More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_0757 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_3160  DNA ligase, NAD-dependent  64.49 
 
 		 708 aa  828    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.780726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2876  NAD-dependent DNA ligase LigA  52.56 
 
 		 719 aa  657    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0956415  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1762  DNA ligase, NAD-dependent  52.92 
 
 		 720 aa  655    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.654069  normal  0.115232 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1754  NAD-dependent DNA ligase LigA  50.76 
 
 		 721 aa  650    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2432  DNA ligase, NAD-dependent  54.2 
 
 		 710 aa  640    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1420  NAD-dependent DNA ligase LigA  52.14 
 
 		 719 aa  648    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.801341  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0757  DNA ligase, NAD-dependent  100 
 
 		 682 aa  1358    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.320079  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1062  NAD-dependent DNA ligase  53.59 
 
 		 716 aa  660    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.759691  normal  0.781607 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0706  DNA ligase, NAD-dependent  54.65 
 
 		 699 aa  696    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.948055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0939  DNA ligase (NAD+)  57.02 
 
 		 698 aa  698    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.331194  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2579  NAD-dependent DNA ligase LigA  51 
 
 		 718 aa  639    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2008  DNA ligase, NAD-dependent  53.51 
 
 		 714 aa  646    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.843308 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4035  DNA ligase, NAD-dependent  53.99 
 
 		 715 aa  661    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.519531  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3381  DNA ligase, NAD-dependent  54.99 
 
 		 714 aa  652    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0113379  hitchhiker  0.00670333 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1290  DNA ligase, NAD-dependent  53.04 
 
 		 714 aa  665    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.67847  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2066  DNA ligase, NAD-dependent  53.98 
 
 		 701 aa  647    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1376  NAD-dependent DNA ligase LigA  52.14 
 
 		 719 aa  647    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.390799  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3499  DNA ligase, NAD-dependent  57.31 
 
 		 700 aa  706    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0569727 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2840  NAD-dependent DNA ligase LigA  50.72 
 
 		 718 aa  634  1e-180  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.229062  normal  0.0102416 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2070  NAD-dependent DNA ligase LigA  52.11 
 
 		 717 aa  624  1e-177  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00183267 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1159  DNA ligase, NAD-dependent  52.9 
 
 		 704 aa  610  1e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.227634  normal  0.637978 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0937  NAD-dependent DNA ligase LigA  49.35 
 
 		 717 aa  607  9.999999999999999e-173  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0205713  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6162  DNA ligase (polydeoxyribonucleotide synthase (NAD+))  49.57 
 
 		 716 aa  607  9.999999999999999e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825564 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1509  DNA ligase  50.94 
 
 		 741 aa  605  1.0000000000000001e-171  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.75863  normal  0.655718 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1738  DNA ligase, NAD-dependent  49.31 
 
 		 721 aa  599  1e-170  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00107521  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4083  DNA ligase, NAD-dependent  49.87 
 
 		 765 aa  601  1e-170  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.316882  normal  0.489697 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1280  DNA ligase, NAD-dependent  52.16 
 
 		 704 aa  597  1e-169  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.334632 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2622  DNA ligase  52.42 
 
 		 704 aa  595  1e-169  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.477478  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3071  DNA ligase, NAD-dependent  46.88 
 
 		 704 aa  587  1e-166  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.678716  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0681  DNA ligase, NAD-dependent  49.34 
 
 		 673 aa  582  1.0000000000000001e-165  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.295891  normal  0.841285 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4727  DNA ligase, NAD-dependent  52.44 
 
 		 708 aa  579  1e-164  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.254208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1997  DNA ligase, NAD-dependent  50.14 
 
 		 703 aa  580  1e-164  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1398  DNA ligase, NAD-dependent  48.31 
 
 		 739 aa  575  1.0000000000000001e-163  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.695979 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2504  DNA ligase, NAD-dependent  49.72 
 
 		 752 aa  574  1.0000000000000001e-162  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.234774 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0703  DNA ligase, NAD-dependent  48.6 
 
 		 691 aa  569  1e-161  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  48.45 
 
 		 673 aa  566  1e-160  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  48.76 
 
 		 675 aa  567  1e-160  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1734  NAD-dependent DNA ligase  49.42 
 
 		 683 aa  566  1e-160  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.39998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2044  DNA ligase, NAD-dependent  48.63 
 
 		 691 aa  567  1e-160  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1455  DNA ligase, NAD-dependent  47.8 
 
 		 671 aa  566  1e-160  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6053  DNA ligase, NAD-dependent  48.77 
 
 		 746 aa  567  1e-160  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2024  DNA ligase, NAD-dependent  48.63 
 
 		 691 aa  567  1e-160  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2442  DNA ligase, NAD-dependent  48.84 
 
 		 691 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.414068  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1252  DNA ligase, NAD-dependent  47.98 
 
 		 691 aa  564  1.0000000000000001e-159  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0258025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2588  DNA ligase, NAD-dependent  48.7 
 
 		 691 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.245296  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1693  DNA ligase (NAD+)  45.29 
 
 		 675 aa  562  1.0000000000000001e-159  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000392244  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0503  DNA ligase, NAD-dependent  48.24 
 
 		 671 aa  564  1.0000000000000001e-159  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.720163  normal  0.76832 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1816  DNA ligase, NAD-dependent  45.85 
 
 		 707 aa  564  1.0000000000000001e-159  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.633094  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1926  DNA ligase, NAD-dependent  48.05 
 
 		 691 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55791  normal  0.279266 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2514  DNA ligase, NAD-dependent  47.3 
 
