More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bmur_2136 on replicon NC_014150
Organism: Brachyspira murdochii DSM 12563



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014150  Bmur_2136  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  100 
 
 
587 aa  1182    Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1346  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.53 
 
 
619 aa  402  1e-111  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3789  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  37.46 
 
 
584 aa  382  1e-105  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3089  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.33 
 
 
577 aa  380  1e-104  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3694  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  38.8 
 
 
584 aa  382  1e-104  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  36.22 
 
 
805 aa  380  1e-104  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  36.22 
 
 
802 aa  380  1e-104  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4047  RpoD family RNA polymerase sigma factor  38.33 
 
 
586 aa  380  1e-104  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000898252  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1530  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  39.18 
 
 
578 aa  382  1e-104  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0734  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.34 
 
 
631 aa  377  1e-103  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  35.2 
 
 
819 aa  374  1e-102  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.023937  normal  0.967295 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1212  RpoD family RNA polymerase sigma factor  38.44 
 
 
599 aa  375  1e-102  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.389301 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2678  RNA polymerase, sigma(70) factor  37.65 
 
 
588 aa  369  1e-101  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6393  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  38 
 
 
697 aa  367  1e-100  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3049  RpoD family RNA polymerase sigma factor  38.09 
 
 
582 aa  364  2e-99  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000323778  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1013  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  36.08 
 
 
586 aa  363  6e-99  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.241628  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02937  RNA polymerase sigma factor  36.72 
 
 
613 aa  362  9e-99  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00570536  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3360  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.72 
 
 
613 aa  362  9e-99  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0343174  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3248  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.72 
 
 
613 aa  362  9e-99  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0316286  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3532  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.72 
 
 
613 aa  362  9e-99  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000451825  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0632  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.72 
 
 
613 aa  362  9e-99  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0281134  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1626  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  38.42 
 
 
688 aa  362  9e-99  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4380  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.72 
 
 
613 aa  362  9e-99  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00205022  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3502  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.72 
 
 
613 aa  362  9e-99  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00613431  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02887  hypothetical protein  36.72 
 
 
613 aa  362  9e-99  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00855324  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.05 
 
 
650 aa  362  1e-98  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3471  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.13 
 
 
615 aa  360  5e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3397  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.13 
 
 
615 aa  360  5e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000443649  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3465  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.13 
 
 
615 aa  360  5e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268708  hitchhiker  0.00491171 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3401  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.13 
 
 
615 aa  360  5e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3567  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.13 
 
 
615 aa  360  5e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.942992  normal  0.234837 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3473  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.18 
 
 
631 aa  360  5e-98  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0442977  normal  0.143212 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0633  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  36.56 
 
 
613 aa  360  6e-98  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000780039  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  37.25 
 
 
599 aa  359  9e-98  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD-like  38.42 
 
 
579 aa  358  9.999999999999999e-98  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.309099  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0888  RNA polymerase sigma factor RpoD  35.06 
 
 
783 aa  357  1.9999999999999998e-97  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1806  sigma 70 (RpoD)  37.77 
 
 
594 aa  356  6.999999999999999e-97  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000803488  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4300  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.59 
 
 
647 aa  355  2e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2052  sigma-70 factor  35.54 
 
 
589 aa  355  2e-96  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0289381  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3370  RNA polymerase sigma factor RpoD  35.43 
 
 
612 aa  355  2e-96  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.264997  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1370  RpoD family RNA polymerase sigma factor  35.7 
 
 
590 aa  355  2e-96  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.69514  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  35.35 
 
 
707 aa  354  2.9999999999999997e-96  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2457  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  36.64 
 
 
588 aa  354  2.9999999999999997e-96  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.36607  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4595  RpoD family RNA polymerase sigma factor  38.29 
 
 
640 aa  354  2.9999999999999997e-96  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.5682  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3489  RNA polymerase sigma factor RpoD  35.77 
 
 
611 aa  353  4e-96  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0495804  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0783  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.63 
 
 
611 aa  353  5.9999999999999994e-96  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.060586  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2834  RNA polymerase sigma factor RpoD-like protein  35.86 
 
 
617 aa  352  1e-95  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0916822  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  34.12 
 
 
754 aa  351  2e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.578035  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0616  RNA polymerase, sigma 70 factor  35.62 
 
 
612 aa  351  2e-95  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.840508  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0805  RpoD family RNA polymerase sigma factor  34.62 
 
 
683 aa  351  2e-95  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.469743 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0548  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.62 
 
