More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xfasm12_2128 on replicon NC_010513
Organism: Xylella fastidiosa M12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4274  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.66 
 
 		 776 aa  654    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.185778  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1398  putative DNA ligase (polydeoxyribonucleotide synthase [NAD+]) protein  48.94 
 
 		 813 aa  731    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3600  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.79 
 
 		 776 aa  643    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.278075  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2583  NAD-dependent DNA ligase LigA  62.86 
 
 		 821 aa  1004    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2746  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.1 
 
 		 786 aa  656    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0339353  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1336  DNA ligase, NAD-dependent  49.29 
 
 		 813 aa  719    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.528438 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2047  NAD-dependent DNA ligase LigA  98.68 
 
 		 831 aa  1672    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3838  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.06 
 
 		 776 aa  650    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.771384 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2128  NAD-dependent DNA ligase LigA  100 
 
 		 837 aa  1705    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.825717  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1594  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.3 
 
 		 776 aa  649    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0867553 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1272  DNA ligase, NAD-dependent  48.94 
 
 		 817 aa  716    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.229595 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00738  DNA ligase  67.91 
 
 		 590 aa  813    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.453456  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  51.22 
 
 		 675 aa  624  1e-177  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1819  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.62 
 
 		 787 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.386277  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30290  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.25 
 
 		 784 aa  600  1e-170  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.301541  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3656  DNA ligase, NAD-dependent  41.99 
 
 		 787 aa  599  1e-170  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1801  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.76 
 
 		 785 aa  596  1e-169  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0162634  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3804  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.12 
 
 		 794 aa  596  1e-169  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44660  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.24 
 
 		 794 aa  598  1e-169  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0139158  normal  0.0637496 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2744  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.58 
 
 		 670 aa  589  1e-167  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000148607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1321  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.58 
 
 		 670 aa  586  1e-166  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000153003  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1432  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.58 
 
 		 670 aa  586  1e-166  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000269504  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  48.15 
 
 		 673 aa  581  1e-164  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1693  DNA ligase (NAD+)  47.07 
 
 		 675 aa  582  1e-164  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000392244  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3444  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.67 
 
 		 673 aa  575  1.0000000000000001e-163  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000441921  hitchhiker  0.000209829 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3403  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.57 
 
 		 681 aa  574  1.0000000000000001e-162  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3562  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.42 
 
 		 681 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1428  DNA ligase, NAD-dependent  47.13 
 
 		 721 aa  572  1.0000000000000001e-162  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00223913 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0377  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.06 
 
 		 673 aa  572  1.0000000000000001e-162  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2571  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.91 
 
 		 671 aa  571  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000161057  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2792  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.91 
 
 		 671 aa  570  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.755122  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2686  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.91 
 
 		 671 aa  571  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595672  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2662  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.76 
 
 		 671 aa  569  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0516763  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2939  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.33 
 
 		 671 aa  570  1e-161  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000192646  normal  0.0623801 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2620  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.91 
 
 		 671 aa  570  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.936148  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.02 
 
 		 671 aa  568  1e-160  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  46.02 
 
 		 671 aa  568  1e-160  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.02 
 
 		 671 aa  568  1e-160  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.02 
 
 		 671 aa  568  1e-160  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.02 
 
 		 671 aa  568  1e-160  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1343  DNA ligase, NAD-dependent  47.51 
 
 		 683 aa  567  1e-160  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584756  normal  0.20338 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1252  DNA ligase, NAD-dependent  47.76 
 
 		 691 aa  568  1e-160  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0258025  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  46.02 
 
 		 671 aa  568  1e-160  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.02 
 
 		 671 aa  568  1e-160  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.02 
 
 		 671 aa  568  1e-160  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2201  DNA ligase, NAD-dependent  57.11 
 
 		 690 aa  556  1e-157  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378461  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1676  NAD-dependent DNA ligase  44.98 
 
 		 688 aa  558  1e-157  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.194979  normal  0.0666248 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2057  DNA ligase, NAD-dependent  46.28 
 
 		 691 aa  558  1e-157  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.258192  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2044  DNA ligase, NAD-dependent  46.83 
 
 		 691 aa  553  1e-156  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1926  DNA ligase, NAD-dependent  46.83 
 
 		 691 aa  555  1e-156  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55791  normal  0.279266 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5334  DNA ligase (NAD+)  46.59 
 
 		 691 aa  555  1e-156  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373441  normal  0.204139 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6053  DNA ligase, NAD-dependent  46.75 
 
 		 746 aa  555  1e-156  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  45.85 
 
 		 690 aa  553  1e-156  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2461  DNA ligase, NAD-dependent  46.97 
 
 		 688 aa  554  1e-156  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0455112  hitchhiker  0.000280706 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2024  DNA ligase, NAD-dependent  46.99 
 
 		 691 aa  555  1e-156  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0703  DNA ligase, NAD-dependent  55.06 
 
