More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_0893 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_0893  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  100 
 
 
577 aa  1175    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0214  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.71 
 
 
550 aa  568  1e-160  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.855551  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4296  sigma 38, RpoS  36.16 
 
 
574 aa  349  9e-95  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.939988  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4595  RpoD family RNA polymerase sigma factor  37.75 
 
 
640 aa  338  9.999999999999999e-92  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.5682  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6393  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  36.21 
 
 
697 aa  336  7.999999999999999e-91  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1212  RpoD family RNA polymerase sigma factor  35.85 
 
 
599 aa  335  1e-90  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.389301 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1085  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  36.29 
 
 
589 aa  335  2e-90  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.348489  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2052  sigma-70 factor  35.46 
 
 
589 aa  333  6e-90  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0289381  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1370  RpoD family RNA polymerase sigma factor  35.6 
 
 
590 aa  332  1e-89  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.69514  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3694  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  35.78 
 
 
584 aa  331  2e-89  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2678  RNA polymerase, sigma(70) factor  35.6 
 
 
588 aa  330  4e-89  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0494  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  35.04 
 
 
590 aa  330  5.0000000000000004e-89  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00018772 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2457  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  35.8 
 
 
588 aa  330  5.0000000000000004e-89  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.36607  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1626  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  36.4 
 
 
688 aa  330  5.0000000000000004e-89  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4047  RpoD family RNA polymerase sigma factor  34.41 
 
 
586 aa  330  6e-89  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000898252  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1894  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  36.1 
 
 
587 aa  329  9e-89  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0780433  normal  0.0147198 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3789  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  35.45 
 
 
584 aa  329  1.0000000000000001e-88  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1530  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  35.8 
 
 
578 aa  328  1.0000000000000001e-88  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3089  RNA polymerase sigma factor RpoD  35.04 
 
 
577 aa  328  2.0000000000000001e-88  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0905  RNA polymerase sigma factor  37.41 
 
 
571 aa  327  3e-88  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  36.3 
 
 
598 aa  325  1e-87  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD-like  35.24 
 
 
579 aa  320  5e-86  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.309099  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0760  RNA polymerase sigma factor RpoD  34.52 
 
 
622 aa  313  4.999999999999999e-84  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.856067  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2491  putative RNA polymerase sigma(sigma-70) factor transcription regulator protein  34.82 
 
 
746 aa  310  5e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.046137  normal  0.87444 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1013  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  35.29 
 
 
586 aa  310  5.9999999999999995e-83  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.241628  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2151  RpoD family RNA polymerase sigma factor  39.8 
 
 
738 aa  309  9e-83  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0257  RpoD family RNA polymerase sigma factor  36.92 
 
 
541 aa  306  5.0000000000000004e-82  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.201917 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2562  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  33.17 
 
 
754 aa  306  5.0000000000000004e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0018126 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5045  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  34.11 
 
 
808 aa  306  6e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420321  normal  0.303158 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0337  sigma 70 (RpoD)  33.82 
 
 
647 aa  296  6e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0805  RpoD family RNA polymerase sigma factor  54.86 
 
 
683 aa  296  9e-79  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.469743 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1806  sigma 70 (RpoD)  53.05 
 
 
594 aa  295  1e-78  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000803488  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0743  RNA polymerase sigma factor RpoD  55.34 
 
 
380 aa  296  1e-78  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.00000000000129687  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0658  RpoD family RNA polymerase sigma factor  54.74 
 
 
618 aa  295  2e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.271928  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1241  DNA-directed RNA polymerase, sigma subunit (sigma70/sigma32)  54.47 
 
 
432 aa  294  3e-78  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00483871  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1416  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  51.99 
 
 
900 aa  294  3e-78  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.322339  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  53.56 
 
 
819 aa  293  5e-78  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.023937  normal  0.967295 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.51 
 
 
638 aa  293  6e-78  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2261  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.3 
 
 
664 aa  292  9e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.435799 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0721  sigma 70 (RpoD)  53.76 
 
 
805 aa  292  1e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.473729  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3450  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.21 
 
 
668 aa  292  1e-77  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.472971  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2136  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  32.7 
 
 
587 aa  292  1e-77  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2141  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.09 
 
 
664 aa  292  1e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.320176  normal  0.578732 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  52.03 
 
