More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1594 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  55.54 
 
 
671 aa  684    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  55.54 
 
 
671 aa  684    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2583  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.04 
 
 
821 aa  674    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4274  NAD-dependent DNA ligase LigA  99.36 
 
 
776 aa  1564    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.185778  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  55.54 
 
 
671 aa  684    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1398  putative DNA ligase (polydeoxyribonucleotide synthase [NAD+]) protein  48.35 
 
 
813 aa  666    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1689  DNA ligase, NAD-dependent  54.97 
 
 
668 aa  650    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000649064  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2442  DNA ligase, NAD-dependent  54.83 
 
 
691 aa  652    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.414068  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2047  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.29 
 
 
831 aa  649    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2896  DNA ligase, NAD-dependent  55.29 
 
 
689 aa  635    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3656  DNA ligase, NAD-dependent  79.82 
 
 
787 aa  1275    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2847  DNA ligase, NAD-dependent  53.8 
 
 
670 aa  635    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000873668  hitchhiker  0.000000438605 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3444  NAD-dependent DNA ligase LigA  56.34 
 
 
673 aa  648    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000441921  hitchhiker  0.000209829 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1560  DNA ligase, NAD-dependent  54.83 
 
 
691 aa  650    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.436833  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1819  NAD-dependent DNA ligase LigA  79.67 
 
 
787 aa  1280    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.386277  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2620  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.75 
 
 
671 aa  670    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.936148  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2353  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.77 
 
 
669 aa  645    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  55.38 
 
 
671 aa  681    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  56.36 
 
 
711 aa  665    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2044  DNA ligase, NAD-dependent  53.81 
 
 
691 aa  637    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2588  DNA ligase, NAD-dependent  54.83 
 
 
691 aa  652    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.245296  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1801  NAD-dependent DNA ligase LigA  79.77 
 
 
785 aa  1280    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0162634  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1334  DNA ligase, NAD-dependent  54.83 
 
 
691 aa  650    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.538237  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2662  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.59 
 
 
671 aa  668    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0516763  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5334  DNA ligase (NAD+)  53.97 
 
 
691 aa  642    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373441  normal  0.204139 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  55.64 
 
 
675 aa  689    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30290  NAD-dependent DNA ligase LigA  72.74 
 
 
784 aa  1133    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.301541  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3249  DNA ligase, NAD-dependent  54.83 
 
 
691 aa  650    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3403  NAD-dependent DNA ligase LigA  56.58 
 
 
681 aa  652    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1432  NAD-dependent DNA ligase LigA  56.26 
 
 
670 aa  657    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000269504  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1252  DNA ligase, NAD-dependent  54.13 
 
 
691 aa  636    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0258025  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1321  NAD-dependent DNA ligase LigA  56.26 
 
 
670 aa  657    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000153003  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1336  DNA ligase, NAD-dependent  48.1 
 
 
813 aa  657    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.528438 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2744  NAD-dependent DNA ligase LigA  56.43 
 
 
670 aa  659    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000148607  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2022  DNA ligase, NAD-dependent  54.5 
 
 
691 aa  647    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3600  NAD-dependent DNA ligase LigA  96.26 
 
 
776 aa  1523    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.278075  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2686  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.75 
 
 
671 aa  670    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595672  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2571  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.75 
 
 
671 aa  670    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000161057  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004153  DNA ligase  54.44 
 
 
690 aa  660    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0490058  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3562  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.21 
 
 
681 aa  650    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2514  DNA ligase, NAD-dependent  57.17 
 
 
670 aa  657    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00116351  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01312  NAD-dependent DNA ligase LigA  56.71 
 
 
670 aa  654    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1428  DNA ligase, NAD-dependent  54.44 
 
 
721 aa  643    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00223913 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2792  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.59 
 
 
671 aa  669    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.755122  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  55.54 
 
 
671 aa  684    Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2499  DNA ligase, NAD-dependent  54.83 
 
 
691 aa  652    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  55.54 
 
 
671 aa  684    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6053  DNA ligase, NAD-dependent  53.97 
 
 
746 aa  639    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0492  NAD-dependent DNA ligase LigA  50.58 
 
 
669 aa  640    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000242454  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1776  DNA ligase, NAD-dependent  51.92 
 
 
677 aa  672    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.19429  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1594  NAD-dependent DNA ligase LigA  100 
 
 
776 aa  1573    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0867553 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3838  NAD-dependent DNA ligase LigA  96.91 
 
 
776 aa  1534    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.771384 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1508  DNA ligase, NAD-dependent  56.26 
 
 
690 aa  639    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000647513  hitchhiker  0.000000119836 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  56.26 
 
 
690 aa  639    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2461  DNA ligase, NAD-dependent  53.61 
 
 
670 aa  646    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.360751  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3804  NAD-dependent DNA ligase LigA  72.81 
 
