More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_1045 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013223  Dret_0801  DNA ligase, NAD-dependent  55.95 
 
 
678 aa  714    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0451  DNA ligase, NAD-dependent  62.23 
 
 
808 aa  817    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.950618 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1045  DNA ligase, NAD-dependent  100 
 
 
680 aa  1395    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2093  DNA ligase, NAD-dependent  59.82 
 
 
705 aa  780    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.259807  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1425  DNA ligase, NAD-dependent  53.95 
 
 
712 aa  712    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1526  DNA ligase, NAD-dependent  79.53 
 
 
797 aa  1090    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0626416  normal  0.309916 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0890  DNA ligase, NAD-dependent  48.21 
 
 
670 aa  607  9.999999999999999e-173  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2927  DNA ligase, NAD-dependent  48.66 
 
 
683 aa  602  1.0000000000000001e-171  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000591487  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2461  DNA ligase, NAD-dependent  49.19 
 
 
688 aa  596  1e-169  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0455112  hitchhiker  0.000280706 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1343  DNA ligase, NAD-dependent  49.33 
 
 
683 aa  595  1e-169  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584756  normal  0.20338 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1676  NAD-dependent DNA ligase  49.63 
 
 
688 aa  598  1e-169  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.194979  normal  0.0666248 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0492  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.45 
 
 
669 aa  598  1e-169  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000242454  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2728  NAD-dependent DNA ligase C4-type  46.74 
 
 
671 aa  590  1e-167  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2022  DNA ligase, NAD-dependent  49.34 
 
 
691 aa  590  1e-167  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1321  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.98 
 
 
670 aa  590  1e-167  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000153003  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1432  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.98 
 
 
670 aa  590  1e-167  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000269504  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2744  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.98 
 
 
670 aa  591  1e-167  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000148607  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1560  DNA ligase, NAD-dependent  48.33 
 
 
691 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.436833  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1734  NAD-dependent DNA ligase  49.64 
 
 
683 aa  582  1.0000000000000001e-165  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.39998  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3249  DNA ligase, NAD-dependent  48.33 
 
 
691 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.27 
 
 
671 aa  582  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1926  DNA ligase, NAD-dependent  48.68 
 
 
691 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55791  normal  0.279266 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.42 
 
 
671 aa  584  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2062  DNA ligase, NAD-dependent  48.33 
 
 
691 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.631088  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.42 
 
 
671 aa  584  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1334  DNA ligase, NAD-dependent  48.33 
 
 
691 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.538237  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.27 
 
 
671 aa  582  1e-164  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  48.27 
 
 
671 aa  582  1e-164  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2686  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.35 
 
 
671 aa  580  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595672  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2044  DNA ligase, NAD-dependent  48.25 
 
 
691 aa  579  1e-164  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2620  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.35 
 
 
671 aa  580  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.936148  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  48.27 
 
 
671 aa  582  1e-164  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2662  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.35 
 
 
671 aa  580  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0516763  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.27 
 
 
671 aa  582  1e-164  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2588  DNA ligase, NAD-dependent  48.33 
 
 
691 aa  581  1e-164  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.245296  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6053  DNA ligase, NAD-dependent  48.25 
 
 
746 aa  579  1e-164  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2792  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.35 
 
 
671 aa  580  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.755122  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2571  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.35 
 
 
671 aa  579  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000161057  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2442  DNA ligase, NAD-dependent  48.33 
 
 
691 aa  580  1e-164  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.414068  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.27 
 
 
671 aa  582  1e-164  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2499  DNA ligase, NAD-dependent  48.33 
 
 
691 aa  581  1e-164  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0835  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.5 
 
 
684 aa  580  1e-164  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5334  DNA ligase (NAD+)  47.95 
 
 
691 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373441  normal  0.204139 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1252  DNA ligase, NAD-dependent  47.89 
 
 
691 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0258025  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2057  DNA ligase, NAD-dependent  48.39 
 
 
691 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.258192  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2024  DNA ligase, NAD-dependent  48.25 
 
 
691 aa  578  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3403  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.27 
 
 
681 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2939  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.95 
 
 
671 aa  573  1.0000000000000001e-162  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000192646  normal  0.0623801 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1305  DNA ligase, NAD-dependent  47.09 
 
 
672 aa  573  1.0000000000000001e-162  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.617786  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1239  DNA ligase, NAD-dependent  45.64 
 
 
672 aa  575  1.0000000000000001e-162  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00267622  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  47.9 
 
 
673 aa  571  1e-161  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  46.42 
 
 
711 aa  570  1e-161  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2377  DNA ligase, NAD-dependent  46.39 
 
 
669 aa  569  1e-161  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000760862  unclonable  0.00000201736 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  46.86 
 
 
674 aa  568  1e-161  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3562  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.17 
 
