More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2070 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_0706  DNA ligase, NAD-dependent  59.86 
 
 		 699 aa  849    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.948055  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4035  DNA ligase, NAD-dependent  59.48 
 
 		 715 aa  804    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.519531  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1280  DNA ligase, NAD-dependent  57.34 
 
 		 704 aa  767    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.334632 
 
 
-
 
NC_004310  BR1420  NAD-dependent DNA ligase LigA  71.73 
 
 		 719 aa  1041    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.801341  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2876  NAD-dependent DNA ligase LigA  75.91 
 
 		 719 aa  1125    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0956415  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0937  NAD-dependent DNA ligase LigA  61.39 
 
 		 717 aa  888    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0205713  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2579  NAD-dependent DNA ligase LigA  78.41 
 
 		 718 aa  1169    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2070  NAD-dependent DNA ligase LigA  100 
 
 		 717 aa  1466    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00183267 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3499  DNA ligase, NAD-dependent  58.18 
 
 		 700 aa  812    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0569727 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1062  NAD-dependent DNA ligase  59.36 
 
 		 716 aa  816    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.759691  normal  0.781607 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2622  DNA ligase  57.48 
 
 		 704 aa  750    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.477478  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1762  DNA ligase, NAD-dependent  60.67 
 
 		 720 aa  824    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.654069  normal  0.115232 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0939  DNA ligase (NAD+)  54.32 
 
 		 698 aa  704    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.331194  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1754  NAD-dependent DNA ligase LigA  68.09 
 
 		 721 aa  982    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2008  DNA ligase, NAD-dependent  58.24 
 
 		 714 aa  769    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.843308 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1738  DNA ligase, NAD-dependent  50.74 
 
 		 721 aa  665    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00107521  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1376  NAD-dependent DNA ligase LigA  71.59 
 
 		 719 aa  1039    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.390799  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2504  DNA ligase, NAD-dependent  53.37 
 
 		 752 aa  704    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.234774 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3294  DNA ligase, NAD-dependent  48.44 
 
 		 795 aa  683    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.36347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3381  DNA ligase, NAD-dependent  58.5 
 
 		 714 aa  777    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0113379  hitchhiker  0.00670333 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1290  DNA ligase, NAD-dependent  60.66 
 
 		 714 aa  826    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.67847  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4727  DNA ligase, NAD-dependent  54.9 
 
 		 708 aa  694    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.254208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1398  DNA ligase, NAD-dependent  52.2 
 
 		 739 aa  706    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.695979 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0549  DNA ligase, NAD-dependent  53.15 
 
 		 714 aa  670    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.183807  normal  0.14967 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1997  DNA ligase, NAD-dependent  56.96 
 
 		 703 aa  768    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2840  NAD-dependent DNA ligase LigA  78.41 
 
 		 718 aa  1161    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.229062  normal  0.0102416 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2066  DNA ligase, NAD-dependent  57.48 
 
 		 701 aa  739    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2432  DNA ligase, NAD-dependent  61.2 
 
 		 710 aa  822    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1509  DNA ligase  57.55 
 
 		 741 aa  776    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.75863  normal  0.655718 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1159  DNA ligase, NAD-dependent  58.74 
 
 		 704 aa  783    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.227634  normal  0.637978 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6162  DNA ligase (polydeoxyribonucleotide synthase (NAD+))  57.74 
 
 		 716 aa  795    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825564 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4083  DNA ligase, NAD-dependent  52.24 
 
 		 765 aa  693    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.316882  normal  0.489697 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4642  DNA ligase, NAD-dependent  52.9 
 
 		 814 aa  632  1e-180  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0885288 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0491  DNA ligase, NAD-dependent  52.49 
 
 		 829 aa  632  1e-180  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3160  DNA ligase, NAD-dependent  50.77 
 
 		 708 aa  627  1e-178  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.780726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1689  DNA ligase, NAD-dependent  51.71 
 
 		 827 aa  626  1e-178  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.914748 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5183  DNA ligase, NAD-dependent  52.58 
 
 		 814 aa  628  1e-178  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5105  DNA ligase, NAD-dependent  54.08 
 
 		 814 aa  624  1e-177  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.599059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3071  DNA ligase, NAD-dependent  45.59 
 
 		 704 aa  620  1e-176  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.678716  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0011  DNA ligase, NAD-dependent  53 
 
 		 810 aa  613  9.999999999999999e-175  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.927045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0757  DNA ligase, NAD-dependent  52.36 
 
 		 682 aa  598  1e-169  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.320079  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.31 
 
 		 671 aa  593  1e-168  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.31 
 
 		 671 aa  592  1e-168  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.31 
 
 		 671 aa  591  1e-167  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  47.31 
 
 		 671 aa  591  1e-167  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.31 
 
 		 671 aa  591  1e-167  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.31 
 
 		 671 aa  591  1e-167  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  47.31 
 
 		 671 aa  591  1e-167  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.32 
 
 		 671 aa  590  1e-167  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2662  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.58 
 
