More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_1715 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  52.37 
 
 		 673 aa  654    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1715  DNA ligase, NAD-dependent  100 
 
 		 682 aa  1384    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000203227  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1734  NAD-dependent DNA ligase  52.51 
 
 		 683 aa  660    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.39998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  51 
 
 		 711 aa  646    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1693  DNA ligase (NAD+)  50.6 
 
 		 675 aa  647    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000392244  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2213  DNA ligase, NAD-dependent  50.22 
 
 		 671 aa  638    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000618814  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2728  NAD-dependent DNA ligase C4-type  49.7 
 
 		 671 aa  647    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2948  DNA ligase, NAD-dependent  50.07 
 
 		 668 aa  639    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1094  DNA ligase, NAD-dependent  51.85 
 
 		 672 aa  650    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.878392  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1336  DNA ligase, NAD-dependent  49.71 
 
 		 668 aa  639    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1428  DNA ligase, NAD-dependent  50.96 
 
 		 694 aa  636    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0176599  normal  0.198216 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2044  DNA ligase, NAD-dependent  49.93 
 
 		 691 aa  635  1e-180  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6053  DNA ligase, NAD-dependent  49.78 
 
 		 746 aa  632  1e-180  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0681  DNA ligase, NAD-dependent  51.19 
 
 		 673 aa  634  1e-180  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.295891  normal  0.841285 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2024  DNA ligase, NAD-dependent  49.78 
 
 		 691 aa  632  1e-180  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0890  DNA ligase, NAD-dependent  49.41 
 
 		 670 aa  630  1e-179  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0763  DNA ligase, NAD-dependent  50.37 
 
 		 677 aa  630  1e-179  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000192603  normal  0.836157 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  49.48 
 
 		 674 aa  631  1e-179  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1305  DNA ligase, NAD-dependent  49.33 
 
 		 672 aa  630  1e-179  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.617786  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  50 
 
 		 675 aa  627  1e-178  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1926  DNA ligase, NAD-dependent  49.78 
 
 		 691 aa  625  1e-178  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55791  normal  0.279266 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5334  DNA ligase (NAD+)  49.63 
 
 		 691 aa  627  1e-178  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373441  normal  0.204139 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1252  DNA ligase, NAD-dependent  49.2 
 
 		 691 aa  627  1e-178  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0258025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1343  DNA ligase, NAD-dependent  49.26 
 
 		 683 aa  623  1e-177  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584756  normal  0.20338 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1522  NAD-dependent DNA ligase  47.62 
 
 		 673 aa  622  1e-177  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2461  DNA ligase, NAD-dependent  49.12 
 
 		 688 aa  623  1e-177  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0455112  hitchhiker  0.000280706 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3405  DNA ligase, NAD-dependent  48.49 
 
 		 672 aa  623  1e-177  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.558724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1676  NAD-dependent DNA ligase  49.41 
 
 		 688 aa  624  1e-177  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.194979  normal  0.0666248 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2057  DNA ligase, NAD-dependent  49.56 
 
 		 691 aa  624  1e-177  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.258192  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0655  DNA ligase, NAD-dependent  47.62 
 
 		 670 aa  619  1e-176  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2022  DNA ligase, NAD-dependent  48.89 
 
 		 691 aa  620  1e-176  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2201  DNA ligase, NAD-dependent  50.37 
 
 		 690 aa  620  1e-176  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378461  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1167  DNA ligase, NAD-dependent  50.75 
 
 		 678 aa  620  1e-176  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.140803  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2346  DNA ligase, NAD-dependent  49.48 
 
 		 670 aa  619  1e-176  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3249  DNA ligase, NAD-dependent  48.75 
 
 		 691 aa  617  1e-175  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1816  DNA ligase, NAD-dependent  50.51 
 
 		 707 aa  617  1e-175  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.633094  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02300  DNA ligase, NAD-dependent  49.26 
 
 		 670 aa  617  1e-175  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000139643  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1560  DNA ligase, NAD-dependent  48.75 
 
 		 691 aa  617  1e-175  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.436833  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2588  DNA ligase, NAD-dependent  48.75 
 
 		 691 aa  618  1e-175  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.245296  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2499  DNA ligase, NAD-dependent  48.75 
 
 		 691 aa  618  1e-175  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2442  DNA ligase, NAD-dependent  48.75 
 
 		 691 aa  618  1e-175  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.414068  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2062  DNA ligase, NAD-dependent  48.75 
 
 		 691 aa  617  1e-175  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.631088  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0703  DNA ligase, NAD-dependent  50.22 
 
 		 691 aa  615  1e-175  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1334  DNA ligase, NAD-dependent  48.75 
 
 		 691 aa  617  1e-175  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.538237  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2592  DNA ligase, NAD-dependent  48.7 
 
 		 706 aa  613  9.999999999999999e-175  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.457213 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2927  DNA ligase, NAD-dependent  50.3 
 
 		 683 aa  615  9.999999999999999e-175  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000591487  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0801  DNA ligase, NAD-dependent  49.48 
 
