70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1379 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_5136  XRE family transcriptional regulator  73.64 
 
 		 488 aa  665    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.033803 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1379  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 507 aa  1013    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.464445  normal  0.0167147 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1942  hypothetical protein  29.77 
 
 		 449 aa  172  1e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.251834  normal  0.229464 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0334  hypothetical protein  35.1 
 
 		 475 aa  157  3e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.663709  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2327  hypothetical protein  28.66 
 
 		 502 aa  139  7.999999999999999e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.576382  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9064  hypothetical protein  33.23 
 
 		 431 aa  137  4e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2718  hypothetical protein  28.11 
 
 		 452 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.94605  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3650  hypothetical protein  28.3 
 
 		 461 aa  112  1.0000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0942983  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7319  putative DNA-binding protein  28.72 
 
 		 432 aa  95.5  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000491826  decreased coverage  0.00000000376274 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1195  putative transcriptional regulator  24.86 
 
 		 441 aa  92.4  2e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8001  hypothetical protein  29.78 
 
 		 487 aa  84  0.000000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2889  putative DNA-binding protein  27.08 
 
 		 477 aa  82.4  0.00000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0241549  normal  0.497135 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0597  hypothetical protein  24.43 
 
 		 475 aa  80.5  0.00000000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.720535  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0512  transcriptional regulator, XRE family  32.87 
 
 		 401 aa  79  0.0000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0309  hypothetical protein  30.57 
 
 		 315 aa  75.9  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3334  hypothetical protein  27.51 
 
 		 524 aa  71.2  0.00000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.176126  hitchhiker  0.000765121 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0125  XRE family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 412 aa  70.9  0.00000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.49068  normal  0.97143 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4907  transcriptional regulator, XRE family  31.1 
 
 		 433 aa  70.5  0.00000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14230  hypothetical protein  24.86 
 
 		 433 aa  68.9  0.0000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.413871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6151  putative transcriptional regulator  27.35 
 
 		 449 aa  68.9  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0764047  normal  0.610732 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6883  putative transcriptional regulator  29.38 
 
 		 429 aa  68.6  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0592787  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1481  transcriptional regulator, XRE family  27.06 
 
 		 427 aa  67.4  0.0000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.438769  normal  0.39369 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1653  XRE family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 397 aa  67.4  0.0000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0453749  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4805  hypothetical protein  25.93 
 
 		 478 aa  67  0.0000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0850035  normal  0.646806 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0466  tetratricopeptide TPR_2  26.51 
 
 		 449 aa  66.6  0.0000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.924549  normal  0.198291 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2802  hypothetical protein  26.09 
 
 		 537 aa  65.9  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1813  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  27.19 
 
 		 444 aa  65.9  0.000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00560  Helix-turn-helix protein  27.65 
 
 		 456 aa  65.5  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.95745 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3968  hypothetical protein  25.07 
 
 		 457 aa  64.7  0.000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0256959  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2840  hypothetical protein  26.58 
 
 		 503 aa  63.5  0.000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.43612  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0340  tetratricopeptide domain-containing protein  32.58 
 
 		 418 aa  62.8  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.469664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8777  transcriptional regulator  28 
 
 		 469 aa  63.2  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.756748 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1107  hypothetical protein  29.84 
 
 		 468 aa  62.8  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.551011  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3448  hypothetical protein  28.05 
 
 		 413 aa  61.2  0.00000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1224  regulator  25.58 
 
 		 453 aa  58.9  0.0000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.483288  normal  0.967223 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0013  hypothetical protein  26.61 
 
 		 418 aa  58.2  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2638  hypothetical protein  25.78 
 
 		 526 aa  58.5  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316802  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0702  hypothetical protein  29.26 
 
 		 405 aa  56.6  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.554394 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2899  hypothetical protein  27.73 
 
 		 467 aa  56.6  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.285709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4489  hypothetical protein  28.68 
 
 		 440 aa  55.5  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.718463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3080  hypothetical protein  30.54 
 
 		 398 aa  54.3  0.000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201414 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8297  hypothetical protein  28.05 
 
 		 452 aa  53.9  0.000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.512635  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5210  transcriptional regulator, XRE family  26.61 
 
 		 530 aa  53.5  0.000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.035838  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0037  transcriptional regulator, XRE family  22.79 
 
 		 460 aa  53.5  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1336  hypothetical protein  24.35 
 
 		 556 aa  53.1  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0410246  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1270  hypothetical protein  26.62 
 
 		 497 aa  52.8  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.404033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0051  hypothetical protein  29.69 
 
 		 565 aa  53.1  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0564  hypothetical protein  34.91 
 
 		 554 aa  52.4  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.19709 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1998  hypothetical protein  28.22 
 
 		 460 aa  52  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.101502  normal  0.104668 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1827  hypothetical protein  26.33 
 
 		 484 aa  51.2  0.00004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3992  putative regulatory protein  29.35 
 
 		 249 aa  50.8  0.00005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1662  hypothetical protein  31.65 
 
 		 403 aa  49.7  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.387756  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2377  hypothetical protein  28.33 
 
 		 437 aa  49.3  0.0001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.169867 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4090  twin-arginine translocation pathway signal  24.58 
 
 		 503 aa  48.1  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1710  transcriptional regulator, XRE family  25.28 
 
 		 420 aa  48.5  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.371639  normal  0.199479 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2538  putative DNA-binding protein  28.4 
 
 		 434 aa  48.1  0.0004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3660  putative transcriptional regulator  27.76 
 
 		 463 aa  47.8  0.0005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2729  transcriptional regulator, XRE family  32.81 
 
 		 431 aa  47.8  0.0005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000809201  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1073  hypothetical protein  27.66 
 
 		 579 aa  45.4  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.542041  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2547  hypothetical protein  27.52 
 
 		 545 aa  45.4  0.003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.441995  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2498  XRE family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 474 aa  44.7  0.004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.153795 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1244  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  28.52 
 
 		 515 aa  44.7  0.004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6244  hypothetical protein  33.33 
 
 		 418 aa  44.7  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.699378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2422  hypothetical protein  36.11 
 
 		 510 aa  43.9  0.006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0414042  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4608  hypothetical protein  28.57 
 
 		 363 aa  43.5  0.008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6440  hypothetical protein  28.4 
 
 		 311 aa  43.5  0.009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.401535 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1022  XRE family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 441 aa  43.5  0.009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.842716  normal  0.936661 
 
 
-
 
NC_007107  pE33L9_0007  DNA-binding protein  34.48 
 
 		 143 aa  43.5  0.009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.479978  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5545  XRE family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 443 aa  43.5  0.01  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6314  helix-turn-helix domain-containing protein  35.37 
 
 		 443 aa  43.1  0.01  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>