More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2008 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4035  DNA ligase, NAD-dependent  90.88 
 
 		 715 aa  1327    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.519531  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5105  DNA ligase, NAD-dependent  56.51 
 
 		 814 aa  637    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.599059  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3160  DNA ligase, NAD-dependent  53.84 
 
 		 708 aa  680    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.780726  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1420  NAD-dependent DNA ligase LigA  61.17 
 
 		 719 aa  819    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.801341  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1280  DNA ligase, NAD-dependent  58.83 
 
 		 704 aa  737    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.334632 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6162  DNA ligase (polydeoxyribonucleotide synthase (NAD+))  64.68 
 
 		 716 aa  908    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825564 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1509  DNA ligase  57.85 
 
 		 741 aa  748    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.75863  normal  0.655718 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1689  DNA ligase, NAD-dependent  55.54 
 
 		 827 aa  649    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.914748 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  50.77 
 
 		 711 aa  640    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1062  NAD-dependent DNA ligase  76.71 
 
 		 716 aa  1105    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.759691  normal  0.781607 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2622  DNA ligase  59.33 
 
 		 704 aa  733    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.477478  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2840  NAD-dependent DNA ligase LigA  60.66 
 
 		 718 aa  815    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.229062  normal  0.0102416 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2070  NAD-dependent DNA ligase LigA  59.63 
 
 		 717 aa  781    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00183267 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1762  DNA ligase, NAD-dependent  61.41 
 
 		 720 aa  783    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.654069  normal  0.115232 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1376  NAD-dependent DNA ligase LigA  60.75 
 
 		 719 aa  819    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.390799  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3071  DNA ligase, NAD-dependent  49.08 
 
 		 704 aa  639    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.678716  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0939  DNA ligase (NAD+)  57.95 
 
 		 698 aa  730    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.331194  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4727  DNA ligase, NAD-dependent  54.32 
 
 		 708 aa  663    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.254208  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5183  DNA ligase, NAD-dependent  56.24 
 
 		 814 aa  650    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2008  DNA ligase, NAD-dependent  100 
 
 		 714 aa  1454    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.843308 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1738  DNA ligase, NAD-dependent  53.96 
 
 		 721 aa  711    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00107521  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1754  NAD-dependent DNA ligase LigA  60.68 
 
 		 721 aa  811    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2504  DNA ligase, NAD-dependent  56.81 
 
 		 752 aa  714    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.234774 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3294  DNA ligase, NAD-dependent  61.79 
 
 		 795 aa  903    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.36347  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2579  NAD-dependent DNA ligase LigA  60.64 
 
 		 718 aa  819    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3381  DNA ligase, NAD-dependent  89.62 
 
 		 714 aa  1303    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0113379  hitchhiker  0.00670333 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1290  DNA ligase, NAD-dependent  79.02 
 
 		 714 aa  1150    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.67847  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4642  DNA ligase, NAD-dependent  56.07 
 
 		 814 aa  647    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0885288 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1398  DNA ligase, NAD-dependent  54.12 
 
 		 739 aa  690    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.695979 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0549  DNA ligase, NAD-dependent  54.86 
 
 		 714 aa  649    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.183807  normal  0.14967 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1997  DNA ligase, NAD-dependent  56.06 
 
 		 703 aa  704    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2876  NAD-dependent DNA ligase LigA  60.08 
 
 		 719 aa  814    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0956415  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0937  NAD-dependent DNA ligase LigA  57.42 
 
 		 717 aa  780    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0205713  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2066  DNA ligase, NAD-dependent  57.96 
 
 		 701 aa  734    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3499  DNA ligase, NAD-dependent  61.73 
 
 		 700 aa  826    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0569727 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4083  DNA ligase, NAD-dependent  54.98 
 
 		 765 aa  726    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.316882  normal  0.489697 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1159  DNA ligase, NAD-dependent  59.5 
 
 		 704 aa  741    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.227634  normal  0.637978 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2432  DNA ligase, NAD-dependent  62.18 
 
 		 710 aa  813    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0706  DNA ligase, NAD-dependent  60.31 
 
 		 699 aa  801    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.948055  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0491  DNA ligase, NAD-dependent  55.75 
 
 		 829 aa  655    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1252  DNA ligase, NAD-dependent  50.07 
 
 		 691 aa  629  1e-179  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0258025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2044  DNA ligase, NAD-dependent  50.43 
 
 		 691 aa  626  1e-178  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5334  DNA ligase (NAD+)  50.43 
 
 		 691 aa  627  1e-178  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373441  normal  0.204139 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0011  DNA ligase, NAD-dependent  56.54 
 
 		 810 aa  626  1e-178  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.927045  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6053  DNA ligase, NAD-dependent  50.43 
 
 		 746 aa  626  1e-178  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2024  DNA ligase, NAD-dependent  50.43 
 
 		 691 aa  626  1e-178  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2442  DNA ligase, NAD-dependent  51.08 
 
 		 691 aa  623  1e-177  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.414068  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1560  DNA ligase, NAD-dependent  51.23 
 
 		 691 aa  625  1e-177  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.436833  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3249  DNA ligase, NAD-dependent  51.23 
 
