More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1398 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1398  SARP family transcriptional regulator  100 
 
 		 1319 aa  2602    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.229363  decreased coverage  0.000262464 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5118  SARP family transcriptional regulator  68.85 
 
 		 1346 aa  1667    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0180644  normal  0.388014 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3791  transcriptional regulator, SARP family  41.79 
 
 		 1022 aa  392  1e-107  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.17753  normal  0.608105 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5783  transcriptional regulator, SARP family  32.51 
 
 		 1021 aa  357  8.999999999999999e-97  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0303431  normal  0.017876 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7082  transcriptional regulator, SARP family  39.38 
 
 		 990 aa  354  5e-96  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.379783 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3863  transcriptional regulator, SARP family  38.9 
 
 		 981 aa  344  5.999999999999999e-93  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.291313  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1461  transcriptional regulator, SARP family  40.1 
 
 		 950 aa  341  5.9999999999999996e-92  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.250739  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0065  transcriptional regulator, SARP family  39.34 
 
 		 934 aa  341  7e-92  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3752  transcriptional regulator, SARP family  38.9 
 
 		 992 aa  334  6e-90  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3432  transcriptional regulator, SARP family  38.21 
 
 		 775 aa  317  9.999999999999999e-85  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00818273  normal  0.368034 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4249  transcriptional regulator, SARP family  34.36 
 
 		 1108 aa  316  9.999999999999999e-85  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.319347 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5323  transcriptional regulator, SARP family  37.91 
 
 		 1025 aa  314  5.999999999999999e-84  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3571  transcriptional regulator, SARP family  37.75 
 
 		 954 aa  312  2.9999999999999997e-83  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3657  transcriptional regulator, SARP family  37.27 
 
 		 1030 aa  303  1e-80  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9294  transcriptional regulator, SARP family  37.82 
 
 		 1003 aa  301  7e-80  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.705577 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4296  transcriptional regulator, SARP family  35.92 
 
 		 996 aa  297  8e-79  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.300157  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3059  transcriptional regulator, SARP family  37.07 
 
 		 1014 aa  290  2e-76  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.163733  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4174  transcriptional regulator, SARP family  35.11 
 
 		 621 aa  286  1.0000000000000001e-75  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3391  transcriptional regulator, SARP family  37.54 
 
 		 971 aa  286  2.0000000000000002e-75  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.436064 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6283  transcriptional regulator, SARP family  37.12 
 
 		 1022 aa  285  5.000000000000001e-75  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3099  SARP family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 654 aa  285  5.000000000000001e-75  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0399621 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3874  transcriptional regulator, SARP family  36.33 
 
 		 935 aa  285  6.000000000000001e-75  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.841165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0853  transcriptional regulator, SARP family  35.48 
 
 		 1010 aa  280  2e-73  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0205  transcriptional regulator, SARP family  36.84 
 
 		 1088 aa  280  2e-73  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3884  transcriptional regulator, SARP family  35.71 
 
 		 990 aa  271  7e-71  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.039717  normal  0.641225 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0385  transcriptional regulator, SARP family  36.47 
 
 		 940 aa  270  2e-70  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4244  transcriptional activator domain-containing protein  37.23 
 
 		 992 aa  268  5.999999999999999e-70  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0384973 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3384  transcriptional regulator, SARP family  35.99 
 
 		 1020 aa  267  8e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.799293 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5355  transcriptional regulator, SARP family  36.88 
 
 		 1138 aa  259  3e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.610748 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6221  transcriptional regulator, SARP family  35.31 
 
 		 931 aa  259  3e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2430  transcriptional regulator, SARP family  35.2 
 
 		 612 aa  258  7e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00930066 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2958  transcriptional regulator, SARP family  35.85 
 
 		 964 aa  258  7e-67  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.500488  hitchhiker  0.00113225 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2122  SARP family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 1071 aa  256  3e-66  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.510059  normal  0.895505 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4482  transcriptional regulator, SARP family  36.17 
 
 		 941 aa  256  3e-66  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.434883  normal  0.14218 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3989  transcriptional regulator, SARP family  35.81 
 
 		 1003 aa  255  5.000000000000001e-66  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0138619  normal  0.888144 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5360  transcriptional regulator, SARP family  34.38 
 
 		 913 aa  254  7e-66  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.265987 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3332  transcriptional regulator, SARP family  36.38 
 
 		 1025 aa  253  2e-65  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00786892  normal  0.331119 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4139  transcriptional regulator, SARP family  33.96 
 
 		 983 aa  245  3.9999999999999997e-63  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.180514 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0994  transcriptional regulator, SARP family  31.03 
 
 		 995 aa  243  2.9999999999999997e-62  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5531  transcriptional regulator, SARP family  36.18 
 
 		 963 aa  242  2.9999999999999997e-62  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.394906 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4465  transcriptional regulator, SARP family  37.06 
 
 		 1024 aa  241  6.999999999999999e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.435845  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7741  transcriptional regulator, SARP family  34.99 
 
 		 1013 aa  241  8e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0132103  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5691  transcriptional regulator, SARP family  34.88 
 
 		 956 aa  240  1e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5275  transcriptional regulator, SARP family  34.73 
 
 		 989 aa  239  3e-61  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3099  transcriptional regulator, SARP family  35.16 
 
 		 910 aa  237  1.0000000000000001e-60  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3887  transcriptional regulator, SARP family  33.33 
 
 		 666 aa  234  6e-60  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000943372  normal  0.402378 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0687  transcriptional regulator, SARP family  33.44 
 
 		 1003 aa  234  7.000000000000001e-60  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.622837 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00460  DNA-binding transcriptional activator of the SARP family  34.73 
 