 
612 aa  351  3e-95  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128359  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2485  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  34.43 
 
 
801 aa  351  3e-95  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.187412  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0494  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  36.42 
 
 
590 aa  350  4e-95  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00018772 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  35.23 
 
 
616 aa  348  2e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  35.23 
 
 
616 aa  347  2e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1235  RNA polymerase sigma factor RpoD  38 
 
 
595 aa  347  2e-94  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2996  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  35.81 
 
 
614 aa  348  2e-94  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000465174  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1221  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  35.91 
 
 
627 aa  347  3e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.104356  normal  0.675776 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1188  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  35.91 
 
 
627 aa  347  3e-94  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.438947  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1085  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  36.23 
 
 
589 aa  347  3e-94  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.348489  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.07 
 
 
610 aa  347  3e-94  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0327  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  36.79 
 
 
590 aa  347  4e-94  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1144  RpoD family RNA polymerase sigma factor  35.91 
 
 
627 aa  347  5e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0208725  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3169  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  35.91 
 
 
611 aa  346  6e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.148528  normal  0.341399 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7094  sigma 70 (RpoD)  35.27 
 
 
677 aa  346  8e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.678093  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1894  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  35.39 
 
 
587 aa  345  8.999999999999999e-94  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0780433  normal  0.0147198 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0387  RNA polymerase sigma factor RpoD  35.37 
 
 
616 aa  345  1e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.00859546  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1558  sigma 70 (RpoD)  34.27 
 
 
783 aa  345  1e-93  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.990853  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0418  RNA polymerase sigma factor RpoD  35.37 
 
 
616 aa  345  1e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4028  RNA polymerase sigma factor RpoD  34.89 
 
 
615 aa  345  1e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.8019  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0421  RNA polymerase sigma factor RpoD  35.37 
 
 
616 aa  345  1e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0853887  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4815  RNA polymerase sigma factor RpoD  35.82 
 
 
616 aa  345  2e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5149  RNA polymerase sigma factor RpoD  35.61 
 
 
615 aa  345  2e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  35.08 
 
 
598 aa  345  2e-93  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1604  RpoD family RNA polymerase sigma factor  34.07 
 
 
736 aa  344  2e-93  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.362235  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3097  sigma 70 (RpoD)  34.02 
 
 
784 aa  343  2.9999999999999997e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.884131  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2151  RpoD family RNA polymerase sigma factor  36.67 
 
 
738 aa  343  5e-93  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5045  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  34.23 
 
 
808 aa  343  5.999999999999999e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420321  normal  0.303158 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47000  RNA polymerase sigma factor RpoD  35.28 
 
 
620 aa  342  8e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  34.82 
 
 
638 aa  341  2e-92  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0716  Fis family transcriptional regulator  35.87 
 
 
613 aa  340  5.9999999999999996e-92  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000378476  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2569  sigma 70 (RpoD)  35.37 
 
 
665 aa  339  7e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  0.000000000000108997  normal  0.136917 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0312  RpoD family RNA polymerase sigma factor  36.41 
 
 
571 aa  338  9.999999999999999e-92  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.593238  hitchhiker  0.00000519497 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6584  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  35.21 
 
 
665 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.0000000125379  normal  0.0159529 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1970  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  34.8 
 
 
631 aa  338  1.9999999999999998e-91  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.53576  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2336  RNA polymerase sigma factor RpoD  34.8 
 
 
624 aa  337  2.9999999999999997e-91  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.684077  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6013  sigma-70 region 1.2  34.19 
 
 
624 aa  334  2e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0526  RNA polymerase sigma factor RpoD  33.88 
 
 
657 aa  334  3e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1575  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  36.39 
 
 
623 aa  332  8e-90  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0235989  normal  0.0103568 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0721  sigma 70 (RpoD)  46.4 
 
 
805 aa  332  9e-90  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.473729  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0905  RNA polymerase sigma factor  40 
 
 
571 aa  331  3e-89  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.55 
 
 
666 aa  329  7e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  33.64 
 
 
659 aa  328  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0214  RNA polymerase sigma factor RpoD  35.12 
 
 
550 aa  327  3e-88  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.855551  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.73 
 
 
718 aa  325  2e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.73 
 
 
666 aa  324  3e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0827  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.94 
 
 
375 aa  323  4e-87  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000804536  decreased coverage  6.75333e-22 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4144  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.94 
 
 
375 aa  323  6e-87  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000635558  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.14 
 
 
665 aa  323  6e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3690  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  44.54 
 
 
664 aa  323  7e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.556111  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>