More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0624 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.28 
 
 		 671 aa  712    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  54.28 
 
 		 671 aa  711    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01312  NAD-dependent DNA ligase LigA  52.96 
 
 		 670 aa  679    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  54.28 
 
 		 671 aa  712    Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2571  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.21 
 
 		 671 aa  706    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000161057  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2939  NAD-dependent DNA ligase LigA  53.77 
 
 		 671 aa  693    Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000192646  normal  0.0623801 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2847  DNA ligase, NAD-dependent  52.9 
 
 		 670 aa  686    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000873668  hitchhiker  0.000000438605 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  58.88 
 
 		 673 aa  733    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1398  putative DNA ligase (polydeoxyribonucleotide synthase [NAD+]) protein  63.39 
 
 		 813 aa  753    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2758  DNA ligase, NAD-dependent  54.65 
 
 		 685 aa  699    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00554758  hitchhiker  0.000696981 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0801  NAD-dependent DNA ligase LigA  52.88 
 
 		 682 aa  680    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2679  DNA ligase, NAD-dependent  54.5 
 
 		 685 aa  698    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000018832  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.13 
 
 		 671 aa  709    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2896  DNA ligase, NAD-dependent  54.68 
 
 		 689 aa  710    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1343  DNA ligase, NAD-dependent  60.53 
 
 		 683 aa  790    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584756  normal  0.20338 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1252  DNA ligase, NAD-dependent  61.81 
 
 		 691 aa  810    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0258025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2744  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.4 
 
 		 670 aa  702    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000148607  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1672  DNA ligase, NAD-dependent  61.58 
 
 		 740 aa  818    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.672303  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1560  DNA ligase, NAD-dependent  61.67 
 
 		 691 aa  797    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.436833  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1020  DNA ligase  49.64 
 
 		 673 aa  682    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0987  DNA ligase  49.64 
 
 		 673 aa  684    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1432  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.1 
 
 		 670 aa  697    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000269504  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3562  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.55 
 
 		 681 aa  716    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1734  NAD-dependent DNA ligase  62.43 
 
 		 683 aa  791    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.39998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.28 
 
 		 671 aa  712    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  64.14 
 
 		 711 aa  849    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2377  DNA ligase, NAD-dependent  54.13 
 
 		 669 aa  711    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000760862  unclonable  0.00000201736 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0624  NAD-dependent DNA ligase  100 
 
 		 686 aa  1380    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.182096  normal  0.661335 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1738  DNA ligase (NAD(+))  52.73 
 
 		 670 aa  678    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000265236  hitchhiker  0.00000000308694 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2927  DNA ligase, NAD-dependent  51.17 
 
 		 683 aa  642    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000591487  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2588  DNA ligase, NAD-dependent  61.67 
 
 		 691 aa  798    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.245296  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1693  DNA ligase (NAD+)  54.34 
 
 		 675 aa  694    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000392244  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1336  DNA ligase, NAD-dependent  54.84 
 
 		 813 aa  762    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.528438 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2442  DNA ligase, NAD-dependent  61.67 
 
 		 691 aa  798    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.414068  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0163  DNA ligase, NAD-dependent  52.74 
 
 		 685 aa  650    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0316123  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5334  DNA ligase (NAD+)  61.18 
 
 		 691 aa  797    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373441  normal  0.204139 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1522  NAD-dependent DNA ligase  51.78 
 
 		 673 aa  716    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1455  DNA ligase, NAD-dependent  60.36 
 
 		 671 aa  785    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3405  DNA ligase, NAD-dependent  50.3 
 
 		 672 aa  663    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.558724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2728  NAD-dependent DNA ligase C4-type  51.33 
 
 		 671 aa  647    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.28 
 
 		 671 aa  711    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1239  DNA ligase, NAD-dependent  50.67 
 
 		 672 aa  680    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00267622  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0655  DNA ligase, NAD-dependent  51.78 
 
 		 670 aa  714    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1272  DNA ligase, NAD-dependent  54.39 
 
 		 817 aa  761    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.229595 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0647  DNA ligase, NAD-dependent  58.32 
 
 		 707 aa  751    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.407599  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1334  DNA ligase, NAD-dependent  61.67 
 
 		 691 aa  797    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.538237  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2505  DNA ligase, NAD-dependent  63.48 
 
 		 768 aa  833    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000421321 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1689  DNA ligase, NAD-dependent  53.39 
 
 		 668 aa  696    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000649064  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2022  DNA ligase, NAD-dependent  61.58 
 
 		 691 aa  798    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2044  DNA ligase, NAD-dependent  61.47 
 
 		 691 aa  803    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2662  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.06 
 
