More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3656 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  55.67 
 
 		 671 aa  666    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  55.83 
 
 		 671 aa  667    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  55.67 
 
 		 671 aa  665    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4274  NAD-dependent DNA ligase LigA  79.82 
 
 		 776 aa  1287    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.185778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01312  NAD-dependent DNA ligase LigA  55.22 
 
 		 670 aa  638    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1689  DNA ligase, NAD-dependent  54.46 
 
 		 668 aa  635    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000649064  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3656  DNA ligase, NAD-dependent  100 
 
 		 787 aa  1602    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1432  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.1 
 
 		 670 aa  640    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000269504  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  55.83 
 
 		 671 aa  667    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1819  NAD-dependent DNA ligase LigA  96.82 
 
 		 787 aa  1561    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.386277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  55.85 
 
 		 711 aa  642    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2686  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.5 
 
 		 671 aa  652    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  55.67 
 
 		 671 aa  666    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1801  NAD-dependent DNA ligase LigA  83.57 
 
 		 785 aa  1355    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0162634  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2377  DNA ligase, NAD-dependent  55.43 
 
 		 669 aa  650    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000760862  unclonable  0.00000201736 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2792  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.33 
 
 		 671 aa  651    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.755122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1321  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.1 
 
 		 670 aa  640    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000153003  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3403  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.67 
 
 		 681 aa  642    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2744  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.27 
 
 		 670 aa  642    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000148607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  55.83 
 
 		 671 aa  667    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1594  NAD-dependent DNA ligase LigA  79.82 
 
 		 776 aa  1287    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0867553 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2620  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.5 
 
 		 671 aa  652    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.936148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2514  DNA ligase, NAD-dependent  55.24 
 
 		 670 aa  636    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00116351  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3804  NAD-dependent DNA ligase LigA  74.14 
 
 		 794 aa  1191    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2571  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.5 
 
 		 671 aa  652    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000161057  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2662  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.33 
 
 		 671 aa  650    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0516763  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2583  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.12 
 
 		 821 aa  653    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1776  DNA ligase, NAD-dependent  53.33 
 
 		 677 aa  654    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.19429  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2939  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.09 
 
 		 671 aa  648    Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000192646  normal  0.0623801 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1508  DNA ligase, NAD-dependent  56.22 
 
 		 690 aa  639    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000647513  hitchhiker  0.000000119836 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  56.31 
 
 		 690 aa  639    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3562  NAD-dependent DNA ligase LigA  53.22 
 
 		 681 aa  638    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2461  DNA ligase, NAD-dependent  54.55 
 
 		 670 aa  643    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.360751  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  55.67 
 
 		 671 aa  665    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44660  NAD-dependent DNA ligase LigA  74.52 
 
 		 794 aa  1194    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0139158  normal  0.0637496 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30290  NAD-dependent DNA ligase LigA  70.14 
 
 		 784 aa  1113    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.301541  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3838  NAD-dependent DNA ligase LigA  79.69 
 
 		 776 aa  1281    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.771384 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  57.17 
 
 		 675 aa  667    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  55.67 
 
 		 671 aa  666    Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1569  DNA ligase, NAD-dependent  56.39 
 
 		 691 aa  639    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515781  unclonable  0.000000000191104 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2746  NAD-dependent DNA ligase LigA  79.21 
 
 		 786 aa  1297    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0339353  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3600  NAD-dependent DNA ligase LigA  79.57 
 
 		 776 aa  1284    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.278075  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1516  DNA ligase (NAD(+))  56.11 
 
 		 681 aa  639    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000678531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1167  DNA ligase, NAD-dependent  56.58 
 
 		 678 aa  645    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.140803  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2896  DNA ligase, NAD-dependent  54.83 
 
 		 689 aa  633  1e-180  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004153  DNA ligase  54.73 
 
 		 690 aa  634  1e-180  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0490058  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0492  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.74 
 
 		 669 aa  631  1e-179  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000242454  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1398  putative DNA ligase (polydeoxyribonucleotide synthase [NAD+]) protein  46.76 
 
 		 813 aa  630  1e-179  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2679  DNA ligase, NAD-dependent  55.5 
 
 		 685 aa  630  1e-179  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000018832  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2758  DNA ligase, NAD-dependent  55.67 
 
 		 685 aa  631  1e-179  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00554758  hitchhiker  0.000696981 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2588  DNA ligase, NAD-dependent  54.68 
 
 		 691 aa  625  1e-178  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.245296  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1705  DNA ligase, NAD-dependent  55.5 
 
 		 685 aa  627  1e-178  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000114947  decreased coverage  0.000000000204337 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2364  DNA ligase, NAD-dependent  55.33 
 
 		 685 aa  628  1e-178  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0084265  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1560  DNA ligase, NAD-dependent  54.68 
 
 		 691 aa  624  1e-177  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.436833  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3249  DNA ligase, NAD-dependent  54.68 
 
 		 691 aa  624  1e-177  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2442  DNA ligase, NAD-dependent  54.68 
 
