44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_4090 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_4090  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 
503 aa  1023    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1827  hypothetical protein  48.59 
 
 
484 aa  271  2e-71  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2840  hypothetical protein  43.26 
 
 
503 aa  267  2.9999999999999995e-70  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.43612  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2626  hypothetical protein  39.59 
 
 
519 aa  229  7e-59  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0917  hypothetical protein  46.95 
 
 
342 aa  224  3e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1829  hypothetical protein  39.9 
 
 
519 aa  224  3e-57  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.790785  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0895  putative DNA-binding protein  32.62 
 
 
503 aa  201  3.9999999999999996e-50  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2538  putative DNA-binding protein  33.48 
 
 
434 aa  170  5e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2802  hypothetical protein  31.31 
 
 
537 aa  132  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2887  hypothetical protein  48.78 
 
 
249 aa  126  8.000000000000001e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00393929  normal  0.424597 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3334  hypothetical protein  30.19 
 
 
524 aa  126  1e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.176126  hitchhiker  0.000765121 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7319  putative DNA-binding protein  28.17 
 
 
432 aa  114  4.0000000000000004e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000491826  decreased coverage  0.00000000376274 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0510  helix-turn-helix domain-containing protein  28.16 
 
 
473 aa  94  5e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14230  hypothetical protein  29.19 
 
 
433 aa  92.8  1e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.413871  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5210  transcriptional regulator, XRE family  42.24 
 
 
530 aa  91.3  4e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.035838  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7529  transcriptional regulator, XRE family  27.36 
 
 
457 aa  84.7  0.000000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.381731  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0731  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  28.04 
 
 
418 aa  81.3  0.00000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00340964  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2541  hypothetical protein  54.55 
 
 
94 aa  77.4  0.0000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2729  transcriptional regulator, XRE family  28.42 
 
 
431 aa  75.1  0.000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000809201  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4608  hypothetical protein  27.54 
 
 
363 aa  71.6  0.00000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0013  hypothetical protein  26.29 
 
 
418 aa  71.6  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5500  helix-turn-helix domain protein  26.02 
 
 
400 aa  67  0.0000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  unclonable  0.0000000165306  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1662  hypothetical protein  27.45 
 
 
403 aa  63.2  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.387756  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1019  hypothetical protein  28.12 
 
 
288 aa  61.6  0.00000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0125  XRE family transcriptional regulator  25.16 
 
 
412 aa  58.2  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.49068  normal  0.97143 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1813  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  26.09 
 
 
444 aa  57  0.0000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1022  XRE family transcriptional regulator  24.29 
 
 
441 aa  56.6  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.842716  normal  0.936661 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4607  hypothetical protein  27.95 
 
 
369 aa  56.6  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7489  hypothetical protein  26.71 
 
 
400 aa  54.3  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0882714  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8777  transcriptional regulator  26.2 
 
 
469 aa  53.5  0.000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.756748 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6314  helix-turn-helix domain-containing protein  25.42 
 
 
443 aa  53.1  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0512  transcriptional regulator, XRE family  25.4 
 
 
401 aa  52.8  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6151  putative transcriptional regulator  24.12 
 
 
449 aa  51.2  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0764047  normal  0.610732 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1942  hypothetical protein  26.82 
 
 
449 aa  50.1  0.00008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.251834  normal  0.229464 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6698  transcriptional regulator, XRE family  25.32 
 
 
412 aa  50.4  0.00008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.142695 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5545  XRE family transcriptional regulator  23.73 
 
 
443 aa  49.3  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0264  hypothetical protein  27.21 
 
 
411 aa  48.9  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1195  putative transcriptional regulator  25.15 
 
 
441 aa  48.5  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0466  tetratricopeptide TPR_2  24.06 
 
 
449 aa  48.5  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.924549  normal  0.198291 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1962  XRE family transcriptional regulator  24.51 
 
 
410 aa  47.4  0.0007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.622079 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2638  hypothetical protein  24.77 
 
 
526 aa  46.6  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316802  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01940  hypothetical protein  26.19 
 
 
360 aa  45.8  0.002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.705916 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2005  transcriptional regulator, XRE family  25.68 
 
 
388 aa  44.7  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.445906  normal  0.114252 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4805  hypothetical protein  23.93 
 
 
478 aa  43.5  0.008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0850035  normal  0.646806 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>