72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_2638 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_2638  hypothetical protein  100 
 
 
526 aa  1057    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316802  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2626  hypothetical protein  41.52 
 
 
519 aa  271  2.9999999999999997e-71  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1827  hypothetical protein  35.03 
 
 
484 aa  244  3e-63  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1829  hypothetical protein  37.55 
 
 
519 aa  244  3.9999999999999997e-63  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.790785  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3993  hypothetical protein  46.81 
 
 
346 aa  243  6e-63  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.522345  normal  0.971406 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2840  hypothetical protein  37.74 
 
 
503 aa  237  3e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.43612  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3995  hypothetical protein  66.49 
 
 
535 aa  237  5.0000000000000005e-61  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1653  XRE family transcriptional regulator  45.62 
 
 
397 aa  235  2.0000000000000002e-60  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0453749  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1817  hypothetical protein  77.86 
 
 
527 aa  219  7e-56  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1710  transcriptional regulator, XRE family  37.61 
 
 
420 aa  196  1e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.371639  normal  0.199479 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2802  hypothetical protein  32.47 
 
 
537 aa  190  5e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6440  hypothetical protein  43.07 
 
 
311 aa  174  3.9999999999999995e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.401535 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2698  hypothetical protein  37.01 
 
 
514 aa  171  3e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.570232 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0125  XRE family transcriptional regulator  35.86 
 
 
412 aa  169  8e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.49068  normal  0.97143 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0512  transcriptional regulator, XRE family  36.79 
 
 
401 aa  161  3e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2378  hypothetical protein  60 
 
 
255 aa  148  2.0000000000000003e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0868161 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0466  tetratricopeptide TPR_2  32.69 
 
 
449 aa  146  9e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.924549  normal  0.198291 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2699  hypothetical protein  49.09 
 
 
175 aa  142  9.999999999999999e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.979675  normal  0.518352 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1195  putative transcriptional regulator  28.45 
 
 
441 aa  139  1e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0401  hypothetical protein  54.96 
 
 
181 aa  135  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6151  putative transcriptional regulator  32.58 
 
 
449 aa  135  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0764047  normal  0.610732 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1837  hypothetical protein  60.77 
 
 
509 aa  133  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7319  putative DNA-binding protein  32.37 
 
 
432 aa  126  1e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000491826  decreased coverage  0.00000000376274 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2889  putative DNA-binding protein  30.25 
 
 
477 aa  122  9.999999999999999e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0241549  normal  0.497135 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0051  hypothetical protein  63.93 
 
 
565 aa  118  3e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6883  putative transcriptional regulator  32.28 
 
 
429 aa  115  2.0000000000000002e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0592787  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4805  hypothetical protein  30.52 
 
 
478 aa  110  7.000000000000001e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0850035  normal  0.646806 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2029  hypothetical protein  79.27 
 
 
148 aa  109  9.000000000000001e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.775035  normal  0.520928 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1224  regulator  28.53 
 
 
453 aa  104  3e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.483288  normal  0.967223 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1107  hypothetical protein  32.17 
 
 
468 aa  101  3e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.551011  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8777  transcriptional regulator  29.55 
 
 
469 aa  100  6e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.756748 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8297  hypothetical protein  29.97 
 
 
452 aa  99.8  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.512635  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3968  hypothetical protein  28.17 
 
 
457 aa  97.8  4e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0256959  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2899  hypothetical protein  31.84 
 
 
467 aa  95.5  2e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.285709  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1073  hypothetical protein  29.87 
 
 
579 aa  93.6  7e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.542041  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0564  hypothetical protein  26.1 
 
 
554 aa  93.6  8e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.19709 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1959  XRE family transcriptional regulator  27.3 
 
 
461 aa  88.2  3e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.24175 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3080  hypothetical protein  29.64 
 
 
398 aa  86.7  9e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000201414 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0037  transcriptional regulator, XRE family  25.71 
 
 
460 aa  86.7  9e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4484  hypothetical protein  28.51 
 
 
447 aa  86.7  9e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00560  Helix-turn-helix protein  25.98 
 
 
456 aa  86.3  0.000000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.95745 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3660  putative transcriptional regulator  30.04 
 
 
463 aa  84.3  0.000000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3448  hypothetical protein  27.21 
 
 
413 aa  83.2  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8001  hypothetical protein  24.11 
 
 
487 aa  81.6  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3334  hypothetical protein  27.27 
 
 
524 aa  80.1  0.00000000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.176126  hitchhiker  0.000765121 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1244  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  30.2 
 
 
515 aa  75.5  0.000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5210  transcriptional regulator, XRE family  32.35 
 
 
530 aa  73.2  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.035838  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07960  Helix-turn-helix protein  27.08 
 
 
444 aa  70.1  0.0000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1270  hypothetical protein  27.27 
 
 
497 aa  66.2  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.404033  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0013  hypothetical protein  25.44 
 
 
418 aa  63.9  0.000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1813  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  27.45 
 
 
444 aa  62.8  0.00000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0655  hypothetical protein  34.15 
 
 
181 aa  62  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.143096 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2005  transcriptional regulator, XRE family  35.97 
 
 
388 aa  61.2  0.00000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.445906  normal  0.114252 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9064  hypothetical protein  26.98 
 
 
431 aa  59.7  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5975  hypothetical protein  34.26 
 
 
228 aa  58.2  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.718615  normal  0.151599 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14230  hypothetical protein  25.42 
 
 
433 aa  57.4  0.0000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.413871  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0751  helix-turn-helix domain protein  27.05 
 
 
414 aa  57  0.0000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3992  putative regulatory protein  29.51 
 
 
249 aa  55.5  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4641  helix-turn-helix protein  32.09 
 
 
331 aa  55.5  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.640764 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0334  hypothetical protein  26.64 
 
 
475 aa  55.5  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.663709  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2498  XRE family transcriptional regulator  32.91 
 
 
474 aa  55.5  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.153795 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2538  putative DNA-binding protein  25.5 
 
 
434 aa  53.1  0.00001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1019  hypothetical protein  27.1 
 
 
288 aa  53.1  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0731  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  25.99 
 
 
418 aa  52.8  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00340964  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2377  hypothetical protein  26.19 
 
 
437 aa  51.2  0.00004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.169867 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1998  hypothetical protein  28.19 
 
 
460 aa  50.4  0.00007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.101502  normal  0.104668 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5136  XRE family transcriptional regulator  26.24 
 
 
488 aa  50.8  0.00007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.033803 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1379  XRE family transcriptional regulator  25.78 
 
 
507 aa  50.4  0.00009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.464445  normal  0.0167147 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1067  hypothetical protein  28.94 
 
 
473 aa  49.3  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.119168  hitchhiker  0.00309173 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2422  hypothetical protein  27.34 
 
 
510 aa  48.5  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0414042  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4090  twin-arginine translocation pathway signal  24.77 
 
 
503 aa  46.2  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6698  transcriptional regulator, XRE family  28.11 
 
 
412 aa  43.9  0.007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.142695 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>