 		 691 aa  550  1e-155  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0835  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.73 
 
 		 684 aa  546  1e-154  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2022  DNA ligase, NAD-dependent  47.16 
 
 		 691 aa  549  1e-154  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1560  DNA ligase, NAD-dependent  46.62 
 
 		 691 aa  542  1e-153  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.436833  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  56.02 
 
 		 711 aa  545  1e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3249  DNA ligase, NAD-dependent  46.62 
 
 		 691 aa  542  1e-153  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3294  DNA ligase, NAD-dependent  40.78 
 
 		 795 aa  544  1e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.36347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1334  DNA ligase, NAD-dependent  46.62 
 
 		 691 aa  542  1e-153  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.538237  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2062  DNA ligase, NAD-dependent  46.62 
 
 		 691 aa  542  1e-153  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.631088  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1734  NAD-dependent DNA ligase  55.53 
 
 		 683 aa  541  9.999999999999999e-153  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.39998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1167  DNA ligase, NAD-dependent  54.02 
 
 		 678 aa  539  9.999999999999999e-153  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.140803  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2588  DNA ligase, NAD-dependent  46.62 
 
 		 691 aa  541  9.999999999999999e-153  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.245296  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2442  DNA ligase, NAD-dependent  46.62 
 
 		 691 aa  541  9.999999999999999e-153  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.414068  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2592  DNA ligase, NAD-dependent  54.46 
 
 		 706 aa  540  9.999999999999999e-153  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.457213 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2499  DNA ligase, NAD-dependent  46.62 
 
 		 691 aa  541  9.999999999999999e-153  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1569  DNA ligase, NAD-dependent  45.23 
 
 		 691 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515781  unclonable  0.000000000191104 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004153  DNA ligase  54.97 
 
 		 690 aa  537  1e-151  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0490058  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01312  NAD-dependent DNA ligase LigA  55.18 
 
 		 670 aa  536  1e-151  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1575  DNA ligase, NAD-dependent  55.35 
 
 		 697 aa  533  1e-150  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0492  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.88 
 
 		 669 aa  533  1e-150  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000242454  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2364  DNA ligase, NAD-dependent  43.76 
 
 		 685 aa  533  1e-150  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0084265  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2896  DNA ligase, NAD-dependent  44.44 
 
 		 689 aa  530  1e-149  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0987  DNA ligase  49.53 
 
 		 673 aa  531  1e-149  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0624  NAD-dependent DNA ligase  46.43 
 
 		 686 aa  530  1e-149  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.182096  normal  0.661335 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1689  DNA ligase, NAD-dependent  44.72 
 
 		 668 aa  530  1e-149  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000649064  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1776  DNA ligase, NAD-dependent  52.29 
 
 		 677 aa  529  1e-149  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.19429  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2190  DNA ligase, NAD-dependent  47.92 
 
 		 693 aa  530  1e-149  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0728062  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1516  DNA ligase (NAD(+))  53.23 
 
 		 681 aa  530  1e-149  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000678531  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1020  DNA ligase  49.34 
 
 		 673 aa  528  1e-148  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0801  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.53 
 
 		 682 aa  527  1e-148  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3405  DNA ligase, NAD-dependent  43.61 
 
 		 672 aa  528  1e-148  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.558724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4463  DNA ligase, NAD-dependent  44.69 
 
 		 693 aa  525  1e-147  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0518609  normal  0.98115 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2377  DNA ligase, NAD-dependent  44.17 
 
 		 669 aa  525  1e-147  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000760862  unclonable  0.00000201736 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1816  DNA ligase, NAD-dependent  53.36 
 
 		 707 aa  519  1e-146  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.633094  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1239  DNA ligase, NAD-dependent  49.43 
 
 		 672 aa  522  1e-146  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00267622  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  43.15 
 
 		 674 aa  519  1.0000000000000001e-145  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1522  NAD-dependent DNA ligase  51.15 
 
 		 673 aa  513  1e-144  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3499  DNA ligase, NAD-dependent  43.89 
 
 		 700 aa  514  1e-144  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0569727 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1508  DNA ligase, NAD-dependent  52.03 
 
 		 690 aa  513  1e-144  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000647513  hitchhiker  0.000000119836 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0681  DNA ligase, NAD-dependent  53.44 
 
 		 673 aa  513  1e-144  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.295891  normal  0.841285 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0655  DNA ligase, NAD-dependent  51.14 
 
 		 670 aa  515  1e-144  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3466  DNA ligase, NAD-dependent  43.28 
 
 		 689 aa  511  1e-143  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.184307  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1062  NAD-dependent DNA ligase  44.38 
 
 		 716 aa  512  1e-143  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.759691  normal  0.781607 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5183  DNA ligase, NAD-dependent  39.01 
 
 		 814 aa  510  1e-143  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0503  DNA ligase, NAD-dependent  49.26 
 
 		 671 aa  512  1e-143  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.720163  normal  0.76832 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>