More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_1425 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_1526  DNA ligase, NAD-dependent  56.38 
 
 		 797 aa  741    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0626416  normal  0.309916 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0801  DNA ligase, NAD-dependent  51.18 
 
 		 678 aa  644    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0451  DNA ligase, NAD-dependent  57.33 
 
 		 808 aa  754    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.950618 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1045  DNA ligase, NAD-dependent  54.49 
 
 		 680 aa  713    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2093  DNA ligase, NAD-dependent  56.48 
 
 		 705 aa  734    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.259807  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1425  DNA ligase, NAD-dependent  100 
 
 		 712 aa  1445    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  47.21 
 
 		 711 aa  581  1e-164  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  48.25 
 
 		 675 aa  577  1.0000000000000001e-163  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2461  DNA ligase, NAD-dependent  47.22 
 
 		 688 aa  575  1.0000000000000001e-162  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0455112  hitchhiker  0.000280706 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1676  NAD-dependent DNA ligase  47.22 
 
 		 688 aa  574  1.0000000000000001e-162  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.194979  normal  0.0666248 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1252  DNA ligase, NAD-dependent  46.68 
 
 		 691 aa  570  1e-161  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0258025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2927  DNA ligase, NAD-dependent  47.85 
 
 		 683 aa  570  1e-161  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000591487  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004153  DNA ligase  45.23 
 
 		 690 aa  563  1.0000000000000001e-159  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0490058  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2044  DNA ligase, NAD-dependent  46.39 
 
 		 691 aa  565  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6053  DNA ligase, NAD-dependent  46.24 
 
 		 746 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0681  DNA ligase, NAD-dependent  48.68 
 
 		 673 aa  565  1.0000000000000001e-159  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.295891  normal  0.841285 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1343  DNA ligase, NAD-dependent  46.55 
 
 		 683 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584756  normal  0.20338 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2024  DNA ligase, NAD-dependent  46.24 
 
 		 691 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3249  DNA ligase, NAD-dependent  46.1 
 
 		 691 aa  560  1e-158  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1560  DNA ligase, NAD-dependent  46.1 
 
 		 691 aa  560  1e-158  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.436833  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1334  DNA ligase, NAD-dependent  46.1 
 
 		 691 aa  560  1e-158  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.538237  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2588  DNA ligase, NAD-dependent  46.1 
 
 		 691 aa  559  1e-158  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.245296  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1926  DNA ligase, NAD-dependent  46.39 
 
 		 691 aa  561  1e-158  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55791  normal  0.279266 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5334  DNA ligase (NAD+)  45.95 
 
 		 691 aa  559  1e-158  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373441  normal  0.204139 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2022  DNA ligase, NAD-dependent  45.94 
 
 		 691 aa  561  1e-158  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2442  DNA ligase, NAD-dependent  46.1 
 
 		 691 aa  560  1e-158  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.414068  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2499  DNA ligase, NAD-dependent  46.1 
 
 		 691 aa  559  1e-158  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2062  DNA ligase, NAD-dependent  46.1 
 
 		 691 aa  560  1e-158  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.631088  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0890  DNA ligase, NAD-dependent  45.74 
 
 		 670 aa  556  1e-157  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2950  DNA ligase, NAD-dependent  47.25 
 
 		 694 aa  556  1e-157  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.191754  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01312  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.6 
 
 		 670 aa  556  1e-157  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2057  DNA ligase, NAD-dependent  46.1 
 
 		 691 aa  557  1e-157  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.258192  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2728  NAD-dependent DNA ligase C4-type  45.8 
 
 		 671 aa  553  1e-156  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1239  DNA ligase, NAD-dependent  45.07 
 
 		 672 aa  554  1e-156  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00267622  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1428  DNA ligase, NAD-dependent  45.26 
 
 		 721 aa  554  1e-156  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00223913 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1035  DNA ligase, NAD-dependent  42.63 
 
 		 663 aa  554  1e-156  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.45 
 
 		 671 aa  549  1e-155  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2744  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.16 
 
 		 670 aa  551  1e-155  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000148607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.6 
 
 		 671 aa  550  1e-155  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1734  NAD-dependent DNA ligase  46.88 
 
 		 683 aa  550  1e-155  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.39998  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  46.45 
 
 		 671 aa  549  1e-155  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0492  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.16 
 
 		 669 aa  548  1e-155  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000242454  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2592  DNA ligase, NAD-dependent  45.21 
 
 		 706 aa  549  1e-155  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.457213 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.6 
 
 		 671 aa  550  1e-155  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1776  DNA ligase, NAD-dependent  44.49 
 
 		 677 aa  550  1e-155  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.19429  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0377  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.43 
 
 		 673 aa  549  1e-155  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.45 
 
 		 671 aa  549  1e-155  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  46.45 
 
 		 671 aa  548  1e-154  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1432  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.01 
 
 		 670 aa  548  1e-154  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000269504  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.45 
 
 		 671 aa  548  1e-154  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.45 
 
 		 671 aa  548  1e-154  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1321  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.01 
 
