More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_1280 on replicon NC_009049
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6162  DNA ligase (polydeoxyribonucleotide synthase (NAD+))  54.92 
 
 		 716 aa  723    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825564 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4642  DNA ligase, NAD-dependent  55.68 
 
 		 814 aa  642    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0885288 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1754  NAD-dependent DNA ligase LigA  56.07 
 
 		 721 aa  732    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4083  DNA ligase, NAD-dependent  63.39 
 
 		 765 aa  863    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.316882  normal  0.489697 
 
 
-
 
NC_004310  BR1420  NAD-dependent DNA ligase LigA  57.36 
 
 		 719 aa  764    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.801341  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3499  DNA ligase, NAD-dependent  56.62 
 
 		 700 aa  753    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0569727 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1509  DNA ligase  67.48 
 
 		 741 aa  924    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.75863  normal  0.655718 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4035  DNA ligase, NAD-dependent  58.81 
 
 		 715 aa  753    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.519531  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2876  NAD-dependent DNA ligase LigA  58.01 
 
 		 719 aa  771    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0956415  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3160  DNA ligase, NAD-dependent  52.92 
 
 		 708 aa  660    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.780726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1062  NAD-dependent DNA ligase  58.37 
 
 		 716 aa  774    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.759691  normal  0.781607 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1280  DNA ligase, NAD-dependent  100 
 
 		 704 aa  1410    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.334632 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2432  DNA ligase, NAD-dependent  58.11 
 
 		 710 aa  738    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2622  DNA ligase  98.86 
 
 		 704 aa  1398    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.477478  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1159  DNA ligase, NAD-dependent  92.47 
 
 		 704 aa  1276    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.227634  normal  0.637978 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2579  NAD-dependent DNA ligase LigA  56.84 
 
 		 718 aa  768    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2840  NAD-dependent DNA ligase LigA  56.84 
 
 		 718 aa  765    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.229062  normal  0.0102416 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0706  DNA ligase, NAD-dependent  56.32 
 
 		 699 aa  764    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.948055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0937  NAD-dependent DNA ligase LigA  55.51 
 
 		 717 aa  747    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0205713  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0939  DNA ligase (NAD+)  56.3 
 
 		 698 aa  689    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.331194  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1762  DNA ligase, NAD-dependent  57.28 
 
 		 720 aa  734    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.654069  normal  0.115232 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2008  DNA ligase, NAD-dependent  57.61 
 
 		 714 aa  726    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.843308 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1738  DNA ligase, NAD-dependent  52.6 
 
 		 721 aa  674    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00107521  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2504  DNA ligase, NAD-dependent  65.12 
 
 		 752 aa  876    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.234774 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3294  DNA ligase, NAD-dependent  49.31 
 
 		 795 aa  666    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.36347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5183  DNA ligase, NAD-dependent  56.49 
 
 		 814 aa  652    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3381  DNA ligase, NAD-dependent  59.21 
 
 		 714 aa  756    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0113379  hitchhiker  0.00670333 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1290  DNA ligase, NAD-dependent  59.63 
 
 		 714 aa  767    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.67847  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0011  DNA ligase, NAD-dependent  56.38 
 
 		 810 aa  636    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.927045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1376  NAD-dependent DNA ligase LigA  57.22 
 
 		 719 aa  763    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.390799  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2070  NAD-dependent DNA ligase LigA  57.34 
 
 		 717 aa  763    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00183267 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1398  DNA ligase, NAD-dependent  64.37 
 
 		 739 aa  875    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.695979 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1997  DNA ligase, NAD-dependent  56.28 
 
 		 703 aa  721    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2066  DNA ligase, NAD-dependent  57.56 
 
 		 701 aa  702    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4727  DNA ligase, NAD-dependent  53.79 
 
 		 708 aa  639    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.254208  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0491  DNA ligase, NAD-dependent  54.32 
 
 		 829 aa  632  1e-180  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5105  DNA ligase, NAD-dependent  55.52 
 
 		 814 aa  634  1e-180  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.599059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0549  DNA ligase, NAD-dependent  54.31 
 
 		 714 aa  622  1e-177  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.183807  normal  0.14967 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1689  DNA ligase, NAD-dependent  53.63 
 
 		 827 aa  622  1e-177  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.914748 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3071  DNA ligase, NAD-dependent  44.65 
 
 		 704 aa  597  1e-169  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.678716  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0757  DNA ligase, NAD-dependent  52.16 
 
 		 682 aa  579  1e-164  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.320079  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1239  DNA ligase, NAD-dependent  44.16 
 
 		 672 aa  576  1.0000000000000001e-163  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00267622  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2201  DNA ligase, NAD-dependent  48.35 
 
 		 690 aa  574  1.0000000000000001e-162  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378461  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  48.55 
 
 		 673 aa  571  1e-161  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3403  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.06 
 
 		 681 aa  571  1e-161  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0377  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.26 
 
 		 673 aa  568  1e-161  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2950  DNA ligase, NAD-dependent  48.72 
 
 		 694 aa  572  1e-161  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.191754  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3562  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.98 
 
 		 681 aa  567  1e-160  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3466  DNA ligase, NAD-dependent  44.64 
 
 		 689 aa  562  1.0000000000000001e-159  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.184307  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2744  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.33 
 
