38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_0510 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009380  Strop_0510  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 
473 aa  936    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2538  putative DNA-binding protein  34.88 
 
 
434 aa  126  1e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2729  transcriptional regulator, XRE family  31.14 
 
 
431 aa  118  3e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000809201  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2840  hypothetical protein  31.31 
 
 
503 aa  116  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.43612  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1827  hypothetical protein  32.62 
 
 
484 aa  105  2e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0013  hypothetical protein  30.03 
 
 
418 aa  105  3e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2802  hypothetical protein  29.57 
 
 
537 aa  100  4e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0731  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  30.61 
 
 
418 aa  100  6e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00340964  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4090  twin-arginine translocation pathway signal  28.16 
 
 
503 aa  98.6  2e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0917  hypothetical protein  31.34 
 
 
342 aa  95.9  2e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2626  hypothetical protein  30.92 
 
 
519 aa  95.5  2e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0895  putative DNA-binding protein  30.11 
 
 
503 aa  93.6  7e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7529  transcriptional regulator, XRE family  29.5 
 
 
457 aa  90.5  6e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.381731  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1829  hypothetical protein  29.97 
 
 
519 aa  87.8  3e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.790785  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1019  hypothetical protein  30 
 
 
288 aa  82.8  0.00000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7489  hypothetical protein  28.8 
 
 
400 aa  80.9  0.00000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0882714  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5500  helix-turn-helix domain protein  31.64 
 
 
400 aa  75.1  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  unclonable  0.0000000165306  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4608  hypothetical protein  29.82 
 
 
363 aa  75.1  0.000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2698  hypothetical protein  34.73 
 
 
514 aa  73.2  0.00000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.570232 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1662  hypothetical protein  29.03 
 
 
403 aa  66.6  0.0000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.387756  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6698  transcriptional regulator, XRE family  27.72 
 
 
412 aa  65.9  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.142695 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0980  transcriptional regulator, XRE family  26.4 
 
 
445 aa  65.5  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0466  tetratricopeptide TPR_2  29.37 
 
 
449 aa  63.2  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.924549  normal  0.198291 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1195  putative transcriptional regulator  23.63 
 
 
441 aa  59.3  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3484  XRE family transcriptional regulator  26.71 
 
 
439 aa  55.5  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0228  transcriptional regulator, XRE family  34.01 
 
 
770 aa  52  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00256597  normal  0.277855 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1397  hypothetical protein  26.33 
 
 
443 aa  51.2  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8777  transcriptional regulator  31.65 
 
 
469 aa  50.1  0.00009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.756748 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7319  putative DNA-binding protein  26.75 
 
 
432 aa  49.3  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000491826  decreased coverage  0.00000000376274 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0264  hypothetical protein  25.15 
 
 
411 aa  48.9  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6151  putative transcriptional regulator  27.95 
 
 
449 aa  48.5  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0764047  normal  0.610732 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4805  hypothetical protein  27.54 
 
 
478 aa  45.4  0.002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0850035  normal  0.646806 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2021  transcriptional regulator, XRE family  31.37 
 
 
500 aa  45.1  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3781  transcriptional regulator, XRE family  41.79 
 
 
279 aa  43.9  0.006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1653  XRE family transcriptional regulator  24.17 
 
 
397 aa  43.5  0.007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0453749  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3226  hypothetical protein  24.39 
 
 
443 aa  43.5  0.008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.407522 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1954  hypothetical protein  28.93 
 
 
470 aa  43.5  0.009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.0082937  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2638  hypothetical protein  25.52 
 
 
526 aa  43.1  0.01  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316802  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>