More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3381 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_2432  DNA ligase, NAD-dependent  62.73 
 
 		 710 aa  818    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2876  NAD-dependent DNA ligase LigA  60.83 
 
 		 719 aa  818    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0956415  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2070  NAD-dependent DNA ligase LigA  59.63 
 
 		 717 aa  772    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00183267 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6162  DNA ligase (polydeoxyribonucleotide synthase (NAD+))  63.52 
 
 		 716 aa  891    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825564 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0706  DNA ligase, NAD-dependent  59.61 
 
 		 699 aa  805    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.948055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4727  DNA ligase, NAD-dependent  54.09 
 
 		 708 aa  652    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.254208  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3499  DNA ligase, NAD-dependent  61.09 
 
 		 700 aa  819    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0569727 
 
 
-
 
NC_004310  BR1420  NAD-dependent DNA ligase LigA  61.7 
 
 		 719 aa  820    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.801341  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1376  NAD-dependent DNA ligase LigA  61.7 
 
 		 719 aa  822    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.390799  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1509  DNA ligase  57.34 
 
 		 741 aa  737    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.75863  normal  0.655718 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1062  NAD-dependent DNA ligase  77.13 
 
 		 716 aa  1110    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.759691  normal  0.781607 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2579  NAD-dependent DNA ligase LigA  60.44 
 
 		 718 aa  810    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2622  DNA ligase  59.07 
 
 		 704 aa  729    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.477478  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1689  DNA ligase, NAD-dependent  48.29 
 
 		 827 aa  683    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.914748 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4083  DNA ligase, NAD-dependent  54.4 
 
 		 765 aa  707    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.316882  normal  0.489697 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0937  NAD-dependent DNA ligase LigA  56.66 
 
 		 717 aa  763    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0205713  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4035  DNA ligase, NAD-dependent  88.39 
 
 		 715 aa  1296    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.519531  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1754  NAD-dependent DNA ligase LigA  60.83 
 
 		 721 aa  811    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0939  DNA ligase (NAD+)  58.17 
 
 		 698 aa  721    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.331194  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1762  DNA ligase, NAD-dependent  61.26 
 
 		 720 aa  789    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.654069  normal  0.115232 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2008  DNA ligase, NAD-dependent  89.62 
 
 		 714 aa  1266    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.843308 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1738  DNA ligase, NAD-dependent  53.89 
 
 		 721 aa  705    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00107521  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5183  DNA ligase, NAD-dependent  55.54 
 
 		 814 aa  639    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2504  DNA ligase, NAD-dependent  56.85 
 
 		 752 aa  710    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.234774 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2840  NAD-dependent DNA ligase LigA  60.17 
 
 		 718 aa  807    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.229062  normal  0.0102416 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3294  DNA ligase, NAD-dependent  67.92 
 
 		 795 aa  834    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.36347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3381  DNA ligase, NAD-dependent  100 
 
 		 714 aa  1449    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0113379  hitchhiker  0.00670333 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1290  DNA ligase, NAD-dependent  78.32 
 
 		 714 aa  1136    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.67847  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1159  DNA ligase, NAD-dependent  59.12 
 
 		 704 aa  733    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.227634  normal  0.637978 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0491  DNA ligase, NAD-dependent  54.3 
 
 		 829 aa  639    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1398  DNA ligase, NAD-dependent  53.04 
 
 		 739 aa  676    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.695979 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0549  DNA ligase, NAD-dependent  54.94 
 
 		 714 aa  647    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.183807  normal  0.14967 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1997  DNA ligase, NAD-dependent  56.31 
 
 		 703 aa  711    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1280  DNA ligase, NAD-dependent  59.21 
 
 		 704 aa  743    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.334632 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2066  DNA ligase, NAD-dependent  58.53 
 
 		 701 aa  752    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4642  DNA ligase, NAD-dependent  55.57 
 
 		 814 aa  637    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0885288 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3160  DNA ligase, NAD-dependent  53.37 
 
 		 708 aa  675    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.780726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  50.78 
 
 		 711 aa  630  1e-179  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5105  DNA ligase, NAD-dependent  55.99 
 
 		 814 aa  626  1e-178  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.599059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2044  DNA ligase, NAD-dependent  49.65 
 
 		 691 aa  625  1e-178  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0011  DNA ligase, NAD-dependent  56.43 
 
 		 810 aa  626  1e-178  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.927045  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5334  DNA ligase (NAD+)  49.65 
 
 		 691 aa  623  1e-177  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373441  normal  0.204139 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6053  DNA ligase, NAD-dependent  49.65 
 
 		 746 aa  623  1e-177  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2024  DNA ligase, NAD-dependent  49.65 
 
 		 691 aa  624  1e-177  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1252  DNA ligase, NAD-dependent  50 
 
 		 691 aa  620  1e-176  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0258025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3071  DNA ligase, NAD-dependent  48.58 
 
 		 704 aa  622  1e-176  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.678716  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1455  DNA ligase, NAD-dependent  49.49 
 
 		 671 aa  615  1e-175  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2062  DNA ligase, NAD-dependent  50.79 
 
 		 691 aa  618  1e-175  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.631088  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1560  DNA ligase, NAD-dependent  50.79 
 