 
666 aa  291  2e-77  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0841  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.09 
 
 
667 aa  291  2e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104141  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1041  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  57.5 
 
 
612 aa  291  2e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.28445  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2129  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.79 
 
 
710 aa  291  2e-77  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.22382 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1627  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.7 
 
 
683 aa  290  3e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00680574 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2882  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.26 
 
 
696 aa  291  3e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.129916  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4028  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.67 
 
 
615 aa  291  3e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.8019  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0431  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.56 
 
 
674 aa  290  4e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213243  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.09 
 
 
668 aa  290  4e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2049  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.09 
 
 
668 aa  290  4e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.176039  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4072  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.32 
 
 
664 aa  290  4e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.518001 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  51.99 
 
 
702 aa  290  5.0000000000000004e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493714  normal  0.364288 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1223  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  58.02 
 
 
387 aa  290  5.0000000000000004e-77  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0115586  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2866  RNA polymerase sigma factor RpoD  52.36 
 
 
717 aa  290  5.0000000000000004e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00102705  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1698  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  51.99 
 
 
678 aa  290  5.0000000000000004e-77  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0888  RNA polymerase sigma factor RpoD  51.45 
 
 
783 aa  290  6e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2440  RNA polymerase sigma factor RpoD  52.36 
 
 
717 aa  290  6e-77  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00995293  normal  0.135691 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1113  RNA polymerase sigma factor RpoD  55.56 
 
 
373 aa  290  6e-77  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000049377  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0157  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.2 
 
 
375 aa  290  7e-77  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.26 
 
 
666 aa  290  7e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1688  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.09 
 
 
671 aa  289  8e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585859  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1434  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.56 
 
 
672 aa  289  8e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.960837  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoD  52.36 
 
 
702 aa  289  8e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0743249  hitchhiker  0.00275822 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  53.38 
 
 
802 aa  289  8e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1479  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.56 
 
 
672 aa  289  9e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  53.38 
 
 
805 aa  289  9e-77  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2414  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.2 
 
 
374 aa  289  9e-77  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000700134  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.32 
 
 
656 aa  288  1e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1481  RNA polymerase sigma factor RpoD  51.62 
 
 
698 aa  289  1e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.5 
 
 
650 aa  288  1e-76  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4265  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.62 
 
 
649 aa  288  1e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.914604  normal  0.695759 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4131  RNA polymerase sigma factor RpoD  51.82 
 
 
714 aa  288  1e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138863  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_491  DNA-directed RNA polymerase sigma subunit (sigma70/sigma32)  58.16 
 
 
520 aa  289  1e-76  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.0000000448627  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  57.08 
 
 
602 aa  288  1e-76  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0979  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.72 
 
 
669 aa  288  1e-76  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0235491  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3019  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.2 
 
 
373 aa  288  1e-76  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000207905  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07520  RNA polymerase sigma factor RpoD  51.99 
 
 
617 aa  289  1e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0627024  normal  0.302038 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3783  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.9 
 
 
805 aa  288  2e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0387  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.08 
 
 
616 aa  288  2e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.00859546  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2462  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.02 
 
 
367 aa  288  2e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0127291  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0418  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.08 
 
 
616 aa  288  2e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.08 
 
 
616 aa  288  2e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0526  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.32 
 
 
657 aa  288  2e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0833  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.9 
 
 
800 aa  288  2e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5149  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.08 
 
 
615 aa  288  2e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2204  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.9 
 
 
808 aa  288  2e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2384  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.9 
 
 
736 aa  288  2e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.32 
 
 
707 aa  288  2e-76  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.9 
 
 
800 aa  288  2e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2235  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.72 
 
 
667 aa  288  2e-76  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2223  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.72 
 
 
684 aa  288  2e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.909568 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2606  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.72 
 
 
855 aa  288  2e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10712  normal  0.319028 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1465  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.9 
 
 
668 aa  288  2e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0718  RNA polymerase sigma factor RpoD  51.99 
 
 
617 aa  288  2e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3257  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.9 
 
 
805 aa  288  2e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0133032  normal  0.0284743 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0526  RpoD family RNA polymerase sigma factor  58.16 
 
 
520 aa  288  2e-76  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.000000172392  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3886  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.9 
 
 
805 aa  288  2e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.673998  normal  0.56553 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>