More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0451 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_1425  DNA ligase, NAD-dependent  56.36 
 
 		 712 aa  744    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0801  DNA ligase, NAD-dependent  54.39 
 
 		 678 aa  704    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2093  DNA ligase, NAD-dependent  62.01 
 
 		 705 aa  831    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.259807  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1045  DNA ligase, NAD-dependent  61.9 
 
 		 680 aa  821    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0451  DNA ligase, NAD-dependent  100 
 
 		 808 aa  1618    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.950618 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1526  DNA ligase, NAD-dependent  63.58 
 
 		 797 aa  897    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0626416  normal  0.309916 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2927  DNA ligase, NAD-dependent  50.65 
 
 		 683 aa  604  1.0000000000000001e-171  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000591487  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1734  NAD-dependent DNA ligase  49.22 
 
 		 683 aa  592  1e-168  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.39998  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004153  DNA ligase  47.24 
 
 		 690 aa  595  1e-168  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0490058  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  47.99 
 
 		 673 aa  589  1e-167  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01312  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.1 
 
 		 670 aa  587  1e-166  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0890  DNA ligase, NAD-dependent  46.6 
 
 		 670 aa  583  1.0000000000000001e-165  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1575  DNA ligase, NAD-dependent  47.84 
 
 		 697 aa  585  1.0000000000000001e-165  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2728  NAD-dependent DNA ligase C4-type  46.1 
 
 		 671 aa  583  1.0000000000000001e-165  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  47.69 
 
 		 675 aa  580  1e-164  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2744  NAD-dependent DNA ligase LigA  47 
 
 		 670 aa  579  1e-164  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000148607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  46.93 
 
 		 711 aa  576  1.0000000000000001e-163  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1094  DNA ligase, NAD-dependent  46.43 
 
 		 672 aa  578  1.0000000000000001e-163  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.878392  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1432  NAD-dependent DNA ligase LigA  47 
 
 		 670 aa  577  1.0000000000000001e-163  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000269504  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1321  NAD-dependent DNA ligase LigA  47 
 
 		 670 aa  577  1.0000000000000001e-163  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000153003  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0681  DNA ligase, NAD-dependent  49.28 
 
 		 673 aa  574  1.0000000000000001e-162  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.295891  normal  0.841285 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.64 
 
 		 671 aa  572  1e-161  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  46.64 
 
 		 671 aa  571  1e-161  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.64 
 
 		 671 aa  570  1e-161  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.64 
 
 		 671 aa  570  1e-161  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0492  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.24 
 
 		 669 aa  572  1e-161  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000242454  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  46.64 
 
 		 671 aa  572  1e-161  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.64 
 
 		 671 aa  572  1e-161  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.64 
 
 		 671 aa  571  1e-161  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.64 
 
 		 671 aa  572  1e-161  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2592  DNA ligase, NAD-dependent  45.75 
 
 		 706 aa  568  1e-160  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.457213 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1715  DNA ligase, NAD-dependent  47.61 
 
 		 682 aa  566  1e-160  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000203227  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2377  DNA ligase, NAD-dependent  45.71 
 
 		 669 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000760862  unclonable  0.00000201736 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2620  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.05 
 
 		 671 aa  563  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.936148  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0835  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.53 
 
 		 684 aa  565  1.0000000000000001e-159  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0987  DNA ligase  44.3 
 
 		 673 aa  562  1.0000000000000001e-159  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2571  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.99 
 
 		 671 aa  563  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000161057  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1343  DNA ligase, NAD-dependent  46 
 
 		 683 aa  565  1.0000000000000001e-159  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584756  normal  0.20338 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2662  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.99 
 
 		 671 aa  564  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0516763  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2847  DNA ligase, NAD-dependent  45.32 
 
 		 670 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000873668  hitchhiker  0.000000438605 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2461  DNA ligase, NAD-dependent  45.64 
 
 		 688 aa  559  1e-158  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0455112  hitchhiker  0.000280706 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2022  DNA ligase, NAD-dependent  46.38 
 
 		 691 aa  559  1e-158  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2686  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.76 
 
 		 671 aa  560  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1816  DNA ligase, NAD-dependent  46.18 
 
 		 707 aa  562  1e-158  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.633094  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1428  DNA ligase, NAD-dependent  45.99 
 
 		 721 aa  561  1e-158  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00223913 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2792  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.76 
 
 		 671 aa  559  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.755122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1334  DNA ligase, NAD-dependent  46.08 
 
 		 691 aa  557  1e-157  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.538237  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3592  DNA ligase, NAD-dependent  46.45 
 
 		 703 aa  558  1e-157  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0307521  normal  0.0769861 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2950  DNA ligase, NAD-dependent  46.65 
 
 		 694 aa  558  1e-157  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.191754  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1560  DNA ligase, NAD-dependent  46.08 
 
 		 691 aa  557  1e-157  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.436833  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1020  DNA ligase  43.71 
 
 		 673 aa  558  1e-157  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3444  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.48 
 
 		 673 aa  557  1e-157  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000441921  hitchhiker  0.000209829 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2588  DNA ligase, NAD-dependent  46.08 
 
