More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3499 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  52.22 
 
 		 671 aa  647    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  52.22 
 
 		 671 aa  647    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  52.22 
 
 		 671 aa  646    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1376  NAD-dependent DNA ligase LigA  57.73 
 
 		 719 aa  801    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.390799  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1689  DNA ligase, NAD-dependent  57.58 
 
 		 827 aa  681    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.914748 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0491  DNA ligase, NAD-dependent  58 
 
 		 829 aa  684    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3499  DNA ligase, NAD-dependent  100 
 
 		 700 aa  1419    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0569727 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5183  DNA ligase, NAD-dependent  56.68 
 
 		 814 aa  640    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0011  DNA ligase, NAD-dependent  56.47 
 
 		 810 aa  656    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.927045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0757  DNA ligase, NAD-dependent  57.08 
 
 		 682 aa  666    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.320079  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1420  NAD-dependent DNA ligase LigA  57.87 
 
 		 719 aa  803    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.801341  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  52.22 
 
 		 671 aa  647    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1762  DNA ligase, NAD-dependent  65.77 
 
 		 720 aa  912    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.654069  normal  0.115232 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2686  NAD-dependent DNA ligase LigA  50.58 
 
 		 671 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595672  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2579  NAD-dependent DNA ligase LigA  58.87 
 
 		 718 aa  811    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1280  DNA ligase, NAD-dependent  56.62 
 
 		 704 aa  740    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.334632 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  52.4 
 
 		 711 aa  657    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2792  NAD-dependent DNA ligase LigA  50.73 
 
 		 671 aa  642    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.755122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1062  NAD-dependent DNA ligase  62.08 
 
 		 716 aa  875    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.759691  normal  0.781607 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1432  NAD-dependent DNA ligase LigA  50.58 
 
 		 670 aa  637    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000269504  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1321  NAD-dependent DNA ligase LigA  50.58 
 
 		 670 aa  637    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000153003  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2622  DNA ligase  56.9 
 
 		 704 aa  735    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.477478  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2876  NAD-dependent DNA ligase LigA  58.06 
 
 		 719 aa  798    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0956415  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  52.07 
 
 		 671 aa  644    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4727  DNA ligase, NAD-dependent  55.97 
 
 		 708 aa  711    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.254208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2432  DNA ligase, NAD-dependent  63.77 
 
 		 710 aa  862    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2939  NAD-dependent DNA ligase LigA  50.58 
 
 		 671 aa  637    Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000192646  normal  0.0623801 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2620  NAD-dependent DNA ligase LigA  50.58 
 
 		 671 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.936148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0939  DNA ligase (NAD+)  57.37 
 
 		 698 aa  751    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.331194  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1754  NAD-dependent DNA ligase LigA  58.95 
 
 		 721 aa  812    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2008  DNA ligase, NAD-dependent  60.89 
 
 		 714 aa  801    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.843308 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1738  DNA ligase, NAD-dependent  53.69 
 
 		 721 aa  728    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00107521  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4035  DNA ligase, NAD-dependent  60.81 
 
 		 715 aa  819    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.519531  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2571  NAD-dependent DNA ligase LigA  50.51 
 
 		 671 aa  637    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000161057  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2504  DNA ligase, NAD-dependent  53.98 
 
 		 752 aa  717    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.234774 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2201  DNA ligase, NAD-dependent  50.15 
 
 		 690 aa  635    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378461  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3294  DNA ligase, NAD-dependent  51.69 
 
 		 795 aa  745    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.36347  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  52.22 
 
 		 671 aa  647    Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3381  DNA ligase, NAD-dependent  61.09 
 
 		 714 aa  819    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0113379  hitchhiker  0.00670333 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1290  DNA ligase, NAD-dependent  60.39 
 
 		 714 aa  845    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.67847  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4642  DNA ligase, NAD-dependent  55.59 
 
 		 814 aa  641    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0885288 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1428  DNA ligase, NAD-dependent  50.78 
 
 		 721 aa  639    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00223913 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1509  DNA ligase  57.2 
 
 		 741 aa  776    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.75863  normal  0.655718 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1398  DNA ligase, NAD-dependent  54.35 
 
 		 739 aa  721    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.695979 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0549  DNA ligase, NAD-dependent  54.97 
 
 		 714 aa  682    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.183807  normal  0.14967 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  51.81 
 
 		 675 aa  643    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1997  DNA ligase, NAD-dependent  60.98 
 
 		 703 aa  822    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2840  NAD-dependent DNA ligase LigA  58.37 
 
 		 718 aa  801    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.229062  normal  0.0102416 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3160  DNA ligase, NAD-dependent  54.82 
 
 		 708 aa  704    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.780726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5105  DNA ligase, NAD-dependent  55.99 
 
 		 814 aa  640    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.599059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2066  DNA ligase, NAD-dependent  61.97 
 
 		 701 aa  835    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0706  DNA ligase, NAD-dependent  75.68 
 
 		 699 aa  1090    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.948055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4083  DNA ligase, NAD-dependent  55.01 
 
