More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1272 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4274  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.73 
 
 		 776 aa  660    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.185778  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1398  putative DNA ligase (polydeoxyribonucleotide synthase [NAD+]) protein  87.52 
 
 		 813 aa  1442    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1252  DNA ligase, NAD-dependent  55.29 
 
 		 691 aa  666    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0258025  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1672  DNA ligase, NAD-dependent  60.12 
 
 		 740 aa  721    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.672303  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1455  DNA ligase, NAD-dependent  54.47 
 
 		 671 aa  638    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3592  DNA ligase, NAD-dependent  55.34 
 
 		 703 aa  677    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0307521  normal  0.0769861 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1560  DNA ligase, NAD-dependent  54.18 
 
 		 691 aa  652    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.436833  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1734  NAD-dependent DNA ligase  54.63 
 
 		 683 aa  645    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.39998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2083  DNA ligase, NAD-dependent  59.66 
 
 		 731 aa  717    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0521924  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  55.72 
 
 		 711 aa  687    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0624  NAD-dependent DNA ligase  54.19 
 
 		 686 aa  749    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.182096  normal  0.661335 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30290  NAD-dependent DNA ligase LigA  49.02 
 
 		 784 aa  657    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.301541  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2588  DNA ligase, NAD-dependent  54.18 
 
 		 691 aa  651    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.245296  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3804  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.93 
 
 		 794 aa  650    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5334  DNA ligase (NAD+)  54.63 
 
 		 691 aa  661    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373441  normal  0.204139 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4463  DNA ligase, NAD-dependent  55.15 
 
 		 693 aa  686    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0518609  normal  0.98115 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1812  DNA ligase (NAD+)  55.74 
 
 		 677 aa  678    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2128  NAD-dependent DNA ligase LigA  49.05 
 
 		 837 aa  739    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.825717  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1926  DNA ligase, NAD-dependent  54.99 
 
 		 691 aa  663    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55791  normal  0.279266 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1336  DNA ligase, NAD-dependent  98.16 
 
 		 813 aa  1565    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.528438 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2022  DNA ligase, NAD-dependent  54.76 
 
 		 691 aa  662    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2461  DNA ligase, NAD-dependent  54.46 
 
 		 688 aa  660    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0455112  hitchhiker  0.000280706 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2190  DNA ligase, NAD-dependent  59.22 
 
 		 693 aa  723    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0728062  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3838  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.85 
 
 		 776 aa  659    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.771384 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2201  DNA ligase, NAD-dependent  58.85 
 
 		 690 aa  736    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378461  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1403  DNA ligase, NAD-dependent  59.69 
 
 		 693 aa  746    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.655941  normal  0.448551 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2592  DNA ligase, NAD-dependent  57.89 
 
 		 706 aa  737    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.457213 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1676  NAD-dependent DNA ligase  54.83 
 
 		 688 aa  664    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.194979  normal  0.0666248 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2505  DNA ligase, NAD-dependent  58.82 
 
 		 768 aa  707    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000421321 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2583  NAD-dependent DNA ligase LigA  51.01 
 
 		 821 aa  752    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1428  DNA ligase, NAD-dependent  53.87 
 
 		 721 aa  688    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00223913 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3600  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.73 
 
 		 776 aa  657    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.278075  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1334  DNA ligase, NAD-dependent  54.18 
 
 		 691 aa  652    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.538237  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2499  DNA ligase, NAD-dependent  54.18 
 
 		 691 aa  650    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6053  DNA ligase, NAD-dependent  55.14 
 
 		 746 aa  668    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2841  DNA ligase, NAD-dependent  59.08 
 
 		 732 aa  711    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1343  DNA ligase, NAD-dependent  53.77 
 
 		 683 aa  660    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584756  normal  0.20338 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2047  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.94 
 
 		 831 aa  731    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2044  DNA ligase, NAD-dependent  55.29 
 
 		 691 aa  669    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2950  DNA ligase, NAD-dependent  56.4 
 
 		 694 aa  685    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.191754  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2057  DNA ligase, NAD-dependent  54.63 
 
 		 691 aa  663    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.258192  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44660  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.68 
 
 		 794 aa  645    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0139158  normal  0.0637496 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3249  DNA ligase, NAD-dependent  54.18 
 
 		 691 aa  652    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0503  DNA ligase, NAD-dependent  54.63 
 
 		 671 aa  637    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.720163  normal  0.76832 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2746  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.71 
 
 		 786 aa  656    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0339353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2024  DNA ligase, NAD-dependent  55.14 
 
 		 691 aa  667    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2442  DNA ligase, NAD-dependent  54.18 
 
 		 691 aa  650    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.414068  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1594  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.61 
 
 		 776 aa  661    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0867553 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1272  DNA ligase, NAD-dependent  100 
 
