More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_536 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002936  DET0596  DNA ligase, NAD-dependent  97.49 
 
 		 677 aa  1352    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0571  DNA ligase, NAD-dependent  87.94 
 
 		 680 aa  1245    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.135698  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1094  DNA ligase, NAD-dependent  49.18 
 
 		 672 aa  641    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.878392  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_536  DNA ligase, NAD-dependent  100 
 
 		 680 aa  1393    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1693  DNA ligase (NAD+)  47.47 
 
 		 675 aa  620  1e-176  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000392244  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0890  DNA ligase, NAD-dependent  48.81 
 
 		 670 aa  612  9.999999999999999e-175  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1617  DNA ligase, NAD-dependent  48.28 
 
 		 672 aa  613  9.999999999999999e-175  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.755766  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2948  DNA ligase, NAD-dependent  48.01 
 
 		 668 aa  614  9.999999999999999e-175  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1305  DNA ligase, NAD-dependent  48.68 
 
 		 672 aa  611  1e-173  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.617786  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2346  DNA ligase, NAD-dependent  46.87 
 
 		 670 aa  605  9.999999999999999e-173  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2728  NAD-dependent DNA ligase C4-type  48.97 
 
 		 671 aa  606  9.999999999999999e-173  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1336  DNA ligase, NAD-dependent  47.79 
 
 		 668 aa  607  9.999999999999999e-173  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0271  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.48 
 
 		 670 aa  602  1.0000000000000001e-171  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  46.88 
 
 		 675 aa  599  1e-170  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2213  DNA ligase, NAD-dependent  46.34 
 
 		 671 aa  598  1e-170  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000618814  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0538  DNA ligase, NAD-dependent  46.59 
 
 		 662 aa  598  1e-170  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1618  DNA ligase, NAD-dependent  47.56 
 
 		 673 aa  600  1e-170  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000164842  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3660  DNA ligase, NAD-dependent  46.76 
 
 		 681 aa  594  1e-168  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0589668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1522  NAD-dependent DNA ligase  44.96 
 
 		 673 aa  589  1e-167  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0313  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.69 
 
 		 676 aa  591  1e-167  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0327  DNA ligase, NAD-dependent  47.79 
 
 		 685 aa  590  1e-167  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1222  DNA ligase, NAD-dependent  47.78 
 
 		 712 aa  590  1e-167  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0655  DNA ligase, NAD-dependent  45.1 
 
 		 670 aa  588  1e-166  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02300  DNA ligase, NAD-dependent  47.18 
 
 		 670 aa  588  1e-166  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000139643  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0681  DNA ligase, NAD-dependent  45.71 
 
 		 673 aa  587  1e-166  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.295891  normal  0.841285 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4515  DNA ligase, NAD-dependent  46.72 
 
 		 726 aa  588  1e-166  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2883  DNA ligase, NAD-dependent  44.43 
 
 		 678 aa  588  1e-166  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.745192 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0877  DNA ligase, NAD-dependent  47.02 
 
 		 718 aa  583  1.0000000000000001e-165  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00627604  hitchhiker  0.0000000262982 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1167  DNA ligase, NAD-dependent  45.83 
 
 		 678 aa  584  1.0000000000000001e-165  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.140803  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0763  DNA ligase, NAD-dependent  46.88 
 
 		 677 aa  580  1e-164  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000192603  normal  0.836157 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2013  DNA ligase, NAD-dependent  46.04 
 
 		 666 aa  575  1.0000000000000001e-163  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  44.51 
 
 		 711 aa  573  1.0000000000000001e-162  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1035  DNA ligase, NAD-dependent  43.54 
 
 		 663 aa  574  1.0000000000000001e-162  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1147  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.4 
 
 		 670 aa  572  1.0000000000000001e-162  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2927  DNA ligase, NAD-dependent  45.05 
 
 		 683 aa  572  1e-161  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000591487  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  46.12 
 
 		 673 aa  571  1e-161  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004153  DNA ligase  44.71 
 
 		 690 aa  571  1e-161  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0490058  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1575  DNA ligase, NAD-dependent  44.53 
 
 		 697 aa  570  1e-161  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01312  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.64 
 
 		 670 aa  568  1e-160  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0810  DNA ligase, NAD-dependent  46.13 
 
 		 673 aa  568  1e-160  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0903  DNA ligase, NAD-dependent  44.94 
 
 		 671 aa  564  1.0000000000000001e-159  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.226398  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0987  DNA ligase  44.2 
 
 		 673 aa  563  1.0000000000000001e-159  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0757  DNA ligase, NAD-dependent  44.94 
 
 		 671 aa  564  1.0000000000000001e-159  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.74 
 
 		 671 aa  560  1e-158  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  43.74 
 
