More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0939 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6162  DNA ligase (polydeoxyribonucleotide synthase (NAD+))  54.23 
 
 		 716 aa  704    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825564 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2840  NAD-dependent DNA ligase LigA  53.28 
 
 		 718 aa  709    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.229062  normal  0.0102416 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3160  DNA ligase, NAD-dependent  56.43 
 
 		 708 aa  727    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.780726  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1420  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.44 
 
 		 719 aa  720    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.801341  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1376  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.58 
 
 		 719 aa  722    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.390799  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4727  DNA ligase, NAD-dependent  55.43 
 
 		 708 aa  681    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.254208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2432  DNA ligase, NAD-dependent  57.57 
 
 		 710 aa  758    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2579  NAD-dependent DNA ligase LigA  52.51 
 
 		 718 aa  697    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1062  NAD-dependent DNA ligase  56.38 
 
 		 716 aa  747    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.759691  normal  0.781607 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2876  NAD-dependent DNA ligase LigA  55.08 
 
 		 719 aa  744    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0956415  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2622  DNA ligase  56.3 
 
 		 704 aa  674    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.477478  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4035  DNA ligase, NAD-dependent  57.42 
 
 		 715 aa  752    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.519531  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2070  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.32 
 
 		 717 aa  699    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00183267 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0757  DNA ligase, NAD-dependent  57.68 
 
 		 682 aa  674    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.320079  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1754  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.52 
 
 		 721 aa  737    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1280  DNA ligase, NAD-dependent  56.3 
 
 		 704 aa  691    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.334632 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0939  DNA ligase (NAD+)  100 
 
 		 698 aa  1413    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.331194  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0937  NAD-dependent DNA ligase LigA  53.12 
 
 		 717 aa  703    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0205713  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2008  DNA ligase, NAD-dependent  57.81 
 
 		 714 aa  728    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.843308 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1738  DNA ligase, NAD-dependent  52.02 
 
 		 721 aa  674    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00107521  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1509  DNA ligase  55.59 
 
 		 741 aa  744    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.75863  normal  0.655718 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2504  DNA ligase, NAD-dependent  52.1 
 
 		 752 aa  663    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.234774 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3294  DNA ligase, NAD-dependent  56.43 
 
 		 795 aa  639    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.36347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3381  DNA ligase, NAD-dependent  58.17 
 
 		 714 aa  739    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0113379  hitchhiker  0.00670333 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1290  DNA ligase, NAD-dependent  56.94 
 
 		 714 aa  749    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.67847  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1762  DNA ligase, NAD-dependent  55.51 
 
 		 720 aa  713    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.654069  normal  0.115232 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1398  DNA ligase, NAD-dependent  50.47 
 
 		 739 aa  644    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.695979 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0549  DNA ligase, NAD-dependent  54.33 
 
 		 714 aa  676    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.183807  normal  0.14967 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1997  DNA ligase, NAD-dependent  54.09 
 
 		 703 aa  669    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2066  DNA ligase, NAD-dependent  55.56 
 
 		 701 aa  688    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3499  DNA ligase, NAD-dependent  57.37 
 
 		 700 aa  767    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0569727 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1159  DNA ligase, NAD-dependent  55.52 
 
 		 704 aa  686    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.227634  normal  0.637978 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0706  DNA ligase, NAD-dependent  56.35 
 
 		 699 aa  772    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.948055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4083  DNA ligase, NAD-dependent  50.6 
 
 		 765 aa  667    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.316882  normal  0.489697 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3071  DNA ligase, NAD-dependent  47.29 
 
 		 704 aa  624  1e-177  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.678716  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  48.83 
 
 		 674 aa  617  1e-175  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01312  NAD-dependent DNA ligase LigA  49.41 
 
 		 670 aa  617  1e-175  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0377  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.73 
 
 		 673 aa  617  1e-175  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1734  NAD-dependent DNA ligase  50.22 
 
 		 683 aa  613  9.999999999999999e-175  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.39998  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2948  DNA ligase, NAD-dependent  49.19 
 
 		 668 aa  612  9.999999999999999e-175  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004153  DNA ligase  48.53 
 
 		 690 aa  613  9.999999999999999e-175  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0490058  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1432  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.62 
 
 		 670 aa  608  1e-173  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000269504  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3405  DNA ligase, NAD-dependent  47.14 
 
 		 672 aa  608  1e-173  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.558724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2744  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.62 
 
 		 670 aa  609  1e-173  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000148607  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1575  DNA ligase, NAD-dependent  50.51 
 
 		 697 aa  611  1e-173  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  49.85 
 
 		 675 aa  609  1e-173  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1776  DNA ligase, NAD-dependent  47.38 
 
 		 677 aa  609  1e-173  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.19429  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1321  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.62 
 
 		 670 aa  608  1e-173  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000153003  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2939  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.99 
 
 		 671 aa  610  1e-173  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000192646  normal  0.0623801 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.19 
 
