More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1398 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_1280  DNA ligase, NAD-dependent  64.37 
 
 		 704 aa  895    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.334632 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0706  DNA ligase, NAD-dependent  53.56 
 
 		 699 aa  746    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.948055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2432  DNA ligase, NAD-dependent  54.58 
 
 		 710 aa  714    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5105  DNA ligase, NAD-dependent  48.75 
 
 		 814 aa  679    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.599059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1762  DNA ligase, NAD-dependent  52.62 
 
 		 720 aa  707    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.654069  normal  0.115232 
 
 
-
 
NC_004310  BR1420  NAD-dependent DNA ligase LigA  53.56 
 
 		 719 aa  745    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.801341  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1509  DNA ligase  64.05 
 
 		 741 aa  924    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.75863  normal  0.655718 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4083  DNA ligase, NAD-dependent  67.66 
 
 		 765 aa  950    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.316882  normal  0.489697 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0937  NAD-dependent DNA ligase LigA  52.3 
 
 		 717 aa  738    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0205713  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1062  NAD-dependent DNA ligase  53.93 
 
 		 716 aa  754    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.759691  normal  0.781607 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4642  DNA ligase, NAD-dependent  48.75 
 
 		 814 aa  680    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0885288 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2622  DNA ligase  64.97 
 
 		 704 aa  884    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.477478  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1754  NAD-dependent DNA ligase LigA  52.92 
 
 		 721 aa  725    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0011  DNA ligase, NAD-dependent  50.06 
 
 		 810 aa  691    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.927045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1376  NAD-dependent DNA ligase LigA  53.42 
 
 		 719 aa  744    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.390799  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2840  NAD-dependent DNA ligase LigA  51.28 
 
 		 718 aa  708    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.229062  normal  0.0102416 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0939  DNA ligase (NAD+)  50.75 
 
 		 698 aa  657    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.331194  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1159  DNA ligase, NAD-dependent  64.48 
 
 		 704 aa  899    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.227634  normal  0.637978 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2008  DNA ligase, NAD-dependent  53.98 
 
 		 714 aa  699    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.843308 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1738  DNA ligase, NAD-dependent  51.41 
 
 		 721 aa  674    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00107521  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2504  DNA ligase, NAD-dependent  68.34 
 
 		 752 aa  956    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.234774 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3294  DNA ligase, NAD-dependent  47.99 
 
 		 795 aa  652    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.36347  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2876  NAD-dependent DNA ligase LigA  52.46 
 
 		 719 aa  719    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0956415  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5183  DNA ligase, NAD-dependent  49.81 
 
 		 814 aa  693    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3381  DNA ligase, NAD-dependent  53.17 
 
 		 714 aa  707    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0113379  hitchhiker  0.00670333 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4035  DNA ligase, NAD-dependent  53.97 
 
 		 715 aa  721    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.519531  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1290  DNA ligase, NAD-dependent  53.66 
 
 		 714 aa  739    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.67847  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2579  NAD-dependent DNA ligase LigA  51.54 
 
 		 718 aa  717    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1398  DNA ligase, NAD-dependent  100 
 
 		 739 aa  1492    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.695979 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0549  DNA ligase, NAD-dependent  53.05 
 
 		 714 aa  640    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.183807  normal  0.14967 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1997  DNA ligase, NAD-dependent  52.14 
 
 		 703 aa  696    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0491  DNA ligase, NAD-dependent  48.28 
 
 		 829 aa  684    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2070  NAD-dependent DNA ligase LigA  52.94 
 
 		 717 aa  729    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00183267 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2066  DNA ligase, NAD-dependent  53.28 
 
 		 701 aa  692    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1689  DNA ligase, NAD-dependent  48.69 
 
 		 827 aa  676    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.914748 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6162  DNA ligase (polydeoxyribonucleotide synthase (NAD+))  51.13 
 
 		 716 aa  691    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825564 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3499  DNA ligase, NAD-dependent  54.48 
 
 		 700 aa  760    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0569727 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3097  DNA ligase, NAD-dependent  48.12 
 
 		 792 aa  631  1e-179  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4727  DNA ligase, NAD-dependent  50.07 
 
 		 708 aa  626  1e-178  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.254208  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3160  DNA ligase, NAD-dependent  47.45 
 
 		 708 aa  588  1e-167  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.780726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0757  DNA ligase, NAD-dependent  48.71 
 
 		 682 aa  576  1.0000000000000001e-163  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.320079  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2758  DNA ligase, NAD-dependent  43.95 
 
 		 685 aa  550  1e-155  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00554758  hitchhiker  0.000696981 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0503  DNA ligase, NAD-dependent  44.72 
 
 		 671 aa  550  1e-155  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.720163  normal  0.76832 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1239  DNA ligase, NAD-dependent  41.88 
 
 		 672 aa  551  1e-155  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00267622  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2679  DNA ligase, NAD-dependent  43.95 
 
 		 685 aa  551  1e-155  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000018832  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1705  DNA ligase, NAD-dependent  43.67 
 
 		 685 aa  547  1e-154  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000114947  decreased coverage  0.000000000204337 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0702  NAD-dependent DNA ligase  38.81 
 