 		 670 aa  565  1.0000000000000001e-159  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00116351  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2499  DNA ligase, NAD-dependent  48.84 
 
 		 691 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0549  DNA ligase, NAD-dependent  50.72 
 
 		 714 aa  562  1.0000000000000001e-159  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.183807  normal  0.14967 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1560  DNA ligase, NAD-dependent  48.84 
 
 		 691 aa  561  1e-158  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.436833  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5334  DNA ligase (NAD+)  48.19 
 
 		 691 aa  561  1e-158  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373441  normal  0.204139 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2062  DNA ligase, NAD-dependent  48.84 
 
 		 691 aa  561  1e-158  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.631088  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1334  DNA ligase, NAD-dependent  48.84 
 
 		 691 aa  561  1e-158  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.538237  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2057  DNA ligase, NAD-dependent  47.76 
 
 		 691 aa  560  1e-158  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.258192  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3249  DNA ligase, NAD-dependent  48.84 
 
 		 691 aa  561  1e-158  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2461  DNA ligase, NAD-dependent  47.56 
 
 		 688 aa  558  1e-157  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0455112  hitchhiker  0.000280706 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2022  DNA ligase, NAD-dependent  48.05 
 
 		 691 aa  556  1e-157  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1575  DNA ligase, NAD-dependent  48.77 
 
 		 697 aa  557  1e-157  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1676  NAD-dependent DNA ligase  48.12 
 
 		 688 aa  556  1e-157  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.194979  normal  0.0666248 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1343  DNA ligase, NAD-dependent  47.68 
 
 		 683 aa  556  1e-157  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584756  normal  0.20338 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1508  DNA ligase, NAD-dependent  45.1 
 
 		 690 aa  555  1e-157  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000647513  hitchhiker  0.000000119836 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  45.24 
 
 		 690 aa  557  1e-157  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1569  DNA ligase, NAD-dependent  45.39 
 
 		 691 aa  557  1e-157  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515781  unclonable  0.000000000191104 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  47.72 
 
 		 711 aa  552  1e-156  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2592  DNA ligase, NAD-dependent  44.78 
 
 		 706 aa  555  1e-156  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.457213 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2744  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.51 
 
 		 670 aa  549  1e-155  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000148607  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2896  DNA ligase, NAD-dependent  44.75 
 
 		 689 aa  549  1e-155  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1239  DNA ligase, NAD-dependent  45.32 
 
 		 672 aa  551  1e-155  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00267622  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1776  DNA ligase, NAD-dependent  43.55 
 
 		 677 aa  549  1e-155  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.19429  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2679  DNA ligase, NAD-dependent  44.41 
 
 		 685 aa  549  1e-155  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000018832  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2758  DNA ligase, NAD-dependent  44.41 
 
 		 685 aa  548  1e-154  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00554758  hitchhiker  0.000696981 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004153  DNA ligase  44.21 
 
 		 690 aa  547  1e-154  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0490058  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2364  DNA ligase, NAD-dependent  44.44 
 
 		 685 aa  546  1e-154  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0084265  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0647  DNA ligase, NAD-dependent  46.76 
 
 		 707 aa  547  1e-154  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.407599  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1428  DNA ligase, NAD-dependent  46.13 
 
 		 721 aa  547  1e-154  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00223913 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3405  DNA ligase, NAD-dependent  43.67 
 
 		 672 aa  542  1e-153  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.558724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1705  DNA ligase, NAD-dependent  44.26 
 
 		 685 aa  545  1e-153  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000114947  decreased coverage  0.000000000204337 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1321  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.36 
 
 		 670 aa  545  1e-153  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000153003  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2939  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.31 
 
 		 671 aa  544  1e-153  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000192646  normal  0.0623801 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1432  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.36 
 
 		 670 aa  545  1e-153  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000269504  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1689  DNA ligase, NAD-dependent  45.32 
 
 		 668 aa  543  1e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000649064  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3444  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.72 
 
 		 673 aa  543  1e-153  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000441921  hitchhiker  0.000209829 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0301  DNA ligase, NAD-dependent  41.94 
 
 		 676 aa  542  1e-153  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.10932  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2201  DNA ligase, NAD-dependent  46.42 
 
 		 690 aa  545  1e-153  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378461  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0801  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.45 
 
 		 682 aa  539  9.999999999999999e-153  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1305  DNA ligase, NAD-dependent  45.4 
 
 		 672 aa  540  9.999999999999999e-153  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.617786  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2461  DNA ligase, NAD-dependent  43.68 
 
 		 670 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.360751  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2377  DNA ligase, NAD-dependent  45.43 
 
 		 669 aa  537  1e-151  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000760862  unclonable  0.00000201736 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1167  DNA ligase, NAD-dependent  46.13 
 
 		 678 aa  538  1e-151  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.140803  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0903  DNA ligase, NAD-dependent  45.17 
 
 		 671 aa  536  1e-151  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.226398  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0377  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.87 
 
 		 673 aa  536  1e-151  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0757  DNA ligase, NAD-dependent  45.17 
 
 		 671 aa  536  1e-151  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1516  DNA ligase (NAD(+))  45.45 
 
 		 681 aa  538  1e-151  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000678531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0702  NAD-dependent DNA ligase  41.32 
 
 		 677 aa  535  1e-150  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01312  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.77 
 
 		 670 aa  535  1e-150  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0500  DNA ligase, NAD-dependent  42.75 
 
 		 670 aa  533  1e-150  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.147098  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2847  DNA ligase, NAD-dependent  44.25 
 
 		 670 aa  533  1e-150  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000873668  hitchhiker  0.000000438605 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>