 		 691 aa  625  1e-177  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2588  DNA ligase, NAD-dependent  51.23 
 
 		 691 aa  624  1e-177  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.245296  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2062  DNA ligase, NAD-dependent  51.23 
 
 		 691 aa  625  1e-177  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.631088  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1343  DNA ligase, NAD-dependent  48.88 
 
 		 683 aa  623  1e-177  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584756  normal  0.20338 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2499  DNA ligase, NAD-dependent  51.23 
 
 		 691 aa  624  1e-177  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2022  DNA ligase, NAD-dependent  50.07 
 
 		 691 aa  622  1e-177  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1334  DNA ligase, NAD-dependent  51.23 
 
 		 691 aa  625  1e-177  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.538237  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1926  DNA ligase, NAD-dependent  49.86 
 
 		 691 aa  619  1e-176  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55791  normal  0.279266 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2461  DNA ligase, NAD-dependent  50.07 
 
 		 688 aa  620  1e-176  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0455112  hitchhiker  0.000280706 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0377  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.59 
 
 		 673 aa  619  1e-176  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2057  DNA ligase, NAD-dependent  50 
 
 		 691 aa  620  1e-176  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.258192  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0757  DNA ligase, NAD-dependent  54.81 
 
 		 682 aa  618  1e-175  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.320079  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1676  NAD-dependent DNA ligase  50.14 
 
 		 688 aa  617  1e-175  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.194979  normal  0.0666248 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1428  DNA ligase, NAD-dependent  48.9 
 
 		 721 aa  617  1e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00223913 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1575  DNA ligase, NAD-dependent  49.29 
 
 		 697 aa  611  1e-173  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.63 
 
 		 671 aa  606  9.999999999999999e-173  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.48 
 
 		 671 aa  605  9.999999999999999e-173  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.63 
 
 		 671 aa  606  9.999999999999999e-173  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  48.63 
 
 		 671 aa  606  9.999999999999999e-173  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.48 
 
 		 671 aa  605  9.999999999999999e-173  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  48.64 
 
 		 675 aa  607  9.999999999999999e-173  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  48.48 
 
 		 671 aa  604  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  48.99 
 
 		 673 aa  605  1.0000000000000001e-171  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1734  NAD-dependent DNA ligase  49.78 
 
 		 683 aa  603  1.0000000000000001e-171  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.39998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.48 
 
 		 671 aa  604  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.48 
 
 		 671 aa  605  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0703  DNA ligase, NAD-dependent  49.56 
 
 		 691 aa  603  1.0000000000000001e-171  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0681  DNA ligase, NAD-dependent  49.15 
 
 		 673 aa  604  1.0000000000000001e-171  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.295891  normal  0.841285 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0503  DNA ligase, NAD-dependent  49.27 
 
 		 671 aa  602  1e-170  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.720163  normal  0.76832 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1455  DNA ligase, NAD-dependent  48.69 
 
 		 671 aa  601  1e-170  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2744  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.06 
 
 		 670 aa  600  1e-170  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000148607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1239  DNA ligase, NAD-dependent  45.44 
 
 		 672 aa  600  1e-170  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00267622  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1432  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.77 
 
 		 670 aa  600  1e-170  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000269504  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1321  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.77 
 
 		 670 aa  600  1e-170  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000153003  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  47.83 
 
 		 674 aa  595  1e-169  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2939  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.13 
 
 		 671 aa  592  1e-168  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000192646  normal  0.0623801 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2364  DNA ligase, NAD-dependent  47.63 
 
 		 685 aa  593  1e-168  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0084265  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1167  DNA ligase, NAD-dependent  47.89 
 
 		 678 aa  594  1e-168  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.140803  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3660  DNA ligase, NAD-dependent  47.93 
 
 		 681 aa  592  1e-168  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0589668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1508  DNA ligase, NAD-dependent  47.24 
 
 		 690 aa  593  1e-168  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000647513  hitchhiker  0.000000119836 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  47.38 
 
 		 690 aa  593  1e-168  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3444  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.56 
 
 		 673 aa  593  1e-168  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000441921  hitchhiker  0.000209829 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1705  DNA ligase, NAD-dependent  47.61 
 
 		 685 aa  588  1e-167  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000114947  decreased coverage  0.000000000204337 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2662  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.86 
 
 		 671 aa  588  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0516763  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2896  DNA ligase, NAD-dependent  47.62 
 
 		 689 aa  591  1e-167  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4515  DNA ligase, NAD-dependent  47.91 
 
 		 726 aa  590  1e-167  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2620  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.86 
 
 		 671 aa  589  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.936148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1776  DNA ligase, NAD-dependent  46.51 
 
 		 677 aa  589  1e-167  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.19429  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2571  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.86 
 
 		 671 aa  589  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000161057  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2686  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.71 
 
 		 671 aa  588  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595672  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0835  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.35 
 
 		 684 aa  590  1e-167  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1569  DNA ligase, NAD-dependent  47.61 
 
 		 691 aa  591  1e-167  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515781  unclonable  0.000000000191104 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>