 		 691 aa  625  1e-177  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.414068  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3444  NAD-dependent DNA ligase LigA  53.5 
 
 		 673 aa  623  1e-177  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000441921  hitchhiker  0.000209829 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  46.23 
 
 		 674 aa  623  1e-177  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1428  DNA ligase, NAD-dependent  46.71 
 
 		 721 aa  624  1e-177  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00223913 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1334  DNA ligase, NAD-dependent  54.68 
 
 		 691 aa  624  1e-177  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.538237  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0377  NAD-dependent DNA ligase LigA  53.5 
 
 		 673 aa  625  1e-177  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2499  DNA ligase, NAD-dependent  54.68 
 
 		 691 aa  625  1e-177  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2062  DNA ligase, NAD-dependent  54.68 
 
 		 691 aa  624  1e-177  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.631088  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1738  DNA ligase (NAD(+))  53.91 
 
 		 670 aa  620  1e-176  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000265236  hitchhiker  0.00000000308694 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2022  DNA ligase, NAD-dependent  54 
 
 		 691 aa  619  1e-176  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0835  NAD-dependent DNA ligase LigA  51.76 
 
 		 684 aa  619  1e-176  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2353  NAD-dependent DNA ligase LigA  53.72 
 
 		 669 aa  620  1e-176  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1336  DNA ligase, NAD-dependent  46.88 
 
 		 813 aa  618  1e-175  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.528438 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2847  DNA ligase, NAD-dependent  52.56 
 
 		 670 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000873668  hitchhiker  0.000000438605 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  54.19 
 
 		 673 aa  609  1e-173  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1575  DNA ligase, NAD-dependent  53.81 
 
 		 697 aa  609  1e-173  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1272  DNA ligase, NAD-dependent  46.39 
 
 		 817 aa  610  1e-173  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.229595 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0801  NAD-dependent DNA ligase LigA  51.64 
 
 		 682 aa  605  9.999999999999999e-173  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5334  DNA ligase (NAD+)  53.12 
 
 		 691 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373441  normal  0.204139 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2128  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.99 
 
 		 837 aa  608  9.999999999999999e-173  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.825717  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1676  NAD-dependent DNA ligase  52.96 
 
 		 688 aa  606  9.999999999999999e-173  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.194979  normal  0.0666248 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2461  DNA ligase, NAD-dependent  52.42 
 
 		 688 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0455112  hitchhiker  0.000280706 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2047  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.23 
 
 		 831 aa  608  9.999999999999999e-173  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1252  DNA ligase, NAD-dependent  52.95 
 
 		 691 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0258025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3405  DNA ligase, NAD-dependent  50.92 
 
 		 672 aa  605  1.0000000000000001e-171  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.558724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1343  DNA ligase, NAD-dependent  52.19 
 
 		 683 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584756  normal  0.20338 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1455  DNA ligase, NAD-dependent  50.94 
 
 		 671 aa  603  1.0000000000000001e-171  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6053  DNA ligase, NAD-dependent  52.78 
 
 		 746 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2024  DNA ligase, NAD-dependent  52.78 
 
 		 691 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1926  DNA ligase, NAD-dependent  52.61 
 
 		 691 aa  599  1e-170  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55791  normal  0.279266 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2044  DNA ligase, NAD-dependent  52.61 
 
 		 691 aa  600  1e-170  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1734  NAD-dependent DNA ligase  53.46 
 
 		 683 aa  595  1e-169  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.39998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1239  DNA ligase, NAD-dependent  50.42 
 
 		 672 aa  598  1e-169  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00267622  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1522  NAD-dependent DNA ligase  49.11 
 
 		 673 aa  596  1e-169  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0703  DNA ligase, NAD-dependent  52.01 
 
 		 691 aa  596  1e-169  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2057  DNA ligase, NAD-dependent  52.45 
 
 		 691 aa  598  1e-169  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.258192  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0655  DNA ligase, NAD-dependent  49.11 
 
 		 670 aa  595  1e-168  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1693  DNA ligase (NAD+)  50.16 
 
 		 675 aa  593  1e-168  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000392244  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1403  DNA ligase, NAD-dependent  45.04 
 
 		 693 aa  593  1e-168  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.655941  normal  0.448551 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0503  DNA ligase, NAD-dependent  52.61 
 
 		 671 aa  594  1e-168  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.720163  normal  0.76832 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2592  DNA ligase, NAD-dependent  51.05 
 
 		 706 aa  584  1.0000000000000001e-165  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.457213 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1816  DNA ligase, NAD-dependent  49.53 
 
 		 707 aa  580  1e-164  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.633094  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3466  DNA ligase, NAD-dependent  50.24 
 
 		 689 aa  576  1.0000000000000001e-163  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.184307  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0624  NAD-dependent DNA ligase  51.83 
 
 		 686 aa  575  1.0000000000000001e-163  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.182096  normal  0.661335 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0647  DNA ligase, NAD-dependent  52.87 
 
 		 707 aa  577  1.0000000000000001e-163  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.407599  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>