 		 765 aa  747    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.316882  normal  0.489697 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1159  DNA ligase, NAD-dependent  57.52 
 
 		 704 aa  754    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.227634  normal  0.637978 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  52.22 
 
 		 671 aa  647    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6162  DNA ligase (polydeoxyribonucleotide synthase (NAD+))  58.82 
 
 		 716 aa  807    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825564 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2744  NAD-dependent DNA ligase LigA  50.58 
 
 		 670 aa  638    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000148607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0937  NAD-dependent DNA ligase LigA  57.08 
 
 		 717 aa  801    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0205713  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2070  NAD-dependent DNA ligase LigA  58.18 
 
 		 717 aa  798    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00183267 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3071  DNA ligase, NAD-dependent  48.84 
 
 		 704 aa  645    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.678716  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  52.65 
 
 		 671 aa  649    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0801  NAD-dependent DNA ligase LigA  49.22 
 
 		 682 aa  634  1e-180  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2662  NAD-dependent DNA ligase LigA  50.22 
 
 		 671 aa  634  1e-180  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0516763  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1455  DNA ligase, NAD-dependent  50.44 
 
 		 671 aa  630  1e-179  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2190  DNA ligase, NAD-dependent  51.98 
 
 		 693 aa  631  1e-179  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0728062  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1239  DNA ligase, NAD-dependent  46.61 
 
 		 672 aa  629  1e-179  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00267622  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2592  DNA ligase, NAD-dependent  49.29 
 
 		 706 aa  625  1e-178  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.457213 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1776  DNA ligase, NAD-dependent  48.6 
 
 		 677 aa  626  1e-178  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.19429  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3562  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.66 
 
 		 681 aa  622  1e-177  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0503  DNA ligase, NAD-dependent  50.29 
 
 		 671 aa  624  1e-177  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.720163  normal  0.76832 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0377  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.66 
 
 		 673 aa  623  1e-177  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  48.36 
 
 		 690 aa  623  1e-177  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3403  NAD-dependent DNA ligase LigA  50.22 
 
 		 681 aa  622  1e-177  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1569  DNA ligase, NAD-dependent  49.27 
 
 		 691 aa  623  1e-177  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515781  unclonable  0.000000000191104 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3444  NAD-dependent DNA ligase LigA  50.07 
 
 		 673 aa  621  1e-176  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000441921  hitchhiker  0.000209829 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0835  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.36 
 
 		 684 aa  619  1e-176  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1516  DNA ligase (NAD(+))  49.43 
 
 		 681 aa  620  1e-176  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000678531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1508  DNA ligase, NAD-dependent  48.22 
 
 		 690 aa  622  1e-176  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000647513  hitchhiker  0.000000119836 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1252  DNA ligase, NAD-dependent  50.81 
 
 		 691 aa  618  1e-175  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0258025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2044  DNA ligase, NAD-dependent  51.11 
 
 		 691 aa  616  1e-175  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1575  DNA ligase, NAD-dependent  49.71 
 
 		 697 aa  616  1e-175  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0703  DNA ligase, NAD-dependent  50 
 
 		 691 aa  617  1e-175  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6053  DNA ligase, NAD-dependent  51.11 
 
 		 746 aa  617  1e-175  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2024  DNA ligase, NAD-dependent  51.11 
 
 		 691 aa  617  1e-175  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2896  DNA ligase, NAD-dependent  48.68 
 
 		 689 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1734  NAD-dependent DNA ligase  50.72 
 
 		 683 aa  613  9.999999999999999e-175  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.39998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5334  DNA ligase (NAD+)  50.81 
 
 		 691 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373441  normal  0.204139 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1403  DNA ligase, NAD-dependent  49.79 
 
 		 693 aa  615  9.999999999999999e-175  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.655941  normal  0.448551 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1926  DNA ligase, NAD-dependent  50.22 
 
 		 691 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55791  normal  0.279266 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2057  DNA ligase, NAD-dependent  49.85 
 
 		 691 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.258192  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  49.78 
 
 		 673 aa  610  1e-173  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0492  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.52 
 
 		 669 aa  608  1e-173  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000242454  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2679  DNA ligase, NAD-dependent  48.45 
 
 		 685 aa  609  1e-173  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000018832  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2758  DNA ligase, NAD-dependent  48.45 
 
 		 685 aa  608  1e-173  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00554758  hitchhiker  0.000696981 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1343  DNA ligase, NAD-dependent  49.56 
 
 		 683 aa  606  9.999999999999999e-173  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584756  normal  0.20338 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1334  DNA ligase, NAD-dependent  49.93 
 
 		 691 aa  608  9.999999999999999e-173  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.538237  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  48.16 
 
 		 674 aa  607  9.999999999999999e-173  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1705  DNA ligase, NAD-dependent  48.45 
 
 		 685 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000114947  decreased coverage  0.000000000204337 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2062  DNA ligase, NAD-dependent  49.93 
 
 		 691 aa  608  9.999999999999999e-173  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.631088  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3249  DNA ligase, NAD-dependent  49.93 
 
 		 691 aa  608  9.999999999999999e-173  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>