58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_00560 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_00560  Helix-turn-helix protein  100 
 
 		 456 aa  941    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.95745 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0037  transcriptional regulator, XRE family  70.98 
 
 		 460 aa  654    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3968  hypothetical protein  34.11 
 
 		 457 aa  137  3.0000000000000003e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0256959  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3334  hypothetical protein  25.21 
 
 		 524 aa  134  3e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.176126  hitchhiker  0.000765121 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4805  hypothetical protein  28.21 
 
 		 478 aa  133  5e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0850035  normal  0.646806 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8001  hypothetical protein  27.25 
 
 		 487 aa  117  3.9999999999999997e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5210  transcriptional regulator, XRE family  25.71 
 
 		 530 aa  110  6e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.035838  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8297  hypothetical protein  28.94 
 
 		 452 aa  107  4e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.512635  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1270  hypothetical protein  26.18 
 
 		 497 aa  105  1e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.404033  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4484  hypothetical protein  29.73 
 
 		 447 aa  105  2e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2377  hypothetical protein  29.29 
 
 		 437 aa  102  2e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.169867 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2899  hypothetical protein  28.53 
 
 		 467 aa  100  7e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.285709  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8777  transcriptional regulator  28.47 
 
 		 469 aa  95.1  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.756748 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14230  hypothetical protein  24.33 
 
 		 433 aa  90.5  6e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.413871  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1244  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  27.06 
 
 		 515 aa  88.6  2e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3080  hypothetical protein  26.17 
 
 		 398 aa  87.8  4e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201414 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2638  hypothetical protein  25.98 
 
 		 526 aa  86.3  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0466  tetratricopeptide TPR_2  26.98 
 
 		 449 aa  85.5  0.000000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.924549  normal  0.198291 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0702  hypothetical protein  29.41 
 
 		 405 aa  84.7  0.000000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.554394 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7319  putative DNA-binding protein  24.56 
 
 		 432 aa  84.7  0.000000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000491826  decreased coverage  0.00000000376274 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6151  putative transcriptional regulator  26.1 
 
 		 449 aa  80.9  0.00000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0764047  normal  0.610732 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1224  regulator  27.56 
 
 		 453 aa  79.7  0.0000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.483288  normal  0.967223 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0334  hypothetical protein  24.1 
 
 		 475 aa  79.7  0.0000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.663709  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2889  putative DNA-binding protein  24.89 
 
 		 477 aa  77  0.0000000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0241549  normal  0.497135 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3992  putative regulatory protein  27.07 
 
 		 249 aa  76.6  0.0000000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1136  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 282 aa  75.1  0.000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.113401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5332  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 392 aa  73.9  0.000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0406632 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0340  tetratricopeptide domain-containing protein  25.84 
 
 		 418 aa  71.2  0.00000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.469664  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0512  transcriptional regulator, XRE family  22.82 
 
 		 401 aa  71.6  0.00000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1195  putative transcriptional regulator  25.43 
 
 		 441 aa  69.3  0.0000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1022  XRE family transcriptional regulator  25 
 
 		 441 aa  67.8  0.0000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.842716  normal  0.936661 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1662  hypothetical protein  25.9 
 
 		 403 aa  66.6  0.0000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.387756  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0125  XRE family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 412 aa  65.9  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.49068  normal  0.97143 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6314  helix-turn-helix domain-containing protein  25.3 
 
 		 443 aa  66.2  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3660  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 463 aa  65.5  0.000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2327  hypothetical protein  26.47 
 
 		 502 aa  64.7  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.576382  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1107  hypothetical protein  24.31 
 
 		 468 aa  63.9  0.000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.551011  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5545  XRE family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 443 aa  63.2  0.000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3448  hypothetical protein  24.62 
 
 		 413 aa  62  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5136  XRE family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 488 aa  61.6  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.033803 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2422  hypothetical protein  25.34 
 
 		 510 aa  61.6  0.00000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0414042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1653  XRE family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 397 aa  60.1  0.00000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0453749  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2079  hypothetical protein  45.83 
 
 		 161 aa  58.9  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0491227  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3993  hypothetical protein  34.43 
 
 		 346 aa  53.1  0.000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.522345  normal  0.971406 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5282  hypothetical protein  32.64 
 
 		 470 aa  52.4  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4907  transcriptional regulator, XRE family  24.05 
 
 		 433 aa  52.4  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1379  XRE family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 507 aa  51.6  0.00003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.464445  normal  0.0167147 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1481  transcriptional regulator, XRE family  24.21 
 
 		 427 aa  50.8  0.00005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.438769  normal  0.39369 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1942  hypothetical protein  24.07 
 
 		 449 aa  49.7  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.251834  normal  0.229464 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0564  hypothetical protein  28.39 
 
 		 554 aa  49.7  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.19709 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4244  formylmethionine deformylase  29.17 
 
 		 549 aa  47.8  0.0004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.928565  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9064  hypothetical protein  21.66 
 
 		 431 aa  45.4  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2498  XRE family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 474 aa  45.1  0.003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.153795 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2821  helix-turn-helix domain protein  35 
 
 		 290 aa  44.7  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.803112  hitchhiker  0.00185272 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1998  hypothetical protein  23.1 
 
 		 460 aa  44.3  0.005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.101502  normal  0.104668 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3791  transcriptional regulator, SARP family  27.27 
 
 		 1022 aa  43.9  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.17753  normal  0.608105 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1710  transcriptional regulator, XRE family  22.41 
 
 		 420 aa  43.9  0.007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.371639  normal  0.199479 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1073  hypothetical protein  23.25 
 
 		 579 aa  43.5  0.007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.542041  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>