More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU0890 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013385  Adeg_1094  DNA ligase, NAD-dependent  52.99 
 
 		 672 aa  675    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.878392  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1147  NAD-dependent DNA ligase LigA  50.3 
 
 		 670 aa  648    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0890  DNA ligase, NAD-dependent  100 
 
 		 670 aa  1356    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  53.39 
 
 		 673 aa  659    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4968  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.89 
 
 		 669 aa  643    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0335  NAD-dependent DNA ligase LigA  49.03 
 
 		 669 aa  645    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0286  NAD-dependent DNA ligase LigA  49.18 
 
 		 669 aa  653    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0735  DNA ligase, NAD-dependent  50.36 
 
 		 699 aa  639    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0292  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.74 
 
 		 669 aa  641    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0276  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.74 
 
 		 669 aa  641    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1517  DNA ligase, NAD-dependent  51.74 
 
 		 659 aa  663    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000611736  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0279  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.74 
 
 		 669 aa  641    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1305  DNA ligase, NAD-dependent  77.96 
 
 		 672 aa  1056    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.617786  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0503  DNA ligase, NAD-dependent  50.98 
 
 		 671 aa  648    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.720163  normal  0.76832 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1734  NAD-dependent DNA ligase  52.22 
 
 		 683 aa  638    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.39998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  52.72 
 
 		 711 aa  656    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0287  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.99 
 
 		 669 aa  636    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02300  DNA ligase, NAD-dependent  50.75 
 
 		 670 aa  644    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000139643  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1693  DNA ligase (NAD+)  50.75 
 
 		 675 aa  657    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000392244  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1617  DNA ligase, NAD-dependent  50.97 
 
 		 672 aa  645    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.755766  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2213  DNA ligase, NAD-dependent  61.58 
 
 		 671 aa  821    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000618814  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2948  DNA ligase, NAD-dependent  73.31 
 
 		 668 aa  1008    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2728  NAD-dependent DNA ligase C4-type  84.28 
 
 		 671 aa  1140    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0271  NAD-dependent DNA ligase LigA  51.33 
 
 		 670 aa  683    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0306  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.74 
 
 		 669 aa  641    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0462  DNA ligase, NAD-dependent  47.72 
 
 		 663 aa  637    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0763  DNA ligase, NAD-dependent  52.03 
 
 		 677 aa  680    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000192603  normal  0.836157 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1167  DNA ligase, NAD-dependent  52.01 
 
 		 678 aa  639    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.140803  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0378  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.89 
 
 		 669 aa  642    Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2927  DNA ligase, NAD-dependent  65.37 
 
 		 683 aa  869    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000591487  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1455  DNA ligase, NAD-dependent  51.28 
 
 		 671 aa  651    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  52.62 
 
 		 675 aa  663    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0352  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.89 
 
 		 669 aa  640    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2346  DNA ligase, NAD-dependent  51.42 
 
 		 670 aa  677    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0681  DNA ligase, NAD-dependent  51.48 
 
 		 673 aa  640    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.295891  normal  0.841285 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0337  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.59 
 
 		 669 aa  641    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004153  DNA ligase  48.88 
 
 		 690 aa  645    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0490058  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0538  DNA ligase, NAD-dependent  50 
 
 		 662 aa  671    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1428  DNA ligase, NAD-dependent  52.9 
 
 		 694 aa  691    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0176599  normal  0.198216 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1336  DNA ligase, NAD-dependent  72.9 
 
 		 668 aa  1005    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0903  DNA ligase, NAD-dependent  50 
 
 		 671 aa  632  1e-180  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.226398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0757  DNA ligase, NAD-dependent  50 
 
 		 671 aa  632  1e-180  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2013  DNA ligase, NAD-dependent  51.04 
 
 		 666 aa  635  1e-180  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  48.87 
 
 		 674 aa  633  1e-180  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1522  NAD-dependent DNA ligase  48.49 
 
 		 673 aa  632  1e-180  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1035  DNA ligase, NAD-dependent  49.25 
 
 		 663 aa  632  1e-180  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0655  DNA ligase, NAD-dependent  48.19 
 
 		 670 aa  630  1e-179  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2592  DNA ligase, NAD-dependent  50 
 
 		 706 aa  630  1e-179  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.457213 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1715  DNA ligase, NAD-dependent  49.41 
 
 		 682 aa  630  1e-179  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000203227  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1428  DNA ligase, NAD-dependent  50.21 
 
 		 721 aa  630  1e-179  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00223913 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1020  DNA ligase  48.73 
 
 		 673 aa  625  1e-178  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0987  DNA ligase  48.73 
 
 		 673 aa  628  1e-178  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1618  DNA ligase, NAD-dependent  48.71 
 
 		 673 aa  627  1e-178  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000164842  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1403  DNA ligase, NAD-dependent  50.29 
 
