More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_1689 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_1689  DNA ligase, NAD-dependent  100 
 
 		 827 aa  1647    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.914748 
 
 
-
 
NC_004310  BR1420  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.6 
 
 		 719 aa  696    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.801341  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3097  DNA ligase, NAD-dependent  46.18 
 
 		 792 aa  649    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5183  DNA ligase, NAD-dependent  68.64 
 
 		 814 aa  1081    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1062  NAD-dependent DNA ligase  50.55 
 
 		 716 aa  762    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.759691  normal  0.781607 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3499  DNA ligase, NAD-dependent  57.58 
 
 		 700 aa  689    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0569727 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1376  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.48 
 
 		 719 aa  694    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.390799  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4727  DNA ligase, NAD-dependent  49.01 
 
 		 708 aa  644    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.254208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2008  DNA ligase, NAD-dependent  55.43 
 
 		 714 aa  643    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.843308 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1738  DNA ligase, NAD-dependent  47.43 
 
 		 721 aa  649    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00107521  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2504  DNA ligase, NAD-dependent  48.9 
 
 		 752 aa  659    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.234774 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3294  DNA ligase, NAD-dependent  54.87 
 
 		 795 aa  852    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.36347  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4035  DNA ligase, NAD-dependent  55.11 
 
 		 715 aa  657    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.519531  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3381  DNA ligase, NAD-dependent  48.29 
 
 		 714 aa  686    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0113379  hitchhiker  0.00670333 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1290  DNA ligase, NAD-dependent  54.62 
 
 		 714 aa  664    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.67847  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2579  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.68 
 
 		 718 aa  681    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0491  DNA ligase, NAD-dependent  89.99 
 
 		 829 aa  1491    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2876  NAD-dependent DNA ligase LigA  53.45 
 
 		 719 aa  659    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0956415  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4642  DNA ligase, NAD-dependent  69.06 
 
 		 814 aa  1089    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0885288 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5105  DNA ligase, NAD-dependent  69.06 
 
 		 814 aa  1074    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.599059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0706  DNA ligase, NAD-dependent  55.5 
 
 		 699 aa  676    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.948055  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0011  DNA ligase, NAD-dependent  70.34 
 
 		 810 aa  1077    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.927045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1762  DNA ligase, NAD-dependent  51.53 
 
 		 720 aa  731    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.654069  normal  0.115232 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2432  DNA ligase, NAD-dependent  54.59 
 
 		 710 aa  632  1e-180  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2840  NAD-dependent DNA ligase LigA  52.98 
 
 		 718 aa  635  1e-180  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.229062  normal  0.0102416 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2622  DNA ligase  54.32 
 
 		 704 aa  624  1e-177  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.477478  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1280  DNA ligase, NAD-dependent  54.01 
 
 		 704 aa  622  1e-177  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.334632 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1159  DNA ligase, NAD-dependent  55.49 
 
 		 704 aa  624  1e-177  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.227634  normal  0.637978 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6162  DNA ligase (polydeoxyribonucleotide synthase (NAD+))  52.08 
 
 		 716 aa  622  1e-177  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825564 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4083  DNA ligase, NAD-dependent  54.26 
 
 		 765 aa  623  1e-177  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.316882  normal  0.489697 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2070  NAD-dependent DNA ligase LigA  51.96 
 
 		 717 aa  620  1e-176  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00183267 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1509  DNA ligase  54.8 
 
 		 741 aa  621  1e-176  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.75863  normal  0.655718 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1398  DNA ligase, NAD-dependent  54.04 
 
 		 739 aa  607  9.999999999999999e-173  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.695979 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1754  NAD-dependent DNA ligase LigA  52.46 
 
 		 721 aa  608  9.999999999999999e-173  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0937  NAD-dependent DNA ligase LigA  49.07 
 
 		 717 aa  608  9.999999999999999e-173  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0205713  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2066  DNA ligase, NAD-dependent  54.06 
 
 		 701 aa  604  1.0000000000000001e-171  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0549  DNA ligase, NAD-dependent  48.34 
 
 		 714 aa  598  1e-169  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.183807  normal  0.14967 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0939  DNA ligase (NAD+)  48.68 
 
 		 698 aa  564  1.0000000000000001e-159  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.331194  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3160  DNA ligase, NAD-dependent  43.63 
 
 		 708 aa  565  1.0000000000000001e-159  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.780726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2583  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.93 
 
 		 821 aa  553  1e-156  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1997  DNA ligase, NAD-dependent  50 
 
 		 703 aa  549  1e-154  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30290  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.72 
 
 		 784 aa  533  1e-150  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.301541  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2746  NAD-dependent DNA ligase LigA  40.35 
 
 		 786 aa  533  1e-150  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0339353  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1336  DNA ligase, NAD-dependent  41.1 
 
 		 813 aa  530  1e-149  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.528438 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1398  putative DNA ligase (polydeoxyribonucleotide synthase [NAD+]) protein  41.98 
 
 		 813 aa  526  1e-148  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1272  DNA ligase, NAD-dependent  40.9 
 
 		 817 aa  526  1e-148  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.229595 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3600  NAD-dependent DNA ligase LigA  40.12 
 
