42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3992 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_3992  putative regulatory protein  100 
 
 
249 aa  498  1e-140  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3334  hypothetical protein  56.14 
 
 
524 aa  242  3e-63  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.176126  hitchhiker  0.000765121 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5210  transcriptional regulator, XRE family  43.54 
 
 
530 aa  151  1e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.035838  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1244  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  38.43 
 
 
515 aa  122  7e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1270  hypothetical protein  37.44 
 
 
497 aa  107  1e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.404033  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3968  hypothetical protein  37.37 
 
 
457 aa  104  1e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0256959  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3080  hypothetical protein  33.5 
 
 
398 aa  103  2e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000201414 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8001  hypothetical protein  32.62 
 
 
487 aa  100  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3448  hypothetical protein  35.12 
 
 
413 aa  93.2  3e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4805  hypothetical protein  34.87 
 
 
478 aa  82.8  0.000000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0850035  normal  0.646806 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2377  hypothetical protein  33.64 
 
 
437 aa  81.3  0.00000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.169867 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1107  hypothetical protein  31.71 
 
 
468 aa  80.5  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.551011  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4484  hypothetical protein  33.16 
 
 
447 aa  78.2  0.0000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00560  Helix-turn-helix protein  27.07 
 
 
456 aa  76.6  0.0000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.95745 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0037  transcriptional regulator, XRE family  25.54 
 
 
460 aa  75.5  0.0000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1224  regulator  34.88 
 
 
453 aa  71.2  0.00000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.483288  normal  0.967223 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1073  hypothetical protein  30.43 
 
 
579 aa  71.6  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.542041  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2889  putative DNA-binding protein  30.24 
 
 
477 aa  69.3  0.00000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0241549  normal  0.497135 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8777  transcriptional regulator  32.52 
 
 
469 aa  69.3  0.00000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.756748 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0466  tetratricopeptide TPR_2  31.41 
 
 
449 aa  68.2  0.0000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.924549  normal  0.198291 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8297  hypothetical protein  37.61 
 
 
452 aa  64.7  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.512635  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6151  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 
449 aa  63.5  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0764047  normal  0.610732 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14230  hypothetical protein  30.29 
 
 
433 aa  62.8  0.000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.413871  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6883  putative transcriptional regulator  32.35 
 
 
429 aa  62.8  0.000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0592787  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3660  putative transcriptional regulator  30.22 
 
 
463 aa  62.8  0.000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1653  XRE family transcriptional regulator  28.9 
 
 
397 aa  62  0.000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0453749  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2498  XRE family transcriptional regulator  32.07 
 
 
474 aa  62  0.000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.153795 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0125  XRE family transcriptional regulator  35.04 
 
 
412 aa  61.2  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.49068  normal  0.97143 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2899  hypothetical protein  37.4 
 
 
467 aa  61.6  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.285709  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1195  putative transcriptional regulator  29.67 
 
 
441 aa  58.9  0.00000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7319  putative DNA-binding protein  29.27 
 
 
432 aa  55.8  0.0000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000491826  decreased coverage  0.00000000376274 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2638  hypothetical protein  29.51 
 
 
526 aa  55.5  0.0000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316802  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2327  hypothetical protein  31.62 
 
 
502 aa  50.4  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.576382  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0512  transcriptional regulator, XRE family  33.04 
 
 
401 aa  50.1  0.00004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2422  hypothetical protein  28.71 
 
 
510 aa  47.8  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0414042  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07960  Helix-turn-helix protein  31.15 
 
 
444 aa  44.7  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1710  transcriptional regulator, XRE family  32.24 
 
 
420 aa  44.3  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.371639  normal  0.199479 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1959  XRE family transcriptional regulator  30.5 
 
 
461 aa  44.3  0.002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.24175 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5136  XRE family transcriptional regulator  32.14 
 
 
488 aa  43.1  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.033803 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3650  hypothetical protein  28.93 
 
 
461 aa  43.1  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0942983  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1998  hypothetical protein  28.5 
 
 
460 aa  42.7  0.005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.101502  normal  0.104668 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6440  hypothetical protein  31.15 
 
 
311 aa  42  0.008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.401535 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>