 		 817 aa  1644    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.229595 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1816  DNA ligase, NAD-dependent  58.69 
 
 		 707 aa  731    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.633094  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2062  DNA ligase, NAD-dependent  54.18 
 
 		 691 aa  652    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.631088  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1801  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.16 
 
 		 785 aa  635  1e-180  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0162634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1819  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.51 
 
 		 787 aa  622  1e-177  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.386277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  53.35 
 
 		 675 aa  621  1e-176  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3656  DNA ligase, NAD-dependent  46.39 
 
 		 787 aa  611  1e-173  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1575  DNA ligase, NAD-dependent  51.33 
 
 		 697 aa  597  1e-169  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0647  DNA ligase, NAD-dependent  52.04 
 
 		 707 aa  591  1e-167  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.407599  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1167  DNA ligase, NAD-dependent  52 
 
 		 678 aa  586  1e-166  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.140803  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  51.7 
 
 		 673 aa  580  1e-164  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1516  DNA ligase (NAD(+))  49.92 
 
 		 681 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000678531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1693  DNA ligase (NAD+)  49.12 
 
 		 675 aa  570  1e-161  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000392244  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.78 
 
 		 671 aa  568  1e-160  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  48.78 
 
 		 671 aa  568  1e-160  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.78 
 
 		 671 aa  568  1e-160  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.62 
 
 		 671 aa  566  1e-160  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.78 
 
 		 671 aa  568  1e-160  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  48.78 
 
 		 671 aa  568  1e-160  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1239  DNA ligase, NAD-dependent  48.28 
 
 		 672 aa  568  1e-160  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00267622  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  48.61 
 
 		 674 aa  568  1e-160  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.62 
 
 		 671 aa  567  1e-160  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.78 
 
 		 671 aa  568  1e-160  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1020  DNA ligase  47.06 
 
 		 673 aa  563  1.0000000000000001e-159  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0987  DNA ligase  47.22 
 
 		 673 aa  562  1.0000000000000001e-159  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0655  DNA ligase, NAD-dependent  47.61 
 
 		 670 aa  565  1.0000000000000001e-159  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2744  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.84 
 
 		 670 aa  562  1.0000000000000001e-159  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000148607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1522  NAD-dependent DNA ligase  47.45 
 
 		 673 aa  562  1.0000000000000001e-159  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1432  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.51 
 
 		 670 aa  560  1e-158  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000269504  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1776  DNA ligase, NAD-dependent  46.53 
 
 		 677 aa  560  1e-158  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.19429  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2461  DNA ligase, NAD-dependent  47.49 
 
 		 670 aa  560  1e-158  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.360751  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2939  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.71 
 
 		 671 aa  561  1e-158  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000192646  normal  0.0623801 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1321  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.51 
 
 		 670 aa  560  1e-158  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000153003  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2620  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.14 
 
 		 671 aa  557  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.936148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2571  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.14 
 
 		 671 aa  557  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000161057  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2792  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.97 
 
 		 671 aa  556  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.755122  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2662  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.14 
 
 		 671 aa  558  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0516763  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2686  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.14 
 
 		 671 aa  557  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595672  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2927  DNA ligase, NAD-dependent  48.4 
 
 		 683 aa  552  1e-156  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000591487  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2364  DNA ligase, NAD-dependent  47.59 
 
 		 685 aa  553  1e-156  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0084265  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2847  DNA ligase, NAD-dependent  47.1 
 
 		 670 aa  551  1e-155  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000873668  hitchhiker  0.000000438605 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2896  DNA ligase, NAD-dependent  47.1 
 
 		 689 aa  552  1e-155  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3403  NAD-dependent DNA ligase LigA  49.03 
 
 		 681 aa  550  1e-155  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2514  DNA ligase, NAD-dependent  46.74 
 
 		 670 aa  549  1e-155  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00116351  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1689  DNA ligase, NAD-dependent  45.9 
 
 		 668 aa  552  1e-155  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000649064  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1508  DNA ligase, NAD-dependent  46.69 
 
 		 690 aa  550  1e-155  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000647513  hitchhiker  0.000000119836 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  46.85 
 
 		 690 aa  552  1e-155  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1569  DNA ligase, NAD-dependent  47 
 
 		 691 aa  552  1e-155  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515781  unclonable  0.000000000191104 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0491  DNA ligase, NAD-dependent  42.23 
 
 		 829 aa  548  1e-154  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2679  DNA ligase, NAD-dependent  47.27 
 
 		 685 aa  547  1e-154  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000018832  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0703  DNA ligase, NAD-dependent  50.16 
 
 		 691 aa  548  1e-154  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2377  DNA ligase, NAD-dependent  47.15 
 
 		 669 aa  548  1e-154  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000760862  unclonable  0.00000201736 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>