55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_1813 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007333  Tfu_1813  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  100 
 
 
444 aa  889    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1481  transcriptional regulator, XRE family  54.32 
 
 
427 aa  397  1e-109  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.438769  normal  0.39369 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4907  transcriptional regulator, XRE family  49.77 
 
 
433 aa  306  5.0000000000000004e-82  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5136  XRE family transcriptional regulator  27.23 
 
 
488 aa  86.7  8e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.033803 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1379  XRE family transcriptional regulator  28.53 
 
 
507 aa  77.4  0.0000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.464445  normal  0.0167147 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5545  XRE family transcriptional regulator  27.17 
 
 
443 aa  75.9  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4805  hypothetical protein  23.67 
 
 
478 aa  75.5  0.000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0850035  normal  0.646806 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6314  helix-turn-helix domain-containing protein  26.64 
 
 
443 aa  73.9  0.000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1022  XRE family transcriptional regulator  26.21 
 
 
441 aa  72.8  0.00000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.842716  normal  0.936661 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1942  hypothetical protein  27.46 
 
 
449 aa  72.4  0.00000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.251834  normal  0.229464 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5210  transcriptional regulator, XRE family  25.33 
 
 
530 aa  70.5  0.00000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.035838  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2638  hypothetical protein  26.59 
 
 
526 aa  70.1  0.00000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316802  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4489  hypothetical protein  28.62 
 
 
440 aa  65.9  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.718463  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0895  putative DNA-binding protein  27.55 
 
 
503 aa  65.9  0.000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4090  twin-arginine translocation pathway signal  26.09 
 
 
503 aa  62  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3650  hypothetical protein  28.57 
 
 
461 aa  60.8  0.00000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0942983  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1662  hypothetical protein  27.35 
 
 
403 aa  60.5  0.00000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.387756  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7319  putative DNA-binding protein  28.24 
 
 
432 aa  59.7  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000491826  decreased coverage  0.00000000376274 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0340  tetratricopeptide domain-containing protein  25.07 
 
 
418 aa  58.5  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.469664  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2327  hypothetical protein  25.52 
 
 
502 aa  57.8  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.576382  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6883  putative transcriptional regulator  25.93 
 
 
429 aa  57.8  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0592787  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0125  XRE family transcriptional regulator  29.02 
 
 
412 aa  56.6  0.0000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.49068  normal  0.97143 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2889  putative DNA-binding protein  26.03 
 
 
477 aa  55.1  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0241549  normal  0.497135 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1195  putative transcriptional regulator  24.41 
 
 
441 aa  55.5  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14230  hypothetical protein  24.52 
 
 
433 aa  54.3  0.000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.413871  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1987  helix-turn-helix domain-containing protein  39.19 
 
 
415 aa  52  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.00401079  normal  0.325189 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1136  XRE family transcriptional regulator  32.73 
 
 
282 aa  50.1  0.00008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.113401  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0466  tetratricopeptide TPR_2  27.8 
 
 
449 aa  50.1  0.00008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.924549  normal  0.198291 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1107  hypothetical protein  25.54 
 
 
468 aa  50.1  0.00009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.551011  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00560  Helix-turn-helix protein  21.64 
 
 
456 aa  49.3  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.95745 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8777  transcriptional regulator  24.88 
 
 
469 aa  49.7  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.756748 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0512  transcriptional regulator, XRE family  25.78 
 
 
401 aa  49.7  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1224  regulator  26.72 
 
 
453 aa  49.3  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.483288  normal  0.967223 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2718  hypothetical protein  29.55 
 
 
452 aa  47.8  0.0004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.94605  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5500  helix-turn-helix domain protein  37.76 
 
 
400 aa  47.8  0.0004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  unclonable  0.0000000165306  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4484  hypothetical protein  25.28 
 
 
447 aa  47.4  0.0005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1430  XRE family transcriptional regulator  32.91 
 
 
259 aa  47  0.0008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00776927 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13300  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  43.33 
 
 
509 aa  46.6  0.0008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.801467  normal  0.209244 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6151  putative transcriptional regulator  29.24 
 
 
449 aa  46.6  0.0008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0764047  normal  0.610732 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1281  transcriptional regulator, XRE family  30.67 
 
 
419 aa  45.8  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.525264  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1397  hypothetical protein  34.21 
 
 
443 aa  45.4  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9064  hypothetical protein  24.91 
 
 
431 aa  45.4  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7489  hypothetical protein  28.14 
 
 
400 aa  45.1  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0882714  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1244  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  26.89 
 
 
515 aa  44.7  0.004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5529  XRE family transcriptional regulator  33.63 
 
 
327 aa  44.3  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0751  helix-turn-helix domain protein  29.49 
 
 
414 aa  44.3  0.004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1959  XRE family transcriptional regulator  26.95 
 
 
461 aa  44.3  0.004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.24175 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2338  helix-turn-helix domain protein  32.31 
 
 
82 aa  44.3  0.004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0013  hypothetical protein  26.09 
 
 
418 aa  43.9  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3308  XRE family transcriptional regulator  25.37 
 
 
500 aa  43.9  0.005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.032044  normal  0.303399 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5332  XRE family transcriptional regulator  28.46 
 
 
392 aa  43.9  0.006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0406632 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2802  hypothetical protein  25.78 
 
 
537 aa  43.9  0.007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4862  helix-turn-helix domain-containing protein  43.1 
 
 
124 aa  43.1  0.01  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2992  transcriptional regulator, XRE family  53.66 
 
 
188 aa  43.1  0.01  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.537679  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3968  hypothetical protein  24.07 
 
 
457 aa  43.1  0.01  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0256959  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>