More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_5105 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_4642  DNA ligase, NAD-dependent  98.28 
 
 		 814 aa  1608    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0885288 
 
 
-
 
NC_004310  BR1420  NAD-dependent DNA ligase LigA  50.25 
 
 		 719 aa  717    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.801341  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5105  DNA ligase, NAD-dependent  100 
 
 		 814 aa  1628    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.599059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5183  DNA ligase, NAD-dependent  96.68 
 
 		 814 aa  1521    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0011  DNA ligase, NAD-dependent  74.22 
 
 		 810 aa  1152    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.927045  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0491  DNA ligase, NAD-dependent  69.49 
 
 		 829 aa  1109    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1062  NAD-dependent DNA ligase  53.27 
 
 		 716 aa  662    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.759691  normal  0.781607 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4727  DNA ligase, NAD-dependent  49.32 
 
 		 708 aa  650    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.254208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2008  DNA ligase, NAD-dependent  56.85 
 
 		 714 aa  637    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.843308 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3294  DNA ligase, NAD-dependent  54.18 
 
 		 795 aa  825    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.36347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3381  DNA ligase, NAD-dependent  48.63 
 
 		 714 aa  681    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0113379  hitchhiker  0.00670333 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1290  DNA ligase, NAD-dependent  51.73 
 
 		 714 aa  759    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.67847  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3097  DNA ligase, NAD-dependent  48.18 
 
 		 792 aa  651    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3499  DNA ligase, NAD-dependent  56.2 
 
 		 700 aa  645    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0569727 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1280  DNA ligase, NAD-dependent  55.52 
 
 		 704 aa  640    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.334632 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4035  DNA ligase, NAD-dependent  49 
 
 		 715 aa  690    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.519531  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0706  DNA ligase, NAD-dependent  52.6 
 
 		 699 aa  662    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.948055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1509  DNA ligase  58.15 
 
 		 741 aa  656    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.75863  normal  0.655718 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2876  NAD-dependent DNA ligase LigA  51.51 
 
 		 719 aa  645    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0956415  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4083  DNA ligase, NAD-dependent  57.14 
 
 		 765 aa  649    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.316882  normal  0.489697 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1689  DNA ligase, NAD-dependent  69.18 
 
 		 827 aa  1096    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.914748 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1376  NAD-dependent DNA ligase LigA  50.25 
 
 		 719 aa  718    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.390799  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1159  DNA ligase, NAD-dependent  56.46 
 
 		 704 aa  633  1e-180  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.227634  normal  0.637978 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2622  DNA ligase  56.11 
 
 		 704 aa  634  1e-180  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.477478  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2504  DNA ligase, NAD-dependent  56.95 
 
 		 752 aa  634  1e-180  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.234774 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0937  NAD-dependent DNA ligase LigA  51.55 
 
 		 717 aa  633  1e-180  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0205713  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2070  NAD-dependent DNA ligase LigA  53.77 
 
 		 717 aa  627  1e-178  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00183267 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2432  DNA ligase, NAD-dependent  54.47 
 
 		 710 aa  622  1e-177  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1762  DNA ligase, NAD-dependent  56.36 
 
 		 720 aa  622  1e-176  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.654069  normal  0.115232 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2579  NAD-dependent DNA ligase LigA  51.38 
 
 		 718 aa  616  1e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2066  DNA ligase, NAD-dependent  56.53 
 
 		 701 aa  616  1e-175  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1754  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.09 
 
 		 721 aa  615  9.999999999999999e-175  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2840  NAD-dependent DNA ligase LigA  51.52 
 
 		 718 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.229062  normal  0.0102416 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6162  DNA ligase (polydeoxyribonucleotide synthase (NAD+))  52.08 
 
 		 716 aa  613  9.999999999999999e-175  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825564 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1398  DNA ligase, NAD-dependent  54.23 
 
 		 739 aa  604  1.0000000000000001e-171  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.695979 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0549  DNA ligase, NAD-dependent  48.38 
 
 		 714 aa  602  1.0000000000000001e-171  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.183807  normal  0.14967 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1997  DNA ligase, NAD-dependent  51.93 
 
 		 703 aa  566  1e-160  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0939  DNA ligase (NAD+)  49.84 
 
 		 698 aa  565  1.0000000000000001e-159  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.331194  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1738  DNA ligase, NAD-dependent  51.6 
 
 		 721 aa  558  1e-157  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00107521  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30290  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.85 
 
 		 784 aa  549  1e-155  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.301541  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3804  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.51 
 
 		 794 aa  549  1e-155  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44660  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.63 
 
 		 794 aa  551  1e-155  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0139158  normal  0.0637496 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3838  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.35 
 
 		 776 aa  549  1e-155  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.771384 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4274  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.35 
 
 		 776 aa  545  1e-154  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.185778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1594  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.35 
 
 		 776 aa  548  1e-154  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0867553 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2746  NAD-dependent DNA ligase LigA  40.96 
 
 		 786 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0339353  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3600  NAD-dependent DNA ligase LigA  40.75 
 
 		 776 aa  537  1e-151  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.278075  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2583  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.82 
 
 		 821 aa  538  1e-151  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1819  NAD-dependent DNA ligase LigA  40.84 
 