 		 691 aa  618  1e-175  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.436833  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0503  DNA ligase, NAD-dependent  50.07 
 
 		 671 aa  616  1e-175  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.720163  normal  0.76832 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2588  DNA ligase, NAD-dependent  50.79 
 
 		 691 aa  617  1e-175  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.245296  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1334  DNA ligase, NAD-dependent  50.79 
 
 		 691 aa  618  1e-175  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.538237  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2022  DNA ligase, NAD-dependent  49.93 
 
 		 691 aa  618  1e-175  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3249  DNA ligase, NAD-dependent  50.79 
 
 		 691 aa  618  1e-175  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1428  DNA ligase, NAD-dependent  48.83 
 
 		 721 aa  615  1e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00223913 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2057  DNA ligase, NAD-dependent  49.08 
 
 		 691 aa  616  1e-175  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.258192  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2442  DNA ligase, NAD-dependent  50.65 
 
 		 691 aa  616  1e-175  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.414068  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2499  DNA ligase, NAD-dependent  50.79 
 
 		 691 aa  617  1e-175  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1926  DNA ligase, NAD-dependent  48.94 
 
 		 691 aa  614  9.999999999999999e-175  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55791  normal  0.279266 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0377  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.36 
 
 		 673 aa  613  9.999999999999999e-175  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0757  DNA ligase, NAD-dependent  55.18 
 
 		 682 aa  610  1e-173  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.320079  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1343  DNA ligase, NAD-dependent  48.92 
 
 		 683 aa  609  1e-173  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584756  normal  0.20338 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.21 
 
 		 671 aa  605  9.999999999999999e-173  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  48.21 
 
 		 671 aa  605  9.999999999999999e-173  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2461  DNA ligase, NAD-dependent  49.28 
 
 		 688 aa  608  9.999999999999999e-173  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0455112  hitchhiker  0.000280706 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.21 
 
 		 671 aa  605  9.999999999999999e-173  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1734  NAD-dependent DNA ligase  50.29 
 
 		 683 aa  607  9.999999999999999e-173  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.39998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.21 
 
 		 671 aa  605  9.999999999999999e-173  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1676  NAD-dependent DNA ligase  49 
 
 		 688 aa  606  9.999999999999999e-173  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.194979  normal  0.0666248 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  49.15 
 
 		 675 aa  606  9.999999999999999e-173  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.21 
 
 		 671 aa  605  9.999999999999999e-173  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.21 
 
 		 671 aa  606  9.999999999999999e-173  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  48.21 
 
 		 671 aa  604  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1575  DNA ligase, NAD-dependent  49.01 
 
 		 697 aa  603  1.0000000000000001e-171  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.21 
 
 		 671 aa  604  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2744  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.56 
 
 		 670 aa  600  1e-170  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000148607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1239  DNA ligase, NAD-dependent  45.73 
 
 		 672 aa  600  1e-170  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00267622  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2939  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.84 
 
 		 671 aa  597  1e-169  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000192646  normal  0.0623801 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1321  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.56 
 
 		 670 aa  598  1e-169  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000153003  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1432  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.56 
 
 		 670 aa  598  1e-169  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000269504  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0703  DNA ligase, NAD-dependent  49.71 
 
 		 691 aa  598  1e-169  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0681  DNA ligase, NAD-dependent  48.86 
 
 		 673 aa  596  1e-169  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.295891  normal  0.841285 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1167  DNA ligase, NAD-dependent  48.25 
 
 		 678 aa  596  1e-169  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.140803  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2190  DNA ligase, NAD-dependent  49.57 
 
 		 693 aa  592  1e-168  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0728062  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2377  DNA ligase, NAD-dependent  46.55 
 
 		 669 aa  590  1e-167  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000760862  unclonable  0.00000201736 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004153  DNA ligase  46.33 
 
 		 690 aa  588  1e-167  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0490058  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2571  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.41 
 
 		 671 aa  585  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000161057  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  47.65 
 
 		 673 aa  585  1e-166  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0624  NAD-dependent DNA ligase  49.49 
 
 		 686 aa  588  1e-166  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.182096  normal  0.661335 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3592  DNA ligase, NAD-dependent  47.35 
 
 		 703 aa  588  1e-166  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0307521  normal  0.0769861 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3444  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.64 
 
 		 673 aa  588  1e-166  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000441921  hitchhiker  0.000209829 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2662  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.41 
 
 		 671 aa  585  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0516763  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2686  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.35 
 
 		 671 aa  587  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1776  DNA ligase, NAD-dependent  45.97 
 
 		 677 aa  587  1e-166  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.19429  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  46.09 
 
 		 690 aa  586  1e-166  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2792  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.35 
 
 		 671 aa  586  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.755122  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2620  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.49 
 
 		 671 aa  587  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.936148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0702  NAD-dependent DNA ligase  42.76 
 
 		 677 aa  584  1.0000000000000001e-165  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3405  DNA ligase, NAD-dependent  45.1 
 
 		 672 aa  584  1.0000000000000001e-165  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.558724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1569  DNA ligase, NAD-dependent  46.09 
 
 		 691 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515781  unclonable  0.000000000191104 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>