 		 678 aa  613  9.999999999999999e-175  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2939  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.35 
 
 		 671 aa  609  1e-173  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000192646  normal  0.0623801 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004153  DNA ligase  48.65 
 
 		 690 aa  609  1e-173  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0490058  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2847  DNA ligase, NAD-dependent  48.3 
 
 		 670 aa  608  1e-173  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000873668  hitchhiker  0.000000438605 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1428  DNA ligase, NAD-dependent  48.57 
 
 		 721 aa  610  1e-173  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00223913 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2662  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.28 
 
 		 671 aa  605  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0516763  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3444  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.23 
 
 		 673 aa  608  9.999999999999999e-173  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000441921  hitchhiker  0.000209829 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0647  DNA ligase, NAD-dependent  49.28 
 
 		 707 aa  608  9.999999999999999e-173  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.407599  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1738  DNA ligase (NAD(+))  48.29 
 
 		 670 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000265236  hitchhiker  0.00000000308694 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2620  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.5 
 
 		 671 aa  606  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.936148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2571  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.43 
 
 		 671 aa  607  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000161057  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1403  DNA ligase, NAD-dependent  48.45 
 
 		 693 aa  605  9.999999999999999e-173  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.655941  normal  0.448551 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2792  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.35 
 
 		 671 aa  605  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.755122  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2686  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.35 
 
 		 671 aa  605  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595672  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1575  DNA ligase, NAD-dependent  50 
 
 		 697 aa  605  9.999999999999999e-173  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1321  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.68 
 
 		 670 aa  604  1.0000000000000001e-171  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000153003  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1432  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.68 
 
 		 670 aa  604  1.0000000000000001e-171  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000269504  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2744  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.68 
 
 		 670 aa  604  1.0000000000000001e-171  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000148607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2377  DNA ligase, NAD-dependent  48.51 
 
 		 669 aa  605  1.0000000000000001e-171  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000760862  unclonable  0.00000201736 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2190  DNA ligase, NAD-dependent  51.36 
 
 		 693 aa  603  1.0000000000000001e-171  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0728062  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0271  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.04 
 
 		 670 aa  602  1.0000000000000001e-171  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.75 
 
 		 671 aa  599  1e-170  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.75 
 
 		 671 aa  600  1e-170  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0987  DNA ligase  47.16 
 
 		 673 aa  600  1e-170  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.75 
 
 		 671 aa  599  1e-170  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0503  DNA ligase, NAD-dependent  47.98 
 
 		 671 aa  598  1e-170  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.720163  normal  0.76832 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  47.75 
 
 		 671 aa  599  1e-170  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0377  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.53 
 
 		 673 aa  601  1e-170  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.75 
 
 		 671 aa  600  1e-170  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1147  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.38 
 
 		 670 aa  598  1e-170  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  47.75 
 
 		 671 aa  598  1e-169  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1020  DNA ligase  46.49 
 
 		 673 aa  598  1e-169  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0327  DNA ligase, NAD-dependent  49.85 
 
 		 685 aa  596  1e-169  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.61 
 
 		 671 aa  598  1e-169  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.75 
 
 		 671 aa  598  1e-169  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1617  DNA ligase, NAD-dependent  49.18 
 
 		 672 aa  592  1e-168  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.755766  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2841  DNA ligase, NAD-dependent  47.83 
 
 		 732 aa  592  1e-168  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1455  DNA ligase, NAD-dependent  47.68 
 
 		 671 aa  594  1e-168  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01312  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.98 
 
 		 670 aa  594  1e-168  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0313  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.26 
 
 		 676 aa  592  1e-167  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3403  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.79 
 
 		 681 aa  590  1e-167  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1239  DNA ligase, NAD-dependent  46 
 
 		 672 aa  592  1e-167  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00267622  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0492  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.4 
 
 		 669 aa  590  1e-167  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000242454  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3562  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.64 
 
 		 681 aa  592  1e-167  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0462  DNA ligase, NAD-dependent  46.18 
 
 		 663 aa  589  1e-167  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1516  DNA ligase (NAD(+))  47.41 
 
 		 681 aa  586  1e-166  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000678531  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4035  DNA ligase, NAD-dependent  47.73 
 
 		 715 aa  586  1e-166  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.519531  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1290  DNA ligase, NAD-dependent  47.61 
 
 		 714 aa  586  1e-166  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.67847  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2758  DNA ligase, NAD-dependent  47.82 
 
 		 685 aa  585  1e-166  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00554758  hitchhiker  0.000696981 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1776  DNA ligase, NAD-dependent  43.97 
 
 		 677 aa  587  1e-166  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.19429  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2679  DNA ligase, NAD-dependent  47.82 
 
 		 685 aa  585  1e-166  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000018832  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1705  DNA ligase, NAD-dependent  47.82 
 
 		 685 aa  587  1e-166  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000114947  decreased coverage  0.000000000204337 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2364  DNA ligase, NAD-dependent  47.17 
 
 		 685 aa  586  1e-166  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0084265  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0801  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.7 
 
 		 682 aa  583  1.0000000000000001e-165  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>