 		 670 aa  564  1.0000000000000001e-159  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000148607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0702  NAD-dependent DNA ligase  42.3 
 
 		 677 aa  562  1.0000000000000001e-159  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0301  DNA ligase, NAD-dependent  41.67 
 
 		 676 aa  563  1.0000000000000001e-159  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.10932  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3097  DNA ligase, NAD-dependent  54.59 
 
 		 792 aa  561  1e-158  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1321  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.59 
 
 		 670 aa  561  1e-158  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000153003  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  47.62 
 
 		 711 aa  559  1e-158  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1432  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.59 
 
 		 670 aa  561  1e-158  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000269504  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0776  DNA ligase, NAD-dependent  46.03 
 
 		 662 aa  558  1e-157  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  45.78 
 
 		 674 aa  556  1e-157  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2592  DNA ligase, NAD-dependent  46.22 
 
 		 706 aa  557  1e-157  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.457213 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1428  DNA ligase, NAD-dependent  46.94 
 
 		 721 aa  557  1e-157  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00223913 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1516  DNA ligase (NAD(+))  46.37 
 
 		 681 aa  557  1e-157  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000678531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1776  DNA ligase, NAD-dependent  44.38 
 
 		 677 aa  558  1e-157  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.19429  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2190  DNA ligase, NAD-dependent  49.42 
 
 		 693 aa  558  1e-157  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0728062  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1508  DNA ligase, NAD-dependent  45.07 
 
 		 690 aa  556  1e-157  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000647513  hitchhiker  0.000000119836 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2057  DNA ligase, NAD-dependent  47.34 
 
 		 691 aa  556  1e-157  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.258192  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0492  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.25 
 
 		 669 aa  557  1e-157  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000242454  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2758  DNA ligase, NAD-dependent  45.32 
 
 		 685 aa  554  1e-156  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00554758  hitchhiker  0.000696981 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3405  DNA ligase, NAD-dependent  45.07 
 
 		 672 aa  554  1e-156  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.558724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01312  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.65 
 
 		 670 aa  552  1e-156  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2679  DNA ligase, NAD-dependent  45.32 
 
 		 685 aa  553  1e-156  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000018832  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0835  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.66 
 
 		 684 aa  554  1e-156  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1926  DNA ligase, NAD-dependent  46.83 
 
 		 691 aa  552  1e-156  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55791  normal  0.279266 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0703  DNA ligase, NAD-dependent  47.58 
 
 		 691 aa  552  1e-156  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1252  DNA ligase, NAD-dependent  47.12 
 
 		 691 aa  555  1e-156  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0258025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  44.44 
 
 		 690 aa  552  1e-156  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1569  DNA ligase, NAD-dependent  45.56 
 
 		 691 aa  554  1e-156  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515781  unclonable  0.000000000191104 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2044  DNA ligase, NAD-dependent  47.12 
 
 		 691 aa  549  1e-155  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2939  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.42 
 
 		 671 aa  549  1e-155  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000192646  normal  0.0623801 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  47.69 
 
 		 675 aa  548  1e-155  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5334  DNA ligase (NAD+)  47.12 
 
 		 691 aa  550  1e-155  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373441  normal  0.204139 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6053  DNA ligase, NAD-dependent  47.12 
 
 		 746 aa  548  1e-155  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1705  DNA ligase, NAD-dependent  45.04 
 
 		 685 aa  550  1e-155  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000114947  decreased coverage  0.000000000204337 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1816  DNA ligase, NAD-dependent  47.89 
 
 		 707 aa  550  1e-155  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.633094  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2024  DNA ligase, NAD-dependent  47.12 
 
 		 691 aa  549  1e-155  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004153  DNA ligase  45.14 
 
 		 690 aa  551  1e-155  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0490058  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  45.18 
 
 		 671 aa  546  1e-154  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3444  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.31 
 
 		 673 aa  547  1e-154  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000441921  hitchhiker  0.000209829 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1560  DNA ligase, NAD-dependent  47.3 
 
 		 691 aa  546  1e-154  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.436833  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1343  DNA ligase, NAD-dependent  46.65 
 
 		 683 aa  546  1e-154  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584756  normal  0.20338 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1575  DNA ligase, NAD-dependent  47.53 
 
 		 697 aa  547  1e-154  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2062  DNA ligase, NAD-dependent  47.3 
 
 		 691 aa  546  1e-154  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.631088  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0503  DNA ligase, NAD-dependent  48.34 
 
 		 671 aa  546  1e-154  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.720163  normal  0.76832 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3249  DNA ligase, NAD-dependent  47.3 
 
 		 691 aa  546  1e-154  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1334  DNA ligase, NAD-dependent  47.3 
 
 		 691 aa  546  1e-154  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.538237  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.18 
 
 		 671 aa  546  1e-154  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.18 
 
 		 671 aa  545  1e-153  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2022  DNA ligase, NAD-dependent  47.03 
 
 		 691 aa  544  1e-153  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2461  DNA ligase, NAD-dependent  46.87 
 
 		 688 aa  543  1e-153  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0455112  hitchhiker  0.000280706 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.18 
 
 		 671 aa  545  1e-153  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.04 
 
 		 671 aa  544  1e-153  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>