 		 671 aa  587  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0516763  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2620  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.45 
 
 		 671 aa  586  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.936148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2744  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.81 
 
 		 670 aa  584  1.0000000000000001e-165  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000148607  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0801  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.99 
 
 		 682 aa  583  1.0000000000000001e-165  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3403  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.2 
 
 		 681 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2571  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.44 
 
 		 671 aa  583  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000161057  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  46.89 
 
 		 711 aa  582  1.0000000000000001e-165  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1321  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.81 
 
 		 670 aa  583  1.0000000000000001e-165  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000153003  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2792  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.31 
 
 		 671 aa  583  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.755122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1432  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.81 
 
 		 670 aa  583  1.0000000000000001e-165  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000269504  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2686  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.31 
 
 		 671 aa  584  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2939  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.74 
 
 		 671 aa  581  1e-164  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000192646  normal  0.0623801 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3097  DNA ligase, NAD-dependent  52.98 
 
 		 792 aa  577  1.0000000000000001e-163  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0835  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.13 
 
 		 684 aa  576  1.0000000000000001e-163  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3562  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.92 
 
 		 681 aa  578  1.0000000000000001e-163  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1676  NAD-dependent DNA ligase  46.81 
 
 		 688 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.194979  normal  0.0666248 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  47.23 
 
 		 673 aa  570  1e-161  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1334  DNA ligase, NAD-dependent  46.62 
 
 		 691 aa  570  1e-161  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.538237  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1560  DNA ligase, NAD-dependent  46.62 
 
 		 691 aa  570  1e-161  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.436833  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2442  DNA ligase, NAD-dependent  46.62 
 
 		 691 aa  569  1e-161  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.414068  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2588  DNA ligase, NAD-dependent  46.62 
 
 		 691 aa  570  1e-161  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.245296  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1239  DNA ligase, NAD-dependent  44.89 
 
 		 672 aa  571  1e-161  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00267622  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3249  DNA ligase, NAD-dependent  46.62 
 
 		 691 aa  570  1e-161  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  45.51 
 
 		 674 aa  571  1e-161  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2499  DNA ligase, NAD-dependent  46.62 
 
 		 691 aa  569  1e-161  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0377  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.97 
 
 		 673 aa  570  1e-161  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2062  DNA ligase, NAD-dependent  46.62 
 
 		 691 aa  570  1e-161  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.631088  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3444  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.42 
 
 		 673 aa  568  1e-160  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000441921  hitchhiker  0.000209829 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2201  DNA ligase, NAD-dependent  45.48 
 
 		 690 aa  567  1e-160  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378461  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1252  DNA ligase, NAD-dependent  46.47 
 
 		 691 aa  566  1e-160  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0258025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2057  DNA ligase, NAD-dependent  46.61 
 
 		 691 aa  566  1e-160  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.258192  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2461  DNA ligase, NAD-dependent  46.76 
 
 		 688 aa  566  1e-160  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0455112  hitchhiker  0.000280706 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  46.66 
 
 		 675 aa  567  1e-160  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2377  DNA ligase, NAD-dependent  45.33 
 
 		 669 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000760862  unclonable  0.00000201736 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1926  DNA ligase, NAD-dependent  46.61 
 
 		 691 aa  564  1.0000000000000001e-159  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55791  normal  0.279266 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2044  DNA ligase, NAD-dependent  46.47 
 
 		 691 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2022  DNA ligase, NAD-dependent  46.34 
 
 		 691 aa  565  1.0000000000000001e-159  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6053  DNA ligase, NAD-dependent  46.47 
 
 		 746 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2024  DNA ligase, NAD-dependent  46.47 
 
 		 691 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5334  DNA ligase (NAD+)  46.47 
 
 		 691 aa  561  1e-158  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373441  normal  0.204139 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2950  DNA ligase, NAD-dependent  45.95 
 
 		 694 aa  559  1e-158  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.191754  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0301  DNA ligase, NAD-dependent  41.68 
 
 		 676 aa  558  1e-158  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.10932  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1167  DNA ligase, NAD-dependent  45.88 
 
 		 678 aa  559  1e-158  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.140803  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1776  DNA ligase, NAD-dependent  44.33 
 
 		 677 aa  561  1e-158  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.19429  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  43.59 
 
 		 690 aa  560  1e-158  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1569  DNA ligase, NAD-dependent  43.73 
 
 		 691 aa  559  1e-158  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515781  unclonable  0.000000000191104 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2679  DNA ligase, NAD-dependent  43.3 
 
 		 685 aa  556  1e-157  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000018832  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1816  DNA ligase, NAD-dependent  44.72 
 
 		 707 aa  556  1e-157  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.633094  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1403  DNA ligase, NAD-dependent  45.06 
 
 		 693 aa  556  1e-157  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.655941  normal  0.448551 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2364  DNA ligase, NAD-dependent  43.28 
 
 		 685 aa  556  1e-157  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0084265  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0492  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.29 
 
 		 669 aa  558  1e-157  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000242454  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>