More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_5118 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1398  SARP family transcriptional regulator  68.85 
 
 		 1319 aa  1666    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.229363  decreased coverage  0.000262464 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5118  SARP family transcriptional regulator  100 
 
 		 1346 aa  2634    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0180644  normal  0.388014 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3791  transcriptional regulator, SARP family  35.39 
 
 		 1022 aa  459  1e-127  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.17753  normal  0.608105 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3863  transcriptional regulator, SARP family  32.94 
 
 		 981 aa  374  1e-102  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.291313  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4249  transcriptional regulator, SARP family  31.38 
 
 		 1108 aa  367  1e-100  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.319347 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1461  transcriptional regulator, SARP family  34.79 
 
 		 950 aa  365  4e-99  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.250739  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5783  transcriptional regulator, SARP family  33.83 
 
 		 1021 aa  362  2e-98  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0303431  normal  0.017876 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3752  transcriptional regulator, SARP family  40.82 
 
 		 992 aa  352  2e-95  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5323  transcriptional regulator, SARP family  33.91 
 
 		 1025 aa  345  2.9999999999999997e-93  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7082  transcriptional regulator, SARP family  39.26 
 
 		 990 aa  343  2e-92  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.379783 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0065  transcriptional regulator, SARP family  33.19 
 
 		 934 aa  341  5e-92  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3391  transcriptional regulator, SARP family  33.18 
 
 		 971 aa  335  3e-90  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.436064 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3571  transcriptional regulator, SARP family  38.49 
 
 		 954 aa  318  4e-85  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9294  transcriptional regulator, SARP family  33.49 
 
 		 1003 aa  317  9e-85  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.705577 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4482  transcriptional regulator, SARP family  31.72 
 
 		 941 aa  311  5.9999999999999995e-83  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.434883  normal  0.14218 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0385  transcriptional regulator, SARP family  33.17 
 
 		 940 aa  307  8.000000000000001e-82  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3432  transcriptional regulator, SARP family  38.66 
 
 		 775 aa  304  7.000000000000001e-81  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00818273  normal  0.368034 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3657  transcriptional regulator, SARP family  37.85 
 
 		 1030 aa  303  2e-80  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4174  transcriptional regulator, SARP family  35.75 
 
 		 621 aa  296  2e-78  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3059  transcriptional regulator, SARP family  37.73 
 
 		 1014 aa  293  2e-77  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.163733  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6221  transcriptional regulator, SARP family  31.72 
 
 		 931 aa  292  3e-77  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6283  transcriptional regulator, SARP family  30.6 
 
 		 1022 aa  290  9e-77  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5360  transcriptional regulator, SARP family  30.65 
 
 		 913 aa  289  2.9999999999999996e-76  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.265987 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3384  transcriptional regulator, SARP family  29.81 
 
 		 1020 aa  287  1.0000000000000001e-75  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.799293 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4296  transcriptional regulator, SARP family  29.27 
 
 		 996 aa  286  1.0000000000000001e-75  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.300157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3099  SARP family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 654 aa  284  7.000000000000001e-75  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0399621 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0853  transcriptional regulator, SARP family  36.18 
 
 		 1010 aa  280  1e-73  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3874  transcriptional regulator, SARP family  36.99 
 
 		 935 aa  275  6e-72  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.841165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2958  transcriptional regulator, SARP family  30.96 
 
 		 964 aa  272  2.9999999999999997e-71  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.500488  hitchhiker  0.00113225 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5355  transcriptional regulator, SARP family  38.81 
 
 		 1138 aa  272  4e-71  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.610748 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3332  transcriptional regulator, SARP family  32.33 
 
 		 1025 aa  271  4e-71  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00786892  normal  0.331119 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6410  transcriptional regulator, SARP family  29.73 
 
 		 970 aa  271  7e-71  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.112311 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3099  transcriptional regulator, SARP family  38.28 
 
 		 910 aa  270  1e-70  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0205  transcriptional regulator, SARP family  37.74 
 
 		 1088 aa  270  1e-70  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4139  transcriptional regulator, SARP family  36.25 
 
 		 983 aa  268  5e-70  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.180514 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3989  transcriptional regulator, SARP family  36.14 
 
 		 1003 aa  262  3e-68  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0138619  normal  0.888144 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4244  transcriptional activator domain-containing protein  33.55 
 
 		 992 aa  261  8e-68  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0384973 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0994  transcriptional regulator, SARP family  33.83 
 
 		 995 aa  259  2e-67  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3884  transcriptional regulator, SARP family  35.9 
 
 		 990 aa  259  2e-67  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.039717  normal  0.641225 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0899  transcriptional regulator, SARP family  31.13 
 
 		 919 aa  258  4e-67  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0538686 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2430  transcriptional regulator, SARP family  36.21 
 
 		 612 aa  257  1.0000000000000001e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00930066 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3101  transcriptional regulator, SARP family  38.8 
 
 		 910 aa  252  3e-65  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.423529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2122  SARP family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 1071 aa  249  2e-64  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.510059  normal  0.895505 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3977  transcriptional regulator, SARP family  31.2 
 
 		 962 aa  248  4.9999999999999997e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7741  transcriptional regulator, SARP family  35.29 
 
 		 1013 aa  248  6e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0132103  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6346  transcriptional regulator, SARP family  30.14 
 
 		 1034 aa  248  8e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5531  transcriptional regulator, SARP family  37.42 
 
 		 963 aa  246  3e-63  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.394906 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4465  transcriptional regulator, SARP family  38.64 
 
 		 1024 aa  246  3e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.435845  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3097  transcriptional regulator, SARP family  37.62 
 
