More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4083 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_2579  NAD-dependent DNA ligase LigA  52.24 
 
 		 718 aa  717    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0491  DNA ligase, NAD-dependent  50.37 
 
 		 829 aa  712    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4642  DNA ligase, NAD-dependent  52.42 
 
 		 814 aa  736    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0885288 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2432  DNA ligase, NAD-dependent  53.94 
 
 		 710 aa  709    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1420  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.26 
 
 		 719 aa  718    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.801341  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3097  DNA ligase, NAD-dependent  48.63 
 
 		 792 aa  645    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1762  DNA ligase, NAD-dependent  54.01 
 
 		 720 aa  712    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.654069  normal  0.115232 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2070  NAD-dependent DNA ligase LigA  53.05 
 
 		 717 aa  704    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00183267 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1689  DNA ligase, NAD-dependent  50.12 
 
 		 827 aa  705    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.914748 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4727  DNA ligase, NAD-dependent  51.89 
 
 		 708 aa  642    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.254208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1754  NAD-dependent DNA ligase LigA  53.07 
 
 		 721 aa  709    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4035  DNA ligase, NAD-dependent  55.5 
 
 		 715 aa  744    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.519531  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1062  NAD-dependent DNA ligase  55.09 
 
 		 716 aa  778    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.759691  normal  0.781607 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0011  DNA ligase, NAD-dependent  51.8 
 
 		 810 aa  723    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.927045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5183  DNA ligase, NAD-dependent  53.04 
 
 		 814 aa  744    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2622  DNA ligase  63.66 
 
 		 704 aa  853    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.477478  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0937  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.2 
 
 		 717 aa  754    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0205713  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2876  NAD-dependent DNA ligase LigA  52.97 
 
 		 719 aa  718    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0956415  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1159  DNA ligase, NAD-dependent  63.41 
 
 		 704 aa  858    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.227634  normal  0.637978 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1509  DNA ligase  62.12 
 
 		 741 aa  879    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.75863  normal  0.655718 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0939  DNA ligase (NAD+)  50.6 
 
 		 698 aa  665    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.331194  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1376  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.13 
 
 		 719 aa  717    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.390799  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2008  DNA ligase, NAD-dependent  54.85 
 
 		 714 aa  721    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.843308 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1738  DNA ligase, NAD-dependent  50.86 
 
 		 721 aa  661    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00107521  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2504  DNA ligase, NAD-dependent  66.49 
 
 		 752 aa  915    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.234774 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3294  DNA ligase, NAD-dependent  48.76 
 
 		 795 aa  665    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.36347  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3499  DNA ligase, NAD-dependent  55.07 
 
 		 700 aa  763    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0569727 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0706  DNA ligase, NAD-dependent  54.55 
 
 		 699 aa  763    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.948055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3381  DNA ligase, NAD-dependent  54.4 
 
 		 714 aa  719    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0113379  hitchhiker  0.00670333 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1290  DNA ligase, NAD-dependent  54.58 
 
 		 714 aa  772    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.67847  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6162  DNA ligase (polydeoxyribonucleotide synthase (NAD+))  51.32 
 
 		 716 aa  711    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825564 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1398  DNA ligase, NAD-dependent  67.48 
 
 		 739 aa  929    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.695979 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0549  DNA ligase, NAD-dependent  52.82 
 
 		 714 aa  635    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.183807  normal  0.14967 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1997  DNA ligase, NAD-dependent  52.86 
 
 		 703 aa  699    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1280  DNA ligase, NAD-dependent  63.39 
 
 		 704 aa  861    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.334632 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5105  DNA ligase, NAD-dependent  52.03 
 
 		 814 aa  734    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.599059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2066  DNA ligase, NAD-dependent  53.92 
 
 		 701 aa  706    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2840  NAD-dependent DNA ligase LigA  52.64 
 
 		 718 aa  719    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.229062  normal  0.0102416 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4083  DNA ligase, NAD-dependent  100 
 
 		 765 aa  1535    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.316882  normal  0.489697 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3160  DNA ligase, NAD-dependent  46.51 
 
 		 708 aa  594  1e-168  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.780726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0757  DNA ligase, NAD-dependent  50.27 
 
 		 682 aa  581  1e-164  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.320079  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3071  DNA ligase, NAD-dependent  44.84 
 
 		 704 aa  574  1.0000000000000001e-162  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.678716  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0776  DNA ligase, NAD-dependent  43.37 
 
 		 662 aa  557  1e-157  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0301  DNA ligase, NAD-dependent  39.43 
 
 		 676 aa  557  1e-157  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.10932  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1455  DNA ligase, NAD-dependent  45.02 
 
 		 671 aa  556  1e-157  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2744  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.67 
 
 		 670 aa  553  1e-156  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000148607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.45 
 
 		 671 aa  552  1e-156  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1252  DNA ligase, NAD-dependent  44.21 
 
 		 691 aa  554  1e-156  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0258025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1508  DNA ligase, NAD-dependent  42.43 
 