 		 671 aa  606  9.999999999999999e-173  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  48.19 
 
 		 671 aa  606  9.999999999999999e-173  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0890  DNA ligase, NAD-dependent  48.76 
 
 		 670 aa  605  9.999999999999999e-173  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0801  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.55 
 
 		 682 aa  608  9.999999999999999e-173  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.19 
 
 		 671 aa  606  9.999999999999999e-173  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  48.19 
 
 		 671 aa  606  9.999999999999999e-173  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.19 
 
 		 671 aa  606  9.999999999999999e-173  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.19 
 
 		 671 aa  608  9.999999999999999e-173  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.04 
 
 		 671 aa  605  9.999999999999999e-173  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.19 
 
 		 671 aa  608  9.999999999999999e-173  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  48.94 
 
 		 711 aa  603  1.0000000000000001e-171  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0703  DNA ligase, NAD-dependent  51.42 
 
 		 691 aa  602  1.0000000000000001e-171  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2662  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.76 
 
 		 671 aa  605  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0516763  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0681  DNA ligase, NAD-dependent  49.41 
 
 		 673 aa  602  1.0000000000000001e-171  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.295891  normal  0.841285 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1336  DNA ligase, NAD-dependent  48.75 
 
 		 668 aa  604  1.0000000000000001e-171  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2792  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.41 
 
 		 671 aa  600  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.755122  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0987  DNA ligase  46.46 
 
 		 673 aa  600  1e-170  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0702  NAD-dependent DNA ligase  45.03 
 
 		 677 aa  598  1e-170  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2620  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.26 
 
 		 671 aa  599  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.936148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2686  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.41 
 
 		 671 aa  600  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1508  DNA ligase, NAD-dependent  47.44 
 
 		 690 aa  601  1e-170  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000647513  hitchhiker  0.000000119836 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  47.58 
 
 		 690 aa  600  1e-170  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2571  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.61 
 
 		 671 aa  601  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000161057  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  49.2 
 
 		 673 aa  597  1e-169  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0492  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.6 
 
 		 669 aa  597  1e-169  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000242454  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1569  DNA ligase, NAD-dependent  47.58 
 
 		 691 aa  597  1e-169  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515781  unclonable  0.000000000191104 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2927  DNA ligase, NAD-dependent  48.69 
 
 		 683 aa  594  1e-168  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000591487  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1020  DNA ligase  46.02 
 
 		 673 aa  594  1e-168  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0647  DNA ligase, NAD-dependent  47.79 
 
 		 707 aa  594  1e-168  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.407599  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0491  DNA ligase, NAD-dependent  49.61 
 
 		 829 aa  592  1e-168  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2592  DNA ligase, NAD-dependent  48.43 
 
 		 706 aa  594  1e-168  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.457213 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1516  DNA ligase (NAD(+))  47.9 
 
 		 681 aa  593  1e-168  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000678531  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1705  DNA ligase, NAD-dependent  46.73 
 
 		 685 aa  592  1e-168  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000114947  decreased coverage  0.000000000204337 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2758  DNA ligase, NAD-dependent  46.59 
 
 		 685 aa  590  1e-167  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00554758  hitchhiker  0.000696981 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2679  DNA ligase, NAD-dependent  46.59 
 
 		 685 aa  590  1e-167  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000018832  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1693  DNA ligase (NAD+)  46.37 
 
 		 675 aa  591  1e-167  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000392244  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0835  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.29 
 
 		 684 aa  591  1e-167  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3403  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.19 
 
 		 681 aa  590  1e-167  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1239  DNA ligase, NAD-dependent  45.67 
 
 		 672 aa  591  1e-167  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00267622  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1305  DNA ligase, NAD-dependent  47.52 
 
 		 672 aa  590  1e-167  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.617786  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2201  DNA ligase, NAD-dependent  48.34 
 
 		 690 aa  591  1e-167  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378461  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2353  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.91 
 
 		 669 aa  589  1e-167  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1816  DNA ligase, NAD-dependent  48.28 
 
 		 707 aa  588  1e-167  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.633094  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1167  DNA ligase, NAD-dependent  48.74 
 
 		 678 aa  586  1e-166  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.140803  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0776  DNA ligase, NAD-dependent  48.19 
 
 		 662 aa  587  1e-166  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2896  DNA ligase, NAD-dependent  47 
 
 		 689 aa  587  1e-166  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2022  DNA ligase, NAD-dependent  49.27 
 
 		 691 aa  588  1e-166  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2514  DNA ligase, NAD-dependent  47.6 
 
 		 670 aa  587  1e-166  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00116351  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2364  DNA ligase, NAD-dependent  46.4 
 
 		 685 aa  588  1e-166  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0084265  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1878  DNA ligase, NAD-dependent  48.18 
 
 		 711 aa  585  1e-166  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1455  DNA ligase, NAD-dependent  47.78 
 
 		 671 aa  585  1e-166  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>