 		 671 aa  560  1e-158  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2698  DNA ligase, NAD-dependent  44.49 
 
 		 674 aa  560  1e-158  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0276  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.89 
 
 		 669 aa  559  1e-158  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0279  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.04 
 
 		 669 aa  561  1e-158  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1020  DNA ligase  44.05 
 
 		 673 aa  561  1e-158  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.74 
 
 		 671 aa  560  1e-158  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0647  DNA ligase, NAD-dependent  45.38 
 
 		 707 aa  561  1e-158  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.407599  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.74 
 
 		 671 aa  560  1e-158  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  43.39 
 
 		 674 aa  560  1e-158  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.74 
 
 		 671 aa  559  1e-158  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1715  DNA ligase, NAD-dependent  45.25 
 
 		 682 aa  559  1e-158  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000203227  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1428  DNA ligase, NAD-dependent  42.74 
 
 		 721 aa  560  1e-158  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00223913 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.74 
 
 		 671 aa  560  1e-158  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.74 
 
 		 671 aa  560  1e-158  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3950  DNA ligase, NAD-dependent  43.79 
 
 		 684 aa  560  1e-158  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0894  DNA ligase, NAD-dependent  44.97 
 
 		 700 aa  561  1e-158  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  43.74 
 
 		 671 aa  560  1e-158  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0683  DNA ligase, NAD-dependent  45.54 
 
 		 684 aa  558  1e-157  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.992096  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0292  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.89 
 
 		 669 aa  558  1e-157  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0352  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.08 
 
 		 669 aa  555  1e-157  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3418  DNA ligase, NAD-dependent  44.34 
 
 		 674 aa  558  1e-157  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4968  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.74 
 
 		 669 aa  557  1e-157  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0286  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.79 
 
 		 669 aa  558  1e-157  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0306  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.89 
 
 		 669 aa  558  1e-157  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0676  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.66 
 
 		 738 aa  555  1e-157  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.759983  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0847  DNA ligase, NAD-dependent  44.15 
 
 		 688 aa  557  1e-157  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0824  DNA ligase, NAD-dependent  44.15 
 
 		 688 aa  557  1e-157  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0337  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.74 
 
 		 669 aa  557  1e-157  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4656  DNA ligase, NAD-dependent  43.22 
 
 		 673 aa  558  1e-157  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.203554  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0378  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.74 
 
 		 669 aa  556  1e-157  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0801  DNA ligase, NAD-dependent  43.4 
 
 		 678 aa  557  1e-157  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0492  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.59 
 
 		 669 aa  557  1e-157  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000242454  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0287  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.74 
 
 		 669 aa  556  1e-157  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0335  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.59 
 
 		 669 aa  555  1e-156  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2686  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.41 
 
 		 671 aa  554  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595672  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3562  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.15 
 
 		 681 aa  553  1e-156  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0503  DNA ligase, NAD-dependent  45.21 
 
 		 671 aa  554  1e-156  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.720163  normal  0.76832 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1517  DNA ligase, NAD-dependent  45.43 
 
 		 659 aa  553  1e-156  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000611736  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1432  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.7 
 
 		 670 aa  553  1e-156  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000269504  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2571  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.34 
 
 		 671 aa  555  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000161057  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2744  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.7 
 
 		 670 aa  554  1e-156  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000148607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1321  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.7 
 
 		 670 aa  553  1e-156  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000153003  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0377  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.79 
 
 		 673 aa  553  1e-156  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2190  DNA ligase, NAD-dependent  44.31 
 
 		 693 aa  555  1e-156  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0728062  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2620  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.41 
 
 		 671 aa  554  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.936148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2792  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.41 
 
 		 671 aa  553  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.755122  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3403  NAD-dependent DNA ligase LigA  44 
 
 		 681 aa  550  1e-155  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0462  DNA ligase, NAD-dependent  44.41 
 
 		 663 aa  549  1e-155  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2939  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.09 
 
 		 671 aa  549  1e-155  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000192646  normal  0.0623801 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1734  NAD-dependent DNA ligase  46.42 
 
 		 683 aa  550  1e-155  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.39998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1455  DNA ligase, NAD-dependent  44.76 
 
 		 671 aa  550  1e-155  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2205  DNA ligase, NAD-dependent  43.23 
 
 		 708 aa  551  1e-155  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1878  DNA ligase, NAD-dependent  43.1 
 
 		 711 aa  548  1e-155  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2662  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.05 
 
 		 671 aa  551  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0516763  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1428  DNA ligase, NAD-dependent  43.86 
 
 		 694 aa  551  1e-155  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0176599  normal  0.198216 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0835  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.15 
 
 		 684 aa  551  1e-155  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>