More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_0491 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012850  Rleg_2840  NAD-dependent DNA ligase LigA  53.11 
 
 		 718 aa  640    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.229062  normal  0.0102416 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6162  DNA ligase (polydeoxyribonucleotide synthase (NAD+))  48.8 
 
 		 716 aa  712    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825564 
 
 
-
 
NC_004310  BR1420  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.42 
 
 		 719 aa  696    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.801341  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1689  DNA ligase, NAD-dependent  89.99 
 
 		 827 aa  1467    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.914748 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5183  DNA ligase, NAD-dependent  68.91 
 
 		 814 aa  1090    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1062  NAD-dependent DNA ligase  55.65 
 
 		 716 aa  670    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.759691  normal  0.781607 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2876  NAD-dependent DNA ligase LigA  53.61 
 
 		 719 aa  664    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0956415  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3097  DNA ligase, NAD-dependent  48.33 
 
 		 792 aa  687    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2008  DNA ligase, NAD-dependent  56.22 
 
 		 714 aa  647    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.843308 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1738  DNA ligase, NAD-dependent  47.07 
 
 		 721 aa  640    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00107521  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1376  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.3 
 
 		 719 aa  695    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.390799  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2504  DNA ligase, NAD-dependent  49.07 
 
 		 752 aa  653    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.234774 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3499  DNA ligase, NAD-dependent  58 
 
 		 700 aa  684    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0569727 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3294  DNA ligase, NAD-dependent  55.28 
 
 		 795 aa  867    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.36347  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4035  DNA ligase, NAD-dependent  55.18 
 
 		 715 aa  656    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.519531  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0491  DNA ligase, NAD-dependent  100 
 
 		 829 aa  1660    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3381  DNA ligase, NAD-dependent  54.3 
 
 		 714 aa  639    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0113379  hitchhiker  0.00670333 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1290  DNA ligase, NAD-dependent  54.78 
 
 		 714 aa  666    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.67847  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2432  DNA ligase, NAD-dependent  49.57 
 
 		 710 aa  691    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5105  DNA ligase, NAD-dependent  69.49 
 
 		 814 aa  1077    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.599059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4642  DNA ligase, NAD-dependent  69.49 
 
 		 814 aa  1092    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0885288 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0011  DNA ligase, NAD-dependent  69.87 
 
 		 810 aa  1083    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.927045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1762  DNA ligase, NAD-dependent  57.03 
 
 		 720 aa  645    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.654069  normal  0.115232 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2579  NAD-dependent DNA ligase LigA  53.06 
 
 		 718 aa  639    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4727  DNA ligase, NAD-dependent  48.91 
 
 		 708 aa  650    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.254208  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0706  DNA ligase, NAD-dependent  53.13 
 
 		 699 aa  685    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.948055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4083  DNA ligase, NAD-dependent  55.25 
 
 		 765 aa  634  1e-180  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.316882  normal  0.489697 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2622  DNA ligase  54.48 
 
 		 704 aa  630  1e-179  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.477478  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1159  DNA ligase, NAD-dependent  56.06 
 
 		 704 aa  629  1e-179  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.227634  normal  0.637978 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1280  DNA ligase, NAD-dependent  54.32 
 
 		 704 aa  631  1e-179  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.334632 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1509  DNA ligase  54.97 
 
 		 741 aa  622  1e-177  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.75863  normal  0.655718 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2070  NAD-dependent DNA ligase LigA  52.49 
 
 		 717 aa  621  1e-176  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00183267 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0937  NAD-dependent DNA ligase LigA  50.08 
 
 		 717 aa  617  1e-175  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0205713  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1754  NAD-dependent DNA ligase LigA  53.21 
 
 		 721 aa  615  9.999999999999999e-175  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1398  DNA ligase, NAD-dependent  53.85 
 
 		 739 aa  607  9.999999999999999e-173  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.695979 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0549  DNA ligase, NAD-dependent  49.33 
 
 		 714 aa  608  9.999999999999999e-173  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.183807  normal  0.14967 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2066  DNA ligase, NAD-dependent  53.77 
 
 		 701 aa  602  1.0000000000000001e-171  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0939  DNA ligase (NAD+)  49.61 
 
 		 698 aa  575  1.0000000000000001e-162  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.331194  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3160  DNA ligase, NAD-dependent  43.87 
 
 		 708 aa  562  1e-158  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.780726  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1997  DNA ligase, NAD-dependent  50.97 
 
 		 703 aa  558  1e-157  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2583  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.2 
 
 		 821 aa  552  1e-155  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1336  DNA ligase, NAD-dependent  41.7 
 
 		 813 aa  542  9.999999999999999e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.528438 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1272  DNA ligase, NAD-dependent  41.53 
 
 		 817 aa  538  1e-151  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.229595 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2746  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.26 
 
 		 786 aa  536  1e-151  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0339353  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1398  putative DNA ligase (polydeoxyribonucleotide synthase [NAD+]) protein  42.31 
 
 		 813 aa  533  1e-150  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30290  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.62 
 
 		 784 aa  532  1e-149  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.301541  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3838  NAD-dependent DNA ligase LigA  40.68 
 