 
681 aa  568  1e-160  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004153  DNA ligase  45.74 
 
 
690 aa  566  1e-160  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0490058  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01312  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.43 
 
 
670 aa  568  1e-160  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0801  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.07 
 
 
682 aa  566  1e-160  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3444  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.28 
 
 
673 aa  567  1e-160  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000441921  hitchhiker  0.000209829 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2461  DNA ligase, NAD-dependent  45.47 
 
 
670 aa  566  1e-160  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.360751  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  47.72 
 
 
675 aa  566  1e-160  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1336  DNA ligase, NAD-dependent  45.37 
 
 
668 aa  563  1.0000000000000001e-159  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1516  DNA ligase (NAD(+))  46.04 
 
 
681 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000678531  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1455  DNA ligase, NAD-dependent  46.8 
 
 
671 aa  559  1e-158  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2847  DNA ligase, NAD-dependent  45.78 
 
 
670 aa  559  1e-158  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000873668  hitchhiker  0.000000438605 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2514  DNA ligase, NAD-dependent  46.08 
 
 
670 aa  560  1e-158  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00116351  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1705  DNA ligase, NAD-dependent  45.84 
 
 
685 aa  561  1e-158  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000114947  decreased coverage  0.000000000204337 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1094  DNA ligase, NAD-dependent  44.63 
 
 
672 aa  556  1e-157  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.878392  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2896  DNA ligase, NAD-dependent  45.8 
 
 
689 aa  556  1e-157  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1575  DNA ligase, NAD-dependent  47.3 
 
 
697 aa  556  1e-157  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2758  DNA ligase, NAD-dependent  45.69 
 
 
685 aa  558  1e-157  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00554758  hitchhiker  0.000696981 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2679  DNA ligase, NAD-dependent  45.69 
 
 
685 aa  558  1e-157  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000018832  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0681  DNA ligase, NAD-dependent  47.61 
 
 
673 aa  556  1e-157  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.295891  normal  0.841285 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2364  DNA ligase, NAD-dependent  45.35 
 
 
685 aa  554  1e-156  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0084265  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1689  DNA ligase, NAD-dependent  45.2 
 
 
668 aa  552  1e-156  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000649064  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  45.77 
 
 
690 aa  554  1e-156  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1738  DNA ligase (NAD(+))  45.24 
 
 
670 aa  555  1e-156  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000265236  hitchhiker  0.00000000308694 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2948  DNA ligase, NAD-dependent  44.33 
 
 
668 aa  553  1e-156  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2353  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.13 
 
 
669 aa  549  1e-155  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3592  DNA ligase, NAD-dependent  45.94 
 
 
703 aa  550  1e-155  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0307521  normal  0.0769861 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1508  DNA ligase, NAD-dependent  45.62 
 
 
690 aa  551  1e-155  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000647513  hitchhiker  0.000000119836 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1569  DNA ligase, NAD-dependent  45.62 
 
 
691 aa  551  1e-155  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515781  unclonable  0.000000000191104 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1428  DNA ligase, NAD-dependent  45.23 
 
 
721 aa  546  1e-154  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00223913 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0377  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.2 
 
 
673 aa  547  1e-154  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0292  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.66 
 
 
669 aa  542  1e-153  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2213  DNA ligase, NAD-dependent  44.53 
 
 
671 aa  544  1e-153  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000618814  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0306  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.66 
 
 
669 aa  542  1e-153  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0503  DNA ligase, NAD-dependent  45.9 
 
 
671 aa  543  1e-153  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.720163  normal  0.76832 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1776  DNA ligase, NAD-dependent  43.05 
 
 
677 aa  542  1e-153  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.19429  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1167  DNA ligase, NAD-dependent  45.96 
 
 
678 aa  545  1e-153  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.140803  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0337  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.51 
 
 
669 aa  542  9.999999999999999e-153  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0276  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.51 
 
 
669 aa  538  9.999999999999999e-153  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2190  DNA ligase, NAD-dependent  47.24 
 
 
693 aa  539  9.999999999999999e-153  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0728062  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0647  DNA ligase, NAD-dependent  46.24 
 
 
707 aa  538  9.999999999999999e-153  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.407599  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2592  DNA ligase, NAD-dependent  45.48 
 
 
706 aa  539  9.999999999999999e-153  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.457213 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1428  DNA ligase, NAD-dependent  44.87 
 
 
694 aa  538  9.999999999999999e-153  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0176599  normal  0.198216 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4968  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.21 
 
 
669 aa  536  1e-151  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0287  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.21 
 
 
669 aa  536  1e-151  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0286  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.06 
 
 
669 aa  536  1e-151  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0538  DNA ligase, NAD-dependent  43.13 
 
 
662 aa  538  1e-151  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>