa  384  1e-105  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.309099  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0632  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.48 
 
 
613 aa  383  1e-105  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0281134  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3532  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.48 
 
 
613 aa  383  1e-105  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000451825  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02887  hypothetical protein  37.48 
 
 
613 aa  383  1e-105  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00855324  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2834  RNA polymerase sigma factor RpoD-like protein  37.5 
 
 
617 aa  382  1e-105  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0916822  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.09 
 
 
666 aa  384  1e-105  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4380  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.48 
 
 
613 aa  383  1e-105  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00205022  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  38.65 
 
 
598 aa  384  1e-105  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3248  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.48 
 
 
613 aa  383  1e-105  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0316286  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1104  RpoD family RNA polymerase sigma factor  38.07 
 
 
616 aa  383  1e-105  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0640269  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3087  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  37.46 
 
 
619 aa  383  1e-105  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0259525  hitchhiker  0.0013173 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0633  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  37.32 
 
 
613 aa  380  1e-104  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000780039  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  36.85 
 
 
599 aa  379  1e-104  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3471  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.11 
 
 
615 aa  381  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3299  RNA polymerase sigma factor RpoD  35.06 
 
 
685 aa  380  1e-104  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269398  normal  0.821458 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2136  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  39.18 
 
 
587 aa  382  1e-104  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0461  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  38.06 
 
 
608 aa  380  1e-104  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01730  RNA polymerase sigma factor  35.78 
 
 
611 aa  380  1e-104  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0157743  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0718  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.59 
 
 
617 aa  380  1e-104  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1188  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  37.87 
 
 
627 aa  381  1e-104  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.438947  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3401  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.11 
 
 
615 aa  381  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3567  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.11 
 
 
615 aa  381  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.942992  normal  0.234837 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3489  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.01 
 
 
611 aa  379  1e-104  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0495804  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1221  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  37.87 
 
 
627 aa  381  1e-104  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.104356  normal  0.675776 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2606  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.54 
 
 
855 aa  379  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10712  normal  0.319028 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0616  RNA polymerase, sigma 70 factor  37.19 
 
 
612 aa  382  1e-104  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.840508  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1144  RpoD family RNA polymerase sigma factor  37.87 
 
 
627 aa  380  1e-104  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0208725  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3397  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.11 
 
 
615 aa  381  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000443649  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2908  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  37.12 
 
 
619 aa  381  1e-104  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.32821  normal  0.122569 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2990  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  37.12 
 
 
619 aa  382  1e-104  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0529376  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3465  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.11 
 
 
615 aa  381  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268708  hitchhiker  0.00491171 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3089  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.36 
 
 
577 aa  377  1e-103  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4334  RNA polymerase sigma-70 factor  36.26 
 
 
616 aa  376  1e-103  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  36.9 
 
 
616 aa  375  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  38.83 
 
 
621 aa  377  1e-103  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  38.66 
 
 
621 aa  376  1e-103  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7094  sigma 70 (RpoD)  35.86 
 
 
677 aa  376  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.678093  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0303  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.48 
 
 
612 aa  378  1e-103  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000283425  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.39 
 
 
666 aa  376  1e-103  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0634  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.48 
 
 
612 aa  379  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0230181  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07520  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.42 
 
 
617 aa  379  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0627024  normal  0.302038 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0553  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.48 
 
 
612 aa  379  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000359129  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.97 
 
 
656 aa  375  1e-102  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1784  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.36 
 
 
698 aa  375  1e-102  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.101726  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.74 
 
 
616 aa  375  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0393  RNA polymerase sigma factor  38.36 
 
 
698 aa  375  1e-102  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.735984  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5149  RNA polymerase sigma factor RpoD  35.9 
 
 
615 aa  373  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4300  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.62 
 
 
647 aa  375  1e-102  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1072  RpoD family RNA polymerase sigma factor  36.61 
 
 
612 aa  372  1e-102  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.321598  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0996  RpoD family RNA polymerase sigma factor  36.89 
 
 
616 aa  375  1e-102  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0289616  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1153  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  35.49 
 
 
611 aa  371  1e-101  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000483168  normal  0.0896301 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.36 
 
 
623 aa  371  1e-101  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  37.48 
 
 
754 aa  369  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.578035  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.74 
 
 
610 aa  370  1e-101  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4815  RNA polymerase sigma factor RpoD  35.97 
 
 
616 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1806  sigma 70 (RpoD)  37.29 
 
 
594 aa  372  1e-101  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000803488  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.52 
 
 
623 aa  372  1e-101  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0958  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  36.12 
 
 
616 aa  372  1e-101  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000123062  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1520  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.14 
 
 
736 aa  366  1e-100  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0658  RpoD family RNA polymerase sigma factor  35.86 
 
 
618 aa  367  1e-100  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.271928  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6774  RNA polymerase sigma factor RpoD  35.83 
 
 
681 aa  367  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.669833  normal  0.0681029 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  35.98 
 
 
800 aa  367  1e-100  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2384  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.14 
 
 
736 aa  366  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2491  putative RNA polymerase sigma(sigma-70) factor transcription regulator protein  38.14 
 
 
746 aa  367  1e-100  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.046137  normal  0.87444 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1698  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  36.97 
 
 
678 aa  367  1e-100  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>