54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_1270 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_1270  hypothetical protein  100 
 
 
497 aa  987    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.404033  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1244  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  61.99 
 
 
515 aa  440  9.999999999999999e-123  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3334  hypothetical protein  34.08 
 
 
524 aa  219  7.999999999999999e-56  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.176126  hitchhiker  0.000765121 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5210  transcriptional regulator, XRE family  34.23 
 
 
530 aa  204  3e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.035838  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8001  hypothetical protein  34.1 
 
 
487 aa  167  5e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3968  hypothetical protein  37.54 
 
 
457 aa  159  1e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0256959  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4805  hypothetical protein  32.59 
 
 
478 aa  155  1e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0850035  normal  0.646806 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0037  transcriptional regulator, XRE family  27.98 
 
 
460 aa  132  2.0000000000000002e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3992  putative regulatory protein  37.44 
 
 
249 aa  114  4.0000000000000004e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00560  Helix-turn-helix protein  26.18 
 
 
456 aa  111  3e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.95745 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2498  XRE family transcriptional regulator  31.89 
 
 
474 aa  111  3e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.153795 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0466  tetratricopeptide TPR_2  28.03 
 
 
449 aa  91.3  4e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.924549  normal  0.198291 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6151  putative transcriptional regulator  31.72 
 
 
449 aa  87.8  4e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0764047  normal  0.610732 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3080  hypothetical protein  28.02 
 
 
398 aa  87.4  5e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000201414 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4484  hypothetical protein  28.68 
 
 
447 aa  85.9  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1195  putative transcriptional regulator  29.59 
 
 
441 aa  82.8  0.00000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6883  putative transcriptional regulator  27.45 
 
 
429 aa  80.9  0.00000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0592787  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3993  hypothetical protein  37.09 
 
 
346 aa  80.9  0.00000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.522345  normal  0.971406 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2377  hypothetical protein  26.67 
 
 
437 aa  75.9  0.000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.169867 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1107  hypothetical protein  27.43 
 
 
468 aa  75.1  0.000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.551011  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8297  hypothetical protein  29.02 
 
 
452 aa  74.3  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.512635  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1653  XRE family transcriptional regulator  30.18 
 
 
397 aa  73.6  0.000000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0453749  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1397  hypothetical protein  44.05 
 
 
443 aa  73.6  0.000000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2821  helix-turn-helix domain protein  42.86 
 
 
290 aa  72.8  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.803112  hitchhiker  0.00185272 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3226  hypothetical protein  41.05 
 
 
443 aa  71.6  0.00000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.407522 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1662  hypothetical protein  49.4 
 
 
403 aa  71.2  0.00000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.387756  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0334  hypothetical protein  50.67 
 
 
475 aa  71.2  0.00000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.663709  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8777  transcriptional regulator  32.2 
 
 
469 aa  70.5  0.00000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.756748 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1224  regulator  28.06 
 
 
453 aa  69.7  0.0000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.483288  normal  0.967223 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2638  hypothetical protein  27.03 
 
 
526 aa  69.7  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316802  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1136  XRE family transcriptional regulator  42.22 
 
 
282 aa  69.7  0.0000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.113401  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5282  hypothetical protein  43.75 
 
 
470 aa  68.2  0.0000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2079  hypothetical protein  48.81 
 
 
161 aa  67.8  0.0000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0491227  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5332  XRE family transcriptional regulator  42.68 
 
 
392 aa  67  0.0000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0406632 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3448  hypothetical protein  32.79 
 
 
413 aa  67  0.0000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7319  putative DNA-binding protein  27.9 
 
 
432 aa  64.7  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000491826  decreased coverage  0.00000000376274 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0125  XRE family transcriptional regulator  27.39 
 
 
412 aa  62.8  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.49068  normal  0.97143 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0340  tetratricopeptide domain-containing protein  41.98 
 
 
418 aa  62.8  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.469664  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0702  hypothetical protein  37.76 
 
 
405 aa  62.4  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.554394 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5545  XRE family transcriptional regulator  38.27 
 
 
443 aa  61.2  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2889  putative DNA-binding protein  26.41 
 
 
477 aa  60.1  0.00000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0241549  normal  0.497135 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1022  XRE family transcriptional regulator  22.65 
 
 
441 aa  58.9  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.842716  normal  0.936661 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6314  helix-turn-helix domain-containing protein  24.1 
 
 
443 aa  58.5  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0512  transcriptional regulator, XRE family  24.63 
 
 
401 aa  50.4  0.00008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14230  hypothetical protein  26.83 
 
 
433 aa  48.9  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.413871  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1073  hypothetical protein  25 
 
 
579 aa  49.3  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.542041  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1959  XRE family transcriptional regulator  24.68 
 
 
461 aa  48.1  0.0004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.24175 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2899  hypothetical protein  26.32 
 
 
467 aa  47.8  0.0005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.285709  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1281  transcriptional regulator, XRE family  26.07 
 
 
419 aa  47.4  0.0006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.525264  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0751  helix-turn-helix domain protein  26.97 
 
 
414 aa  47  0.0008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1710  transcriptional regulator, XRE family  25.17 
 
 
420 aa  46.2  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.371639  normal  0.199479 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5529  XRE family transcriptional regulator  34.52 
 
 
327 aa  46.2  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07960  Helix-turn-helix protein  29.86 
 
 
444 aa  45.8  0.002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2422  hypothetical protein  27.21 
 
 
510 aa  43.5  0.008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0414042  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>