 		 691 aa  557  1e-157  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.245296  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1252  DNA ligase, NAD-dependent  46.37 
 
 		 691 aa  557  1e-157  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0258025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5334  DNA ligase (NAD+)  45.86 
 
 		 691 aa  558  1e-157  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373441  normal  0.204139 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2499  DNA ligase, NAD-dependent  46.08 
 
 		 691 aa  557  1e-157  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2353  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.17 
 
 		 669 aa  557  1e-157  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2062  DNA ligase, NAD-dependent  46.08 
 
 		 691 aa  557  1e-157  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.631088  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0801  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.09 
 
 		 682 aa  557  1e-157  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1676  NAD-dependent DNA ligase  45.92 
 
 		 688 aa  557  1e-157  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.194979  normal  0.0666248 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3403  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.61 
 
 		 681 aa  556  1e-157  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0703  DNA ligase, NAD-dependent  46.33 
 
 		 691 aa  558  1e-157  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3249  DNA ligase, NAD-dependent  46.08 
 
 		 691 aa  557  1e-157  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2044  DNA ligase, NAD-dependent  46.59 
 
 		 691 aa  556  1e-157  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1508  DNA ligase, NAD-dependent  44.99 
 
 		 690 aa  557  1e-157  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000647513  hitchhiker  0.000000119836 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  44.84 
 
 		 690 aa  557  1e-157  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1305  DNA ligase, NAD-dependent  45.78 
 
 		 672 aa  556  1e-157  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.617786  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2442  DNA ligase, NAD-dependent  46.08 
 
 		 691 aa  557  1e-157  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.414068  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1569  DNA ligase, NAD-dependent  44.99 
 
 		 691 aa  557  1e-157  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515781  unclonable  0.000000000191104 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3562  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.32 
 
 		 681 aa  553  1e-156  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1239  DNA ligase, NAD-dependent  44.75 
 
 		 672 aa  555  1e-156  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00267622  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0163  DNA ligase, NAD-dependent  48.12 
 
 		 685 aa  552  1e-156  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0316123  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1689  DNA ligase, NAD-dependent  45.68 
 
 		 668 aa  554  1e-156  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000649064  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6053  DNA ligase, NAD-dependent  46.45 
 
 		 746 aa  554  1e-156  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1776  DNA ligase, NAD-dependent  43.45 
 
 		 677 aa  553  1e-156  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.19429  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0377  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.5 
 
 		 673 aa  555  1e-156  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1522  NAD-dependent DNA ligase  43.97 
 
 		 673 aa  554  1e-156  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2024  DNA ligase, NAD-dependent  46.45 
 
 		 691 aa  554  1e-156  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2896  DNA ligase, NAD-dependent  45.11 
 
 		 689 aa  551  1e-155  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2364  DNA ligase, NAD-dependent  44.25 
 
 		 685 aa  551  1e-155  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0084265  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0655  DNA ligase, NAD-dependent  43.68 
 
 		 670 aa  551  1e-155  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2758  DNA ligase, NAD-dependent  44.59 
 
 		 685 aa  549  1e-155  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00554758  hitchhiker  0.000696981 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1516  DNA ligase (NAD(+))  45.44 
 
 		 681 aa  552  1e-155  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000678531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1167  DNA ligase, NAD-dependent  45.79 
 
 		 678 aa  550  1e-155  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.140803  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2939  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.41 
 
 		 671 aa  550  1e-155  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000192646  normal  0.0623801 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2057  DNA ligase, NAD-dependent  46.52 
 
 		 691 aa  549  1e-155  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.258192  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1926  DNA ligase, NAD-dependent  46.52 
 
 		 691 aa  550  1e-155  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55791  normal  0.279266 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2190  DNA ligase, NAD-dependent  48.27 
 
 		 693 aa  551  1e-155  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0728062  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1428  DNA ligase, NAD-dependent  45.31 
 
 		 694 aa  551  1e-155  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0176599  normal  0.198216 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2841  DNA ligase, NAD-dependent  44.05 
 
 		 732 aa  551  1e-155  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4463  DNA ligase, NAD-dependent  47.58 
 
 		 693 aa  548  1e-154  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0518609  normal  0.98115 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0277  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.4 
 
 		 679 aa  547  1e-154  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2201  DNA ligase, NAD-dependent  45.09 
 
 		 690 aa  548  1e-154  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378461  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  45.02 
 
 		 674 aa  547  1e-154  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1705  DNA ligase, NAD-dependent  44.44 
 
 		 685 aa  546  1e-154  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000114947  decreased coverage  0.000000000204337 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2679  DNA ligase, NAD-dependent  44.44 
 
 		 685 aa  548  1e-154  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000018832  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1738  DNA ligase (NAD(+))  44.56 
 
 		 670 aa  542  1e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000265236  hitchhiker  0.00000000308694 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3660  DNA ligase, NAD-dependent  46.35 
 
 		 681 aa  545  1e-153  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0589668  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2883  DNA ligase, NAD-dependent  40.63 
 
 		 678 aa  543  1e-153  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.745192 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2213  DNA ligase, NAD-dependent  44.65 
 
 		 671 aa  543  1e-153  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000618814  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>