 		 677 aa  548  1e-154  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0301  DNA ligase, NAD-dependent  38.83 
 
 		 676 aa  548  1e-154  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.10932  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2744  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.93 
 
 		 670 aa  542  1e-153  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000148607  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  45.47 
 
 		 675 aa  543  1e-153  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1432  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.93 
 
 		 670 aa  540  9.999999999999999e-153  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000269504  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1321  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.93 
 
 		 670 aa  540  9.999999999999999e-153  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000153003  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0377  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.73 
 
 		 673 aa  540  9.999999999999999e-153  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2364  DNA ligase, NAD-dependent  42.68 
 
 		 685 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0084265  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  42.59 
 
 		 690 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1569  DNA ligase, NAD-dependent  42.78 
 
 		 691 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515781  unclonable  0.000000000191104 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.48 
 
 		 671 aa  537  1e-151  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  45.53 
 
 		 711 aa  538  1e-151  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2201  DNA ligase, NAD-dependent  42.57 
 
 		 690 aa  536  1e-151  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378461  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1516  DNA ligase (NAD(+))  43.13 
 
 		 681 aa  536  1e-151  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000678531  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.48 
 
 		 671 aa  535  1e-150  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  43.34 
 
 		 671 aa  533  1e-150  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.58 
 
 		 671 aa  533  1e-150  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.58 
 
 		 671 aa  533  1e-150  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  43.48 
 
 		 671 aa  535  1e-150  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004153  DNA ligase  43.06 
 
 		 690 aa  533  1e-150  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0490058  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.34 
 
 		 671 aa  533  1e-150  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.48 
 
 		 671 aa  535  1e-150  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0500  DNA ligase, NAD-dependent  39.81 
 
 		 670 aa  533  1e-150  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.147098  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1508  DNA ligase, NAD-dependent  42.2 
 
 		 690 aa  534  1e-150  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000647513  hitchhiker  0.000000119836 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  43.68 
 
 		 673 aa  531  1e-149  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3071  DNA ligase, NAD-dependent  41.67 
 
 		 704 aa  529  1e-149  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.678716  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0835  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.4 
 
 		 684 aa  530  1e-149  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2592  DNA ligase, NAD-dependent  42.8 
 
 		 706 aa  529  1e-149  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.457213 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1455  DNA ligase, NAD-dependent  44.26 
 
 		 671 aa  531  1e-149  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0492  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.28 
 
 		 669 aa  531  1e-149  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000242454  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1776  DNA ligase, NAD-dependent  42.21 
 
 		 677 aa  531  1e-149  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.19429  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0681  DNA ligase, NAD-dependent  44.02 
 
 		 673 aa  532  1e-149  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.295891  normal  0.841285 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2190  DNA ligase, NAD-dependent  46.25 
 
 		 693 aa  530  1e-149  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0728062  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2896  DNA ligase, NAD-dependent  42.16 
 
 		 689 aa  526  1e-148  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1575  DNA ligase, NAD-dependent  43.57 
 
 		 697 aa  527  1e-148  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3444  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.07 
 
 		 673 aa  528  1e-148  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000441921  hitchhiker  0.000209829 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  42.29 
 
 		 674 aa  527  1e-148  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0801  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.4 
 
 		 682 aa  527  1e-148  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2939  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.03 
 
 		 671 aa  527  1e-148  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000192646  normal  0.0623801 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44660  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.95 
 
 		 794 aa  526  1e-148  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0139158  normal  0.0637496 
 
 
-
 
NC_002978  WD0776  DNA ligase, NAD-dependent  42.92 
 
 		 662 aa  523  1e-147  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1689  DNA ligase, NAD-dependent  41.66 
 
 		 668 aa  525  1e-147  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000649064  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1560  DNA ligase, NAD-dependent  43.28 
 
 		 691 aa  524  1e-147  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.436833  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2847  DNA ligase, NAD-dependent  42.35 
 
 		 670 aa  522  1e-147  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000873668  hitchhiker  0.000000438605 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2499  DNA ligase, NAD-dependent  43.28 
 
 		 691 aa  523  1e-147  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2588  DNA ligase, NAD-dependent  43.28 
 
 		 691 aa  523  1e-147  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.245296  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2377  DNA ligase, NAD-dependent  42.33 
 
 		 669 aa  522  1e-147  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000760862  unclonable  0.00000201736 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2353  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.85 
 
 		 669 aa  524  1e-147  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3249  DNA ligase, NAD-dependent  43.28 
 
 		 691 aa  524  1e-147  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2442  DNA ligase, NAD-dependent  43.28 
 
 		 691 aa  523  1e-147  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.414068  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1334  DNA ligase, NAD-dependent  43.28 
 
 		 691 aa  524  1e-147  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.538237  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2062  DNA ligase, NAD-dependent  43.28 
 
 		 691 aa  524  1e-147  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.631088  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2686  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.95 
 
 		 671 aa  520  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2022  DNA ligase, NAD-dependent  42.61 
 
 		 691 aa  519  1e-146  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>