 		 776 aa  526  1e-148  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.278075  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1594  NAD-dependent DNA ligase LigA  39.79 
 
 		 776 aa  524  1e-147  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0867553 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3838  NAD-dependent DNA ligase LigA  40.38 
 
 		 776 aa  525  1e-147  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.771384 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4274  NAD-dependent DNA ligase LigA  39.93 
 
 		 776 aa  521  1e-146  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.185778  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1819  NAD-dependent DNA ligase LigA  39.95 
 
 		 787 aa  522  1e-146  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.386277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44660  NAD-dependent DNA ligase LigA  40.66 
 
 		 794 aa  520  1e-146  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0139158  normal  0.0637496 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3804  NAD-dependent DNA ligase LigA  40.42 
 
 		 794 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3656  DNA ligase, NAD-dependent  40.07 
 
 		 787 aa  513  1e-144  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  46.17 
 
 		 711 aa  508  9.999999999999999e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1455  DNA ligase, NAD-dependent  47.82 
 
 		 671 aa  504  1e-141  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2128  NAD-dependent DNA ligase LigA  38.24 
 
 		 837 aa  505  1e-141  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.825717  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0503  DNA ligase, NAD-dependent  46.81 
 
 		 671 aa  500  1e-140  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.720163  normal  0.76832 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2047  NAD-dependent DNA ligase LigA  38.18 
 
 		 831 aa  502  1e-140  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1239  DNA ligase, NAD-dependent  36.37 
 
 		 672 aa  501  1e-140  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00267622  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1575  DNA ligase, NAD-dependent  45.92 
 
 		 697 aa  491  1e-137  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1428  DNA ligase, NAD-dependent  46.04 
 
 		 721 aa  492  1e-137  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00223913 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  46.64 
 
 		 673 aa  483  1e-135  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0835  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.15 
 
 		 684 aa  483  1e-135  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2201  DNA ligase, NAD-dependent  44.67 
 
 		 690 aa  484  1e-135  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378461  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2190  DNA ligase, NAD-dependent  45.15 
 
 		 693 aa  485  1e-135  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0728062  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0757  DNA ligase, NAD-dependent  47.91 
 
 		 682 aa  485  1e-135  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.320079  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1334  DNA ligase, NAD-dependent  44.85 
 
 		 691 aa  479  1e-134  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.538237  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1560  DNA ligase, NAD-dependent  44.85 
 
 		 691 aa  479  1e-134  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.436833  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  45.58 
 
 		 675 aa  481  1e-134  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2744  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.36 
 
 		 670 aa  481  1e-134  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000148607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3249  DNA ligase, NAD-dependent  44.85 
 
 		 691 aa  479  1e-134  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1776  DNA ligase, NAD-dependent  43.99 
 
 		 677 aa  479  1e-134  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.19429  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2062  DNA ligase, NAD-dependent  44.85 
 
 		 691 aa  479  1e-134  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.631088  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1432  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.19 
 
 		 670 aa  478  1e-133  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000269504  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0271  NAD-dependent DNA ligase LigA  36.43 
 
 		 670 aa  479  1e-133  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1321  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.19 
 
 		 670 aa  478  1e-133  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000153003  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0624  NAD-dependent DNA ligase  45.83 
 
 		 686 aa  478  1e-133  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.182096  normal  0.661335 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2499  DNA ligase, NAD-dependent  44.85 
 
 		 691 aa  478  1e-133  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2588  DNA ligase, NAD-dependent  45.01 
 
 		 691 aa  478  1e-133  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.245296  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3444  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.17 
 
 		 673 aa  478  1e-133  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000441921  hitchhiker  0.000209829 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2442  DNA ligase, NAD-dependent  44.85 
 
 		 691 aa  478  1e-133  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.414068  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.12 
 
 		 671 aa  473  1e-132  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  45.12 
 
 		 671 aa  473  1e-132  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0890  DNA ligase, NAD-dependent  46.51 
 
 		 670 aa  474  1e-132  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2571  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.45 
 
 		 671 aa  473  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000161057  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.12 
 
 		 671 aa  473  1e-132  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2679  DNA ligase, NAD-dependent  42.86 
 
 		 685 aa  472  1e-132  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000018832  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2592  DNA ligase, NAD-dependent  43.92 
 
 		 706 aa  473  1e-132  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.457213 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.12 
 
 		 671 aa  473  1e-132  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.95 
 
 		 671 aa  473  1e-132  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2620  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.45 
 
 		 671 aa  473  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.936148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2686  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.45 
 
 		 671 aa  473  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595672  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  45.12 
 
 		 671 aa  473  1e-132  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.12 
 
 		 671 aa  473  1e-132  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1252  DNA ligase, NAD-dependent  46.35 
 
 		 691 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0258025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2022  DNA ligase, NAD-dependent  44.57 
 
 		 691 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  43.59 
 
 		 674 aa  470  1.0000000000000001e-131  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1676  NAD-dependent DNA ligase  45.08 
 
 		 688 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.194979  normal  0.0666248 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2461  DNA ligase, NAD-dependent  44.76 
 
 		 688 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0455112  hitchhiker  0.000280706 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>