 		 670 aa  548  1e-154  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000153003  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2201  DNA ligase, NAD-dependent  46.12 
 
 		 690 aa  546  1e-154  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378461  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2377  DNA ligase, NAD-dependent  46.26 
 
 		 669 aa  547  1e-154  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000760862  unclonable  0.00000201736 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2213  DNA ligase, NAD-dependent  44.35 
 
 		 671 aa  542  1e-153  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000618814  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1738  DNA ligase (NAD(+))  45.89 
 
 		 670 aa  541  9.999999999999999e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000265236  hitchhiker  0.00000000308694 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1816  DNA ligase, NAD-dependent  45.66 
 
 		 707 aa  540  9.999999999999999e-153  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.633094  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1575  DNA ligase, NAD-dependent  45.98 
 
 		 697 aa  539  9.999999999999999e-153  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1689  DNA ligase, NAD-dependent  45.32 
 
 		 668 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000649064  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  44.18 
 
 		 690 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1569  DNA ligase, NAD-dependent  44.62 
 
 		 691 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515781  unclonable  0.000000000191104 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2896  DNA ligase, NAD-dependent  44.48 
 
 		 689 aa  536  1e-151  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1336  DNA ligase, NAD-dependent  44.26 
 
 		 668 aa  538  1e-151  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2847  DNA ligase, NAD-dependent  45.34 
 
 		 670 aa  538  1e-151  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000873668  hitchhiker  0.000000438605 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  43.99 
 
 		 674 aa  535  1e-151  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1508  DNA ligase, NAD-dependent  44.04 
 
 		 690 aa  538  1e-151  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000647513  hitchhiker  0.000000119836 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2353  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.23 
 
 		 669 aa  537  1e-151  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2679  DNA ligase, NAD-dependent  44.51 
 
 		 685 aa  535  1e-150  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000018832  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1516  DNA ligase (NAD(+))  44.38 
 
 		 681 aa  534  1e-150  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000678531  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0801  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.03 
 
 		 682 aa  533  1e-150  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2758  DNA ligase, NAD-dependent  44.51 
 
 		 685 aa  535  1e-150  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00554758  hitchhiker  0.000696981 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3592  DNA ligase, NAD-dependent  45.64 
 
 		 703 aa  533  1e-150  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0307521  normal  0.0769861 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1705  DNA ligase, NAD-dependent  44.51 
 
 		 685 aa  535  1e-150  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000114947  decreased coverage  0.000000000204337 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0835  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.89 
 
 		 684 aa  533  1e-150  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2948  DNA ligase, NAD-dependent  44.12 
 
 		 668 aa  534  1e-150  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2364  DNA ligase, NAD-dependent  44.01 
 
 		 685 aa  535  1e-150  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0084265  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2190  DNA ligase, NAD-dependent  47.08 
 
 		 693 aa  532  1e-150  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0728062  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1455  DNA ligase, NAD-dependent  44.15 
 
 		 671 aa  531  1e-149  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2662  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.2 
 
 		 671 aa  529  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0516763  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2571  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.2 
 
 		 671 aa  530  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000161057  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3403  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.19 
 
 		 681 aa  530  1e-149  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2686  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.2 
 
 		 671 aa  531  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595672  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2792  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.2 
 
 		 671 aa  531  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.755122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2939  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.59 
 
 		 671 aa  530  1e-149  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000192646  normal  0.0623801 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2461  DNA ligase, NAD-dependent  43.68 
 
 		 670 aa  532  1e-149  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.360751  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3562  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.88 
 
 		 681 aa  526  1e-148  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1693  DNA ligase (NAD+)  43.11 
 
 		 675 aa  526  1e-148  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000392244  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1522  NAD-dependent DNA ligase  42.46 
 
 		 673 aa  527  1e-148  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0647  DNA ligase, NAD-dependent  45.18 
 
 		 707 aa  528  1e-148  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.407599  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0703  DNA ligase, NAD-dependent  44.99 
 
 		 691 aa  526  1e-148  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2620  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.05 
 
 		 671 aa  528  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.936148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1715  DNA ligase, NAD-dependent  44.36 
 
 		 682 aa  525  1e-148  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000203227  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  45.03 
 
 		 673 aa  523  1e-147  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2346  DNA ligase, NAD-dependent  42.63 
 
 		 670 aa  525  1e-147  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1020  DNA ligase  43.59 
 
 		 673 aa  523  1e-147  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0655  DNA ligase, NAD-dependent  42.17 
 
 		 670 aa  523  1e-147  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0624  NAD-dependent DNA ligase  46.17 
 
 		 686 aa  523  1e-147  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.182096  normal  0.661335 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0503  DNA ligase, NAD-dependent  43.57 
 
 		 671 aa  524  1e-147  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.720163  normal  0.76832 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2514  DNA ligase, NAD-dependent  44.26 
 
 		 670 aa  524  1e-147  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00116351  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3444  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.15 
 
 		 673 aa  525  1e-147  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000441921  hitchhiker  0.000209829 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>