 		 671 aa  705    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0516763  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2950  DNA ligase, NAD-dependent  63.37 
 
 		 694 aa  841    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.191754  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2364  DNA ligase, NAD-dependent  54.52 
 
 		 685 aa  719    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0084265  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0503  DNA ligase, NAD-dependent  59.61 
 
 		 671 aa  767    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.720163  normal  0.76832 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2201  DNA ligase, NAD-dependent  65.98 
 
 		 690 aa  871    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378461  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  54.11 
 
 		 674 aa  706    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.28 
 
 		 671 aa  712    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1403  DNA ligase, NAD-dependent  68.84 
 
 		 693 aa  929    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.655941  normal  0.448551 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2592  DNA ligase, NAD-dependent  65.31 
 
 		 706 aa  884    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.457213 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1676  NAD-dependent DNA ligase  61.65 
 
 		 688 aa  813    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.194979  normal  0.0666248 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2514  DNA ligase, NAD-dependent  54.28 
 
 		 670 aa  708    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00116351  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1705  DNA ligase, NAD-dependent  54.5 
 
 		 685 aa  696    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000114947  decreased coverage  0.000000000204337 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0703  DNA ligase, NAD-dependent  54.73 
 
 		 691 aa  670    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.42 
 
 		 671 aa  714    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1428  DNA ligase, NAD-dependent  62.77 
 
 		 721 aa  828    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00223913 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3592  DNA ligase, NAD-dependent  63.01 
 
 		 703 aa  833    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0307521  normal  0.0769861 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2686  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.2 
 
 		 671 aa  709    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3444  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.68 
 
 		 673 aa  701    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000441921  hitchhiker  0.000209829 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4463  DNA ligase, NAD-dependent  62.43 
 
 		 693 aa  806    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0518609  normal  0.98115 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6053  DNA ligase, NAD-dependent  61.62 
 
 		 746 aa  804    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2841  DNA ligase, NAD-dependent  61.75 
 
 		 732 aa  839    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1926  DNA ligase, NAD-dependent  61.79 
 
 		 691 aa  801    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55791  normal  0.279266 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1776  DNA ligase, NAD-dependent  51.85 
 
 		 677 aa  695    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.19429  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2499  DNA ligase, NAD-dependent  61.67 
 
 		 691 aa  798    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1812  DNA ligase (NAD+)  64.37 
 
 		 677 aa  818    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0377  NAD-dependent DNA ligase LigA  53.19 
 
 		 673 aa  706    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1321  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.1 
 
 		 670 aa  697    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000153003  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1508  DNA ligase, NAD-dependent  54.56 
 
 		 690 aa  717    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000647513  hitchhiker  0.000000119836 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  54.19 
 
 		 690 aa  712    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0681  DNA ligase, NAD-dependent  57.4 
 
 		 673 aa  723    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.295891  normal  0.841285 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2461  DNA ligase, NAD-dependent  52.51 
 
 		 670 aa  685    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.360751  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2190  DNA ligase, NAD-dependent  71.17 
 
 		 693 aa  923    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0728062  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3403  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.19 
 
 		 681 aa  710    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2057  DNA ligase, NAD-dependent  61.49 
 
 		 691 aa  796    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.258192  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2461  DNA ligase, NAD-dependent  60.77 
 
 		 688 aa  804    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0455112  hitchhiker  0.000280706 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3249  DNA ligase, NAD-dependent  61.67 
 
 		 691 aa  797    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2062  DNA ligase, NAD-dependent  61.67 
 
 		 691 aa  797    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.631088  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1816  DNA ligase, NAD-dependent  64.98 
 
 		 707 aa  873    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.633094  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1167  DNA ligase, NAD-dependent  52.97 
 
 		 678 aa  687    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.140803  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2620  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.05 
 
 		 671 aa  707    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.936148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2083  DNA ligase, NAD-dependent  61.06 
 
 		 731 aa  820    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0521924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2024  DNA ligase, NAD-dependent  61.62 
 
 		 691 aa  805    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  59.08 
 
 		 675 aa  760    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2353  NAD-dependent DNA ligase LigA  49.93 
 
 		 669 aa  665    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1569  DNA ligase, NAD-dependent  55.13 
 
 		 691 aa  713    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515781  unclonable  0.000000000191104 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2792  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.05 
 
 		 671 aa  707    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.755122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0492  NAD-dependent DNA ligase LigA  51.7 
 
 		 669 aa  664    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000242454  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1878  DNA ligase, NAD-dependent  52.06 
 
 		 711 aa  661    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0835  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.01 
 
 		 684 aa  691    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1516  DNA ligase (NAD(+))  55.34 
 
 		 681 aa  713    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000678531  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>