 
794 aa  1170    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  55.54 
 
 
671 aa  684    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44660  NAD-dependent DNA ligase LigA  73.44 
 
 
794 aa  1175    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0139158  normal  0.0637496 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2062  DNA ligase, NAD-dependent  54.83 
 
 
691 aa  650    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.631088  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2461  DNA ligase, NAD-dependent  53.95 
 
 
688 aa  635    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0455112  hitchhiker  0.000280706 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2377  DNA ligase, NAD-dependent  56 
 
 
669 aa  654    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000760862  unclonable  0.00000201736 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2939  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.74 
 
 
671 aa  672    Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000192646  normal  0.0623801 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2024  DNA ligase, NAD-dependent  53.97 
 
 
691 aa  639    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1343  DNA ligase, NAD-dependent  53.87 
 
 
683 aa  637    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584756  normal  0.20338 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1272  DNA ligase, NAD-dependent  47.61 
 
 
817 aa  648    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.229595 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1569  DNA ligase, NAD-dependent  56.43 
 
 
691 aa  639    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515781  unclonable  0.000000000191104 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2128  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.3 
 
 
837 aa  649    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.825717  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2746  NAD-dependent DNA ligase LigA  76.57 
 
 
786 aa  1218    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0339353  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  55.38 
 
 
671 aa  682    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1516  DNA ligase (NAD(+))  55.59 
 
 
681 aa  637    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000678531  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1167  DNA ligase, NAD-dependent  55.72 
 
 
678 aa  662    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.140803  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2758  DNA ligase, NAD-dependent  55.54 
 
 
685 aa  632  1e-180  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00554758  hitchhiker  0.000696981 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1926  DNA ligase, NAD-dependent  53.48 
 
 
691 aa  633  1e-180  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55791  normal  0.279266 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1676  NAD-dependent DNA ligase  54.28 
 
 
688 aa  634  1e-180  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.194979  normal  0.0666248 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2364  DNA ligase, NAD-dependent  55.71 
 
 
685 aa  634  1e-180  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0084265  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  53.13 
 
 
674 aa  631  1e-179  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2679  DNA ligase, NAD-dependent  55.37 
 
 
685 aa  631  1e-179  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000018832  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0835  NAD-dependent DNA ligase LigA  52.36 
 
 
684 aa  630  1e-179  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2057  DNA ligase, NAD-dependent  53.32 
 
 
691 aa  631  1e-179  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.258192  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0801  NAD-dependent DNA ligase LigA  50.78 
 
 
682 aa  628  1e-178  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1239  DNA ligase, NAD-dependent  52.22 
 
 
672 aa  627  1e-178  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00267622  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1575  DNA ligase, NAD-dependent  53.87 
 
 
697 aa  625  1e-178  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1705  DNA ligase, NAD-dependent  55.03 
 
 
685 aa  628  1e-178  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000114947  decreased coverage  0.000000000204337 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1455  DNA ligase, NAD-dependent  53.36 
 
 
671 aa  625  1e-178  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1738  DNA ligase (NAD(+))  53.15 
 
 
670 aa  625  1e-177  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000265236  hitchhiker  0.00000000308694 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0703  DNA ligase, NAD-dependent  54.5 
 
 
691 aa  623  1e-177  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0377  NAD-dependent DNA ligase LigA  52.86 
 
 
673 aa  623  1e-177  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  55.1 
 
 
673 aa  619  1e-176  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1693  DNA ligase (NAD+)  54.12 
 
 
675 aa  620  1e-176  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000392244  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1734  NAD-dependent DNA ligase  53.59 
 
 
683 aa  617  1e-175  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.39998  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0503  DNA ligase, NAD-dependent  53.65 
 
 
671 aa  616  1e-175  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.720163  normal  0.76832 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0655  DNA ligase, NAD-dependent  49.11 
 
 
670 aa  610  1e-173  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1522  NAD-dependent DNA ligase  49.11 
 
 
673 aa  611  1e-173  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1403  DNA ligase, NAD-dependent  50.77 
 
 
693 aa  610  1e-173  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.655941  normal  0.448551 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1816  DNA ligase, NAD-dependent  50.3 
 
 
707 aa  602  1.0000000000000001e-171  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.633094  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0987  DNA ligase  49.11 
 
 
673 aa  604  1.0000000000000001e-171  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3405  DNA ligase, NAD-dependent  50.58 
 
 
672 aa  604  1.0000000000000001e-171  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.558724  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1020  DNA ligase  50.6 
 
 
673 aa  600  1e-170  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3466  DNA ligase, NAD-dependent  53.41 
 
 
689 aa  598  1e-169  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.184307  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0681  DNA ligase, NAD-dependent  49.69 
 
 
673 aa  598  1e-169  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.295891  normal  0.841285 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>