48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_5332 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_5332  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
392 aa  788    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0406632 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1136  XRE family transcriptional regulator  91.84 
 
 
282 aa  525  1e-148  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.113401  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8966  hypothetical protein  38.66 
 
 
256 aa  160  4e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0337189  normal  0.659261 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4856  transcriptional regulator, XRE family  49.7 
 
 
247 aa  160  5e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0132  hypothetical protein  46.11 
 
 
180 aa  159  6e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4862  hypothetical protein  44.91 
 
 
243 aa  154  2e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3120  hypothetical protein  41.92 
 
 
249 aa  150  4e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.521151 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8697  hypothetical protein  47.31 
 
 
246 aa  150  4e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8671  hypothetical protein  47.31 
 
 
246 aa  150  4e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8677  hypothetical protein  47.06 
 
 
244 aa  144  3e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1522  hypothetical protein  47.31 
 
 
193 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3032  helix-turn-helix domain-containing protein  42.14 
 
 
272 aa  130  3e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3181  helix-turn-helix domain-containing protein  40.25 
 
 
266 aa  125  1e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3169  hypothetical protein  40.25 
 
 
266 aa  125  1e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5545  XRE family transcriptional regulator  57.69 
 
 
443 aa  125  1e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3231  helix-turn-helix domain-containing protein  40.25 
 
 
266 aa  125  1e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.346295  normal  0.68449 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1022  XRE family transcriptional regulator  64.77 
 
 
441 aa  124  4e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.842716  normal  0.936661 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5995  XRE family transcriptional regulator  40.25 
 
 
182 aa  123  5e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000113764 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5594  XRE family transcriptional regulator  40.25 
 
 
182 aa  123  5e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6314  helix-turn-helix domain-containing protein  54.81 
 
 
443 aa  118  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7030  hypothetical protein  35.15 
 
 
260 aa  116  6e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.292023 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7026  hypothetical protein  33.94 
 
 
201 aa  110  3e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.295989 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2079  hypothetical protein  58.67 
 
 
161 aa  90.1  5e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0491227  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1662  hypothetical protein  49.5 
 
 
403 aa  88.6  2e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.387756  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0037  transcriptional regulator, XRE family  51.25 
 
 
460 aa  81.6  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0334  hypothetical protein  34.8 
 
 
475 aa  80.5  0.00000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.663709  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1397  hypothetical protein  44.09 
 
 
443 aa  79.3  0.0000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2821  helix-turn-helix domain protein  29.31 
 
 
290 aa  79  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.803112  hitchhiker  0.00185272 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3226  hypothetical protein  43.01 
 
 
443 aa  79  0.0000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.407522 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5282  hypothetical protein  46.07 
 
 
470 aa  77.8  0.0000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4805  hypothetical protein  38.64 
 
 
478 aa  75.9  0.000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0850035  normal  0.646806 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0702  hypothetical protein  43.01 
 
 
405 aa  76.3  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.554394 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00560  Helix-turn-helix protein  50 
 
 
456 aa  73.9  0.000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.95745 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0340  tetratricopeptide domain-containing protein  40.66 
 
 
418 aa  69.7  0.00000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.469664  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1270  hypothetical protein  42.68 
 
 
497 aa  67  0.0000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.404033  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1749  hypothetical protein  36.9 
 
 
107 aa  63.5  0.000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.558396  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4244  formylmethionine deformylase  39.29 
 
 
549 aa  63.9  0.000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.928565  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5529  XRE family transcriptional regulator  35.92 
 
 
327 aa  59.7  0.00000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1281  transcriptional regulator, XRE family  27.57 
 
 
419 aa  58.9  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.525264  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5660  XRE family transcriptional regulator  36.78 
 
 
490 aa  56.2  0.0000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.176576  normal  0.652733 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1987  helix-turn-helix domain-containing protein  37.97 
 
 
415 aa  56.2  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.00401079  normal  0.325189 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5210  transcriptional regulator, XRE family  27.72 
 
 
530 aa  52  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.035838  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0858  XRE family transcriptional regulator  34.67 
 
 
497 aa  50.1  0.00007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.359757  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4907  transcriptional regulator, XRE family  33.68 
 
 
433 aa  45.4  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17690  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  38.81 
 
 
517 aa  44.3  0.004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.356525  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1813  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  28.46 
 
 
444 aa  43.9  0.005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0885  XRE family transcriptional regulator  26.53 
 
 
218 aa  43.1  0.008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1040  transcriptional regulator, XRE family  34.85 
 
 
137 aa  42.7  0.01  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.119087 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>