 		 693 aa  627  1e-178  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.655941  normal  0.448551 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0703  DNA ligase, NAD-dependent  49.78 
 
 		 691 aa  628  1e-178  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2896  DNA ligase, NAD-dependent  48.07 
 
 		 689 aa  622  1e-177  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  48.22 
 
 		 690 aa  623  1e-177  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2461  DNA ligase, NAD-dependent  50.37 
 
 		 688 aa  620  1e-176  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0455112  hitchhiker  0.000280706 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01312  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.31 
 
 		 670 aa  621  1e-176  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2201  DNA ligase, NAD-dependent  50 
 
 		 690 aa  620  1e-176  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378461  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1676  NAD-dependent DNA ligase  50.74 
 
 		 688 aa  621  1e-176  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.194979  normal  0.0666248 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1343  DNA ligase, NAD-dependent  50.3 
 
 		 683 aa  621  1e-176  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584756  normal  0.20338 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0571  DNA ligase, NAD-dependent  48.89 
 
 		 680 aa  619  1e-176  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.135698  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2190  DNA ligase, NAD-dependent  52.27 
 
 		 693 aa  619  1e-176  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0728062  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1508  DNA ligase, NAD-dependent  48.35 
 
 		 690 aa  619  1e-176  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000647513  hitchhiker  0.000000119836 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0624  NAD-dependent DNA ligase  50.83 
 
 		 686 aa  615  1e-175  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.182096  normal  0.661335 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1222  DNA ligase, NAD-dependent  50.22 
 
 		 712 aa  617  1e-175  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1117  DNA ligase, NAD-dependent  50.07 
 
 		 673 aa  616  1e-175  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.62969  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1569  DNA ligase, NAD-dependent  48.35 
 
 		 691 aa  618  1e-175  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515781  unclonable  0.000000000191104 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.71 
 
 		 671 aa  613  9.999999999999999e-175  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  48.71 
 
 		 671 aa  612  9.999999999999999e-175  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1816  DNA ligase, NAD-dependent  49.42 
 
 		 707 aa  614  9.999999999999999e-175  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.633094  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  48.71 
 
 		 671 aa  613  9.999999999999999e-175  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2364  DNA ligase, NAD-dependent  47.4 
 
 		 685 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0084265  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1252  DNA ligase, NAD-dependent  50.15 
 
 		 691 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0258025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.71 
 
 		 671 aa  613  9.999999999999999e-175  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0810  DNA ligase, NAD-dependent  47.77 
 
 		 673 aa  615  9.999999999999999e-175  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_536  DNA ligase, NAD-dependent  48.81 
 
 		 680 aa  612  9.999999999999999e-175  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.71 
 
 		 671 aa  612  9.999999999999999e-175  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.27 
 
 		 671 aa  610  1e-173  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.27 
 
 		 671 aa  610  1e-173  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5334  DNA ligase (NAD+)  50.15 
 
 		 691 aa  611  1e-173  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373441  normal  0.204139 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2044  DNA ligase, NAD-dependent  49.7 
 
 		 691 aa  608  1e-173  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1926  DNA ligase, NAD-dependent  50.45 
 
 		 691 aa  611  1e-173  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55791  normal  0.279266 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2377  DNA ligase, NAD-dependent  48.14 
 
 		 669 aa  610  1e-173  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000760862  unclonable  0.00000201736 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2057  DNA ligase, NAD-dependent  50.3 
 
 		 691 aa  611  1e-173  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.258192  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.58 
 
 		 671 aa  611  1e-173  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2744  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.3 
 
 		 670 aa  607  9.999999999999999e-173  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000148607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2679  DNA ligase, NAD-dependent  47.67 
 
 		 685 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000018832  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1432  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.15 
 
 		 670 aa  607  9.999999999999999e-173  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000269504  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4515  DNA ligase, NAD-dependent  48.41 
 
 		 726 aa  606  9.999999999999999e-173  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1045  DNA ligase, NAD-dependent  48.21 
 
 		 680 aa  607  9.999999999999999e-173  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2758  DNA ligase, NAD-dependent  47.67 
 
 		 685 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00554758  hitchhiker  0.000696981 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2571  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.34 
 
 		 671 aa  607  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000161057  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0693  DNA ligase, NAD-dependent  49.41 
 
 		 687 aa  605  9.999999999999999e-173  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.600829  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2620  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.41 
 
 		 671 aa  607  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.936148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2686  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.41 
 
 		 671 aa  607  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595672  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2662  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.19 
 
 		 671 aa  606  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0516763  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2024  DNA ligase, NAD-dependent  49.7 
 
 		 691 aa  608  9.999999999999999e-173  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0728  DNA ligase, NAD-dependent  48.63 
 
 		 687 aa  605  9.999999999999999e-173  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>