 		 690 aa  554  1e-156  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000647513  hitchhiker  0.000000119836 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1343  DNA ligase, NAD-dependent  44.41 
 
 		 683 aa  553  1e-156  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584756  normal  0.20338 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.45 
 
 		 671 aa  552  1e-155  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  43.32 
 
 		 671 aa  551  1e-155  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2442  DNA ligase, NAD-dependent  45.01 
 
 		 691 aa  550  1e-155  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.414068  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2662  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.96 
 
 		 671 aa  551  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0516763  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.45 
 
 		 671 aa  552  1e-155  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.18 
 
 		 671 aa  549  1e-155  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1560  DNA ligase, NAD-dependent  45.01 
 
 		 691 aa  551  1e-155  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.436833  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0702  NAD-dependent DNA ligase  39.56 
 
 		 677 aa  549  1e-155  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2588  DNA ligase, NAD-dependent  44.46 
 
 		 691 aa  549  1e-155  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.245296  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.32 
 
 		 671 aa  551  1e-155  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2461  DNA ligase, NAD-dependent  44.5 
 
 		 688 aa  549  1e-155  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0455112  hitchhiker  0.000280706 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2499  DNA ligase, NAD-dependent  45.01 
 
 		 691 aa  550  1e-155  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0647  DNA ligase, NAD-dependent  43.65 
 
 		 707 aa  549  1e-155  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.407599  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2571  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.96 
 
 		 671 aa  551  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000161057  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1432  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.53 
 
 		 670 aa  551  1e-155  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000269504  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1321  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.53 
 
 		 670 aa  551  1e-155  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000153003  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  42.56 
 
 		 690 aa  551  1e-155  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.32 
 
 		 671 aa  550  1e-155  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2620  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.96 
 
 		 671 aa  551  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.936148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3249  DNA ligase, NAD-dependent  45.01 
 
 		 691 aa  551  1e-155  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1569  DNA ligase, NAD-dependent  42.54 
 
 		 691 aa  549  1e-155  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515781  unclonable  0.000000000191104 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1334  DNA ligase, NAD-dependent  45.01 
 
 		 691 aa  551  1e-155  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.538237  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2062  DNA ligase, NAD-dependent  45.01 
 
 		 691 aa  551  1e-155  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.631088  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  43.45 
 
 		 671 aa  552  1e-155  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0801  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.98 
 
 		 682 aa  546  1e-154  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3562  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.38 
 
 		 681 aa  548  1e-154  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  44.96 
 
 		 711 aa  548  1e-154  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1926  DNA ligase, NAD-dependent  43.82 
 
 		 691 aa  547  1e-154  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55791  normal  0.279266 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5334  DNA ligase (NAD+)  43.55 
 
 		 691 aa  546  1e-154  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373441  normal  0.204139 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2022  DNA ligase, NAD-dependent  44.46 
 
 		 691 aa  547  1e-154  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1715  DNA ligase, NAD-dependent  44.18 
 
 		 682 aa  548  1e-154  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000203227  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2201  DNA ligase, NAD-dependent  45.29 
 
 		 690 aa  546  1e-154  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378461  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1676  NAD-dependent DNA ligase  44.36 
 
 		 688 aa  547  1e-154  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.194979  normal  0.0666248 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1575  DNA ligase, NAD-dependent  45.48 
 
 		 697 aa  546  1e-154  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6053  DNA ligase, NAD-dependent  43.82 
 
 		 746 aa  545  1e-154  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2057  DNA ligase, NAD-dependent  43.95 
 
 		 691 aa  548  1e-154  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.258192  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2024  DNA ligase, NAD-dependent  43.82 
 
 		 691 aa  546  1e-154  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  42.13 
 
 		 674 aa  544  1e-153  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1776  DNA ligase, NAD-dependent  41.54 
 
 		 677 aa  545  1e-153  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.19429  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2044  DNA ligase, NAD-dependent  43.82 
 
 		 691 aa  545  1e-153  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0835  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.68 
 
 		 684 aa  543  1e-153  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2758  DNA ligase, NAD-dependent  42.92 
 
 		 685 aa  542  1e-153  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00554758  hitchhiker  0.000696981 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  44.82 
 
 		 673 aa  540  9.999999999999999e-153  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2939  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.91 
 
 		 671 aa  540  9.999999999999999e-153  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000192646  normal  0.0623801 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0503  DNA ligase, NAD-dependent  44.69 
 
 		 671 aa  539  9.999999999999999e-153  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.720163  normal  0.76832 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2377  DNA ligase, NAD-dependent  42.65 
 
 		 669 aa  541  9.999999999999999e-153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000760862  unclonable  0.00000201736 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2679  DNA ligase, NAD-dependent  42.92 
 
 		 685 aa  541  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000018832  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1705  DNA ligase, NAD-dependent  42.52 
 
 		 685 aa  538  1e-151  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000114947  decreased coverage  0.000000000204337 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2364  DNA ligase, NAD-dependent  42.13 
 
 		 685 aa  536  1e-151  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0084265  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3403  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.83 
 
 		 681 aa  538  1e-151  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>