 		 787 aa  529  1e-149  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.386277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1801  NAD-dependent DNA ligase LigA  40.91 
 
 		 785 aa  528  1e-148  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0162634  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3656  DNA ligase, NAD-dependent  40.96 
 
 		 787 aa  523  1e-147  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1336  DNA ligase, NAD-dependent  42.45 
 
 		 813 aa  521  1e-146  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.528438 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1272  DNA ligase, NAD-dependent  42.02 
 
 		 817 aa  518  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.229595 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2047  NAD-dependent DNA ligase LigA  39.4 
 
 		 831 aa  517  1.0000000000000001e-145  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2128  NAD-dependent DNA ligase LigA  39.05 
 
 		 837 aa  516  1.0000000000000001e-145  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.825717  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1398  putative DNA ligase (polydeoxyribonucleotide synthase [NAD+]) protein  40.99 
 
 		 813 aa  510  1e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3160  DNA ligase, NAD-dependent  50.43 
 
 		 708 aa  512  1e-143  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.780726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1239  DNA ligase, NAD-dependent  43.32 
 
 		 672 aa  496  1e-139  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00267622  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2022  DNA ligase, NAD-dependent  48.55 
 
 		 691 aa  496  1e-139  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3071  DNA ligase, NAD-dependent  44.59 
 
 		 704 aa  498  1e-139  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.678716  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2062  DNA ligase, NAD-dependent  48.72 
 
 		 691 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.631088  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1560  DNA ligase, NAD-dependent  48.72 
 
 		 691 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.436833  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2588  DNA ligase, NAD-dependent  48.72 
 
 		 691 aa  495  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.245296  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5334  DNA ligase (NAD+)  47.62 
 
 		 691 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373441  normal  0.204139 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2442  DNA ligase, NAD-dependent  48.55 
 
 		 691 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.414068  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3249  DNA ligase, NAD-dependent  48.72 
 
 		 691 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2499  DNA ligase, NAD-dependent  48.72 
 
 		 691 aa  495  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1334  DNA ligase, NAD-dependent  48.72 
 
 		 691 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.538237  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  47.89 
 
 		 711 aa  491  1e-137  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2044  DNA ligase, NAD-dependent  47.45 
 
 		 691 aa  488  1e-136  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0835  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.09 
 
 		 684 aa  486  1e-136  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2201  DNA ligase, NAD-dependent  46.18 
 
 		 690 aa  486  1e-136  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378461  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6053  DNA ligase, NAD-dependent  47.45 
 
 		 746 aa  486  1e-136  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2024  DNA ligase, NAD-dependent  47.45 
 
 		 691 aa  487  1e-136  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2744  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.55 
 
 		 670 aa  483  1e-135  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000148607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1455  DNA ligase, NAD-dependent  46.83 
 
 		 671 aa  483  1e-135  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1252  DNA ligase, NAD-dependent  47.36 
 
 		 691 aa  484  1e-135  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0258025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1926  DNA ligase, NAD-dependent  47.28 
 
 		 691 aa  484  1e-135  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55791  normal  0.279266 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1575  DNA ligase, NAD-dependent  46.58 
 
 		 697 aa  483  1e-135  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1776  DNA ligase, NAD-dependent  43.14 
 
 		 677 aa  483  1e-135  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.19429  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0801  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.05 
 
 		 682 aa  482  1e-135  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2057  DNA ligase, NAD-dependent  47.11 
 
 		 691 aa  483  1e-135  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.258192  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  47.4 
 
 		 673 aa  480  1e-134  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1432  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.55 
 
 		 670 aa  481  1e-134  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000269504  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3403  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.09 
 
 		 681 aa  481  1e-134  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1321  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.55 
 
 		 670 aa  481  1e-134  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000153003  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0757  DNA ligase, NAD-dependent  47.74 
 
 		 682 aa  480  1e-134  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.320079  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  45.95 
 
 		 675 aa  481  1e-134  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2461  DNA ligase, NAD-dependent  46.87 
 
 		 688 aa  477  1e-133  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0455112  hitchhiker  0.000280706 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3562  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.82 
 
 		 681 aa  476  1e-132  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2927  DNA ligase, NAD-dependent  45.3 
 
 		 683 aa  473  1e-132  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000591487  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3444  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.61 
 
 		 673 aa  475  1e-132  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000441921  hitchhiker  0.000209829 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0624  NAD-dependent DNA ligase  45.58 
 
 		 686 aa  476  1e-132  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.182096  normal  0.661335 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1676  NAD-dependent DNA ligase  46.32 
 
 		 688 aa  474  1e-132  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.194979  normal  0.0666248 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1428  DNA ligase, NAD-dependent  46.12 
 
 		 721 aa  475  1e-132  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00223913 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1734  NAD-dependent DNA ligase  45.75 
 
 		 683 aa  470  1.0000000000000001e-131  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.39998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  44.46 
 
 		 674 aa  471  1.0000000000000001e-131  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2190  DNA ligase, NAD-dependent  46.74 
 
 		 693 aa  471  1.0000000000000001e-131  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0728062  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.05 
 
 		 671 aa  466  9.999999999999999e-131  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1343  DNA ligase, NAD-dependent  45.93 
 
 		 683 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584756  normal  0.20338 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>