 		 915 aa  244  7e-63  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.38302  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5300  transcriptional regulator, SARP family  28.67 
 
 		 1017 aa  242  2.9999999999999997e-62  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.706654  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5051  transcriptional regulator, SARP family  28.9 
 
 		 965 aa  239  3e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00460  DNA-binding transcriptional activator of the SARP family  34.91 
 
 		 921 aa  238  5.0000000000000005e-61  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.622636 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0796  transcriptional regulator, SARP family  35.49 
 
 		 1033 aa  238  8e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.64254  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5275  transcriptional regulator, SARP family  35.62 
 
 		 989 aa  236  2.0000000000000002e-60  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0797  transcriptional regulator, SARP family  35.95 
 
 		 1001 aa  234  9e-60  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1496  transcriptional regulator, SARP family  31.82 
 
 		 1027 aa  233  2e-59  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.905196  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1768  transcriptional regulator, SARP family  27.02 
 
 		 907 aa  233  3e-59  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.523218  normal  0.689906 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0576  transcriptional regulator, SARP family  32.15 
 
 		 946 aa  233  3e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3887  transcriptional regulator, SARP family  34.88 
 
 		 666 aa  231  7e-59  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000943372  normal  0.402378 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5039  transcriptional regulator, SARP family  32.2 
 
 		 993 aa  231  9e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1973  transcriptional regulator, SARP family  30.73 
 
 		 1008 aa  228  4e-58  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.458427  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0687  transcriptional regulator, SARP family  33.61 
 
 		 1003 aa  226  2e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.622837 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0601  transcriptional regulator, SARP family  28.35 
 
 		 928 aa  225  4.9999999999999996e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.752855  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3098  transcriptional regulator, SARP family  35.73 
 
 		 926 aa  224  6e-57  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.312417  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0857  transcriptional regulator, SARP family  36.68 
 
 		 1000 aa  222  5e-56  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.198633  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3484  transcriptional regulator, SARP family  32.37 
 
 		 981 aa  222  5e-56  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2572  transcriptional regulator, SARP family  30.66 
 
 		 1011 aa  222  5e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0900  transcriptional regulator, SARP family  34.33 
 
 		 908 aa  220  1e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.836617  normal  0.151973 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1875  transcriptional regulator, SARP family  28.78 
 
 		 921 aa  220  2e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0222305  decreased coverage  0.00126827 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3684  transcriptional regulator, SARP family  31.86 
 
 		 930 aa  219  2.9999999999999998e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.270983 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6259  NB-ARC domain protein  31.12 
 
 		 790 aa  217  9.999999999999999e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2936  transcriptional regulator, SARP family  34.33 
 
 		 1054 aa  217  9.999999999999999e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.281225  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3671  SARP family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 1048 aa  216  1.9999999999999998e-54  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046189 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4966  transcriptional regulator, SARP family  30.78 
 
 		 1030 aa  216  2.9999999999999995e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.998552 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0669  SARP family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 622 aa  215  3.9999999999999995e-54  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0207  putative transcriptional regulator  38.41 
 
 		 453 aa  213  2e-53  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.957987  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3441  TPR repeat-containing protein  30.27 
 
 		 850 aa  209  2e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5280  transcriptional regulator, SARP family  33.39 
 
 		 632 aa  207  2e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.18548  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3801  transcriptional regulator, SARP family  30.25 
 
 		 993 aa  206  3e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000525265 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0196  transcriptional regulator, SARP family  32.23 
 
 		 967 aa  206  3e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.46607  normal  0.0345978 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5677  transcriptional regulator, SARP family  31.06 
 
 		 965 aa  204  9.999999999999999e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2677  NB-ARC domain protein  41 
 
 		 788 aa  202  5e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0391388 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4191  SARP family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 621 aa  199  4.0000000000000005e-49  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000808201 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1985  NB-ARC domain protein  29.69 
 
 		 797 aa  195  5e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00414294  normal  0.784778 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1556  NB-ARC domain protein  30.69 
 
 		 792 aa  194  8e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.56411  normal  0.0240441 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29840  DNA-binding transcriptional activator of the SARP family  33.06 
 
 		 496 aa  191  7e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3782  transcriptional regulator, SARP family  33.59 
 
 		 982 aa  191  1e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.519842  hitchhiker  0.00738187 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2954  transcriptional regulator, XRE family  32.33 
 
 		 915 aa  190  2e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111801 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33780  DNA-binding transcriptional activator of the SARP family  29.98 
 
 		 631 aa  186  2.0000000000000003e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5476  transcriptional regulator, XRE family  41 
 
 		 761 aa  186  4.0000000000000006e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8120  NB-ARC domain protein  30.9 
 
 		 978 aa  182  2.9999999999999997e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4471  transcriptional regulator, LuxR family  31.61 
 
 		 680 aa  182  4e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.129361 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6871  hypothetical protein  31.36 
 
 		 854 aa  181  1e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.361895  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3942  TPR repeat-containing protein  31.95 
 
 		 755 aa  179  2e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.058875  normal  0.0427407 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3394  transcriptional regulator, SARP family  28.54 
 
 		 978 aa  177  1.9999999999999998e-42  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000625659 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5472  transcriptional regulator, SARP family  33.27 
 
 		 994 aa  174  1e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.959943  normal  0.441932 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2636  transcriptional regulator, SARP family  30.92 
 
 		 928 aa  174  1e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.1023  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0976  transcriptional regulator, XRE family  30.55 
 
 		 775 aa  173  2e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4597  transcriptional regulator, SARP family  32.79 
 
 		 582 aa  171  1e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5833  transcriptional regulator, SARP family  30.33 
 
 		 937 aa  171  1e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>