 		 921 aa  234  1e-59  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.622636 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2936  transcriptional regulator, SARP family  34.75 
 
 		 1054 aa  233  2e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.281225  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0900  transcriptional regulator, SARP family  33.99 
 
 		 908 aa  232  3e-59  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.836617  normal  0.151973 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6410  transcriptional regulator, SARP family  33.96 
 
 		 970 aa  232  4e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.112311 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1496  transcriptional regulator, SARP family  31.12 
 
 		 1027 aa  231  7e-59  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.905196  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3101  transcriptional regulator, SARP family  36.81 
 
 		 910 aa  229  2e-58  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.423529  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0576  transcriptional regulator, SARP family  32.11 
 
 		 946 aa  229  2e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1768  transcriptional regulator, SARP family  31.91 
 
 		 907 aa  228  4e-58  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.523218  normal  0.689906 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0899  transcriptional regulator, SARP family  34.66 
 
 		 919 aa  228  7e-58  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0538686 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0797  transcriptional regulator, SARP family  35.24 
 
 		 1001 aa  226  2e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3097  transcriptional regulator, SARP family  36.44 
 
 		 915 aa  226  2e-57  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.38302  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0796  transcriptional regulator, SARP family  32.33 
 
 		 1033 aa  221  5e-56  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.64254  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5300  transcriptional regulator, SARP family  30.91 
 
 		 1017 aa  221  1e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.706654  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0207  putative transcriptional regulator  37.41 
 
 		 453 aa  219  2e-55  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.957987  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5039  transcriptional regulator, SARP family  32.03 
 
 		 993 aa  220  2e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0601  transcriptional regulator, SARP family  32.67 
 
 		 928 aa  219  2.9999999999999998e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.752855  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0857  transcriptional regulator, SARP family  34.78 
 
 		 1000 aa  218  4e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.198633  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4966  transcriptional regulator, SARP family  34.75 
 
 		 1030 aa  218  9e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.998552 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3484  transcriptional regulator, SARP family  31.64 
 
 		 981 aa  216  2.9999999999999995e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6346  transcriptional regulator, SARP family  33.02 
 
 		 1034 aa  215  4.9999999999999996e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1973  transcriptional regulator, SARP family  32.95 
 
 		 1008 aa  215  5.999999999999999e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.458427  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2677  NB-ARC domain protein  41.25 
 
 		 788 aa  211  1e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0391388 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1875  transcriptional regulator, SARP family  32.34 
 
 		 921 aa  209  3e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0222305  decreased coverage  0.00126827 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0196  transcriptional regulator, SARP family  32.62 
 
 		 967 aa  208  5e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.46607  normal  0.0345978 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3684  transcriptional regulator, SARP family  31.3 
 
 		 930 aa  207  9e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.270983 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3098  transcriptional regulator, SARP family  35.52 
 
 		 926 aa  207  1e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.312417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0669  SARP family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 622 aa  205  6e-51  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33780  DNA-binding transcriptional activator of the SARP family  31.6 
 
 		 631 aa  204  9.999999999999999e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5280  transcriptional regulator, SARP family  32.18 
 
 		 632 aa  201  1.0000000000000001e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.18548  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6259  NB-ARC domain protein  38.46 
 
 		 790 aa  199  2.0000000000000003e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3801  transcriptional regulator, SARP family  32.78 
 
 		 993 aa  199  4.0000000000000005e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000525265 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5051  transcriptional regulator, SARP family  32.78 
 
 		 965 aa  197  1e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3671  SARP family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 1048 aa  194  9e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046189 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3782  transcriptional regulator, SARP family  31.82 
 
 		 982 aa  192  4e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.519842  hitchhiker  0.00738187 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5472  transcriptional regulator, SARP family  31.2 
 
 		 994 aa  191  5.999999999999999e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.959943  normal  0.441932 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1985  NB-ARC domain protein  38.05 
 
 		 797 aa  191  9e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00414294  normal  0.784778 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5476  transcriptional regulator, XRE family  41.71 
 
 		 761 aa  190  2e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5677  transcriptional regulator, SARP family  33.77 
 
 		 965 aa  190  2e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29840  DNA-binding transcriptional activator of the SARP family  32.44 
 
 		 496 aa  184  8.000000000000001e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2636  transcriptional regulator, SARP family  32.23 
 
 		 928 aa  184  1e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.1023  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8120  NB-ARC domain protein  37.57 
 
 		 978 aa  182  4e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1556  NB-ARC domain protein  40 
 
 		 792 aa  181  1e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.56411  normal  0.0240441 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5833  transcriptional regulator, SARP family  32.17 
 
 		 937 aa  178  5e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4597  transcriptional regulator, SARP family  31.6 
 
 		 582 aa  176  1.9999999999999998e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3977  transcriptional regulator, SARP family  31.14 
 
 		 962 aa  175  3.9999999999999995e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4191  SARP family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 621 aa  174  1e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000808201 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6437  NB-ARC domain protein  36.55 
 
 		 715 aa  171  1e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3441  TPR repeat-containing protein  38.69 
 
 		 850 aa  168  6.9999999999999995e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34600  putative transcriptional regulator  34.07 
 
 		 896 aa  167  2.0000000000000002e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.240739  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0641  transcriptional regulator, XRE family  35.42 
 
 		 806 aa  165  5.0000000000000005e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7258  protein kinase  32.44 
 
 		 1056 aa  163  3e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.235738  normal  0.516211 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6871  hypothetical protein  37.91 
 
 		 854 aa  162  3e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.361895  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6658  NB-ARC domain protein  34.35 
 
 		 783 aa  163  3e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.699604  normal  0.571169 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>