 		 776 aa  529  1e-149  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.771384 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1594  NAD-dependent DNA ligase LigA  40.82 
 
 		 776 aa  531  1e-149  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0867553 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44660  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.06 
 
 		 794 aa  531  1e-149  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0139158  normal  0.0637496 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4274  NAD-dependent DNA ligase LigA  40.7 
 
 		 776 aa  528  1e-148  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.185778  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1819  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.82 
 
 		 787 aa  526  1e-148  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.386277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3600  NAD-dependent DNA ligase LigA  40.28 
 
 		 776 aa  529  1e-148  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.278075  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3804  NAD-dependent DNA ligase LigA  40.83 
 
 		 794 aa  529  1e-148  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1801  NAD-dependent DNA ligase LigA  40.21 
 
 		 785 aa  521  1e-146  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0162634  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3656  DNA ligase, NAD-dependent  41.22 
 
 		 787 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  47.06 
 
 		 711 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2128  NAD-dependent DNA ligase LigA  38.59 
 
 		 837 aa  510  1e-143  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.825717  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2047  NAD-dependent DNA ligase LigA  38.69 
 
 		 831 aa  511  1e-143  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1455  DNA ligase, NAD-dependent  47.41 
 
 		 671 aa  506  9.999999999999999e-143  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0503  DNA ligase, NAD-dependent  47.02 
 
 		 671 aa  503  1e-141  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.720163  normal  0.76832 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2744  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.63 
 
 		 670 aa  501  1e-140  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000148607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1239  DNA ligase, NAD-dependent  41.67 
 
 		 672 aa  501  1e-140  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00267622  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1432  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.22 
 
 		 670 aa  498  1e-139  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000269504  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0757  DNA ligase, NAD-dependent  48.34 
 
 		 682 aa  497  1e-139  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.320079  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1575  DNA ligase, NAD-dependent  45.36 
 
 		 697 aa  498  1e-139  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1321  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.22 
 
 		 670 aa  498  1e-139  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000153003  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3071  DNA ligase, NAD-dependent  37.27 
 
 		 704 aa  498  1e-139  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.678716  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3444  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.26 
 
 		 673 aa  496  9.999999999999999e-139  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000441921  hitchhiker  0.000209829 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1428  DNA ligase, NAD-dependent  45.48 
 
 		 721 aa  496  9.999999999999999e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00223913 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2728  NAD-dependent DNA ligase C4-type  39.78 
 
 		 671 aa  489  1e-137  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2190  DNA ligase, NAD-dependent  46.96 
 
 		 693 aa  489  1e-137  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0728062  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0835  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.15 
 
 		 684 aa  490  1e-137  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  46.45 
 
 		 673 aa  486  1e-136  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  45.75 
 
 		 675 aa  486  1e-136  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3562  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.26 
 
 		 681 aa  484  1e-135  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0624  NAD-dependent DNA ligase  45.93 
 
 		 686 aa  484  1e-135  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.182096  normal  0.661335 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.79 
 
 		 671 aa  480  1e-134  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  45.79 
 
 		 671 aa  479  1e-134  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2758  DNA ligase, NAD-dependent  43.51 
 
 		 685 aa  481  1e-134  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00554758  hitchhiker  0.000696981 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  45.79 
 
 		 671 aa  480  1e-134  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.79 
 
 		 671 aa  480  1e-134  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2679  DNA ligase, NAD-dependent  43.51 
 
 		 685 aa  481  1e-134  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000018832  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0801  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.42 
 
 		 682 aa  481  1e-134  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2201  DNA ligase, NAD-dependent  45.82 
 
 		 690 aa  481  1e-134  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378461  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1403  DNA ligase, NAD-dependent  44.9 
 
 		 693 aa  481  1e-134  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.655941  normal  0.448551 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.79 
 
 		 671 aa  479  1e-134  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0271  NAD-dependent DNA ligase LigA  36.32 
 
 		 670 aa  479  1e-134  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1508  DNA ligase, NAD-dependent  43.35 
 
 		 690 aa  481  1e-134  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000647513  hitchhiker  0.000000119836 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  43.35 
 
 		 690 aa  481  1e-134  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0681  DNA ligase, NAD-dependent  45.37 
 
 		 673 aa  481  1e-134  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.295891  normal  0.841285 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3403  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.92 
 
 		 681 aa  479  1e-134  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.79 
 
 		 671 aa  480  1e-134  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2588  DNA ligase, NAD-dependent  45.31 
 
 		 691 aa  477  1e-133  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.245296  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.62 
 
 		 671 aa  477  1e-133  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2022  DNA ligase, NAD-dependent  44.26 
 
 		 691 aa  476  1e-133  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2062  DNA ligase, NAD-dependent  45.31 
 
 		 691 aa  479  1e-133  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.631088  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2592  DNA ligase, NAD-dependent  43.69 
 
 		 706 aa  476  1e-133  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.457213 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3249  DNA ligase, NAD-dependent  45.31 
 
 		 691 aa  479  1e-133  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1569  DNA ligase, NAD-dependent  43.19 
 
 		 691 aa  478  1e-133  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515781  unclonable  0.000000000191104 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1516  DNA ligase (NAD(+))  44.33 
 
 		 681 aa  478  1e-133  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000678531  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>