More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_0228 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_0228  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 
770 aa  1528    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00256597  normal  0.277855 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0225  transcriptional regulator, XRE family  45.16 
 
 
792 aa  498  1e-139  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.312331  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0576  transcriptional regulator, SARP family  30.46 
 
 
946 aa  240  6.999999999999999e-62  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4482  transcriptional regulator, SARP family  31.41 
 
 
941 aa  228  4e-58  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.434883  normal  0.14218 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3441  TPR repeat-containing protein  31.61 
 
 
850 aa  221  3e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5360  transcriptional regulator, SARP family  30.92 
 
 
913 aa  219  1e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.265987 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0899  transcriptional regulator, SARP family  31.62 
 
 
919 aa  218  2e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0538686 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0900  transcriptional regulator, SARP family  33.14 
 
 
908 aa  216  1.9999999999999998e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.836617  normal  0.151973 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6410  transcriptional regulator, SARP family  30.85 
 
 
970 aa  211  3e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.112311 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4296  transcriptional regulator, SARP family  32.45 
 
 
996 aa  211  4e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.300157  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6221  transcriptional regulator, SARP family  32.52 
 
 
931 aa  211  5e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0641  transcriptional regulator, XRE family  30.08 
 
 
806 aa  209  2e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2713  NB-ARC domain protein  33.88 
 
 
838 aa  207  7e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000220271  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5039  transcriptional regulator, SARP family  31.4 
 
 
993 aa  205  2e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1875  transcriptional regulator, SARP family  30.95 
 
 
921 aa  205  2e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0222305  decreased coverage  0.00126827 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3863  transcriptional regulator, SARP family  30.92 
 
 
981 aa  200  9e-50  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.291313  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6259  NB-ARC domain protein  31.15 
 
 
790 aa  199  1.0000000000000001e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3752  transcriptional regulator, SARP family  30.5 
 
 
992 aa  199  2.0000000000000003e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2954  transcriptional regulator, XRE family  32.63 
 
 
915 aa  197  5.000000000000001e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00111801 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3684  transcriptional regulator, SARP family  29.4 
 
 
930 aa  193  1e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.270983 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2780  transcriptional regulator, XRE family  33.82 
 
 
782 aa  191  2.9999999999999997e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.223521  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2677  NB-ARC domain protein  30.98 
 
 
788 aa  190  7e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0391388 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5051  transcriptional regulator, SARP family  28.05 
 
 
965 aa  187  8e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0205  transcriptional regulator, SARP family  31.86 
 
 
1088 aa  186  1.0000000000000001e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5300  transcriptional regulator, SARP family  30.31 
 
 
1017 aa  186  2.0000000000000003e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.706654  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00460  DNA-binding transcriptional activator of the SARP family  32.14 
 
 
921 aa  185  2.0000000000000003e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.622636 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6658  NB-ARC domain protein  30.05 
 
 
783 aa  186  2.0000000000000003e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.699604  normal  0.571169 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0196  transcriptional regulator, SARP family  30.29 
 
 
967 aa  184  5.0000000000000004e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.46607  normal  0.0345978 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3942  TPR repeat-containing protein  33.39 
 
 
755 aa  182  1e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.058875  normal  0.0427407 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6437  NB-ARC domain protein  30.62 
 
 
715 aa  181  4.999999999999999e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3791  transcriptional regulator, SARP family  27.68 
 
 
1022 aa  180  7e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.17753  normal  0.608105 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3977  transcriptional regulator, SARP family  30.71 
 
 
962 aa  179  2e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2958  transcriptional regulator, SARP family  29.45 
 
 
964 aa  179  2e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.500488  hitchhiker  0.00113225 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3637  transcriptional regulator, XRE family  29 
 
 
757 aa  179  2e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.317729  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5691  transcriptional regulator, SARP family  33.62 
 
 
956 aa  177  6e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2122  SARP family transcriptional regulator  27.57 
 
 
1071 aa  176  9.999999999999999e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.510059  normal  0.895505 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3332  transcriptional regulator, SARP family  28.11 
 
 
1025 aa  176  1.9999999999999998e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00786892  normal  0.331119 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5677  transcriptional regulator, SARP family  34.07 
 
 
965 aa  176  1.9999999999999998e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6283  transcriptional regulator, SARP family  29.45 
 
 
1022 aa  174  5e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3384  transcriptional regulator, SARP family  28.51 
 
 
1020 aa  173  1e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.799293 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3657  transcriptional regulator, SARP family  35.45 
 
 
1030 aa  171  3e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4244  transcriptional activator domain-containing protein  31.81 
 
 
992 aa  171  5e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0384973 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1556  NB-ARC domain protein  31.34 
 
 
792 aa  170  9e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.56411  normal  0.0240441 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3801  transcriptional regulator, SARP family  31.18 
 
 
993 aa  169  1e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000525265 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1496  transcriptional regulator, SARP family  29.07 
 
 
1027 aa  169  2e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.905196  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1985  NB-ARC domain protein  32.2 
 
 
797 aa  167  5.9999999999999996e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00414294  normal  0.784778 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0976  transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 
775 aa  165  2.0000000000000002e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3744  transcriptional regulator, XRE family  30.06 
 
 
814 aa  165  2.0000000000000002e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.806714 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5833  transcriptional regulator, SARP family  32.12 
 
 
937 aa  165  3e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1768  transcriptional regulator, SARP family  32.46 
 
 
907 aa  165  3e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.523218  normal  0.689906 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2936  transcriptional regulator, SARP family  31.5 
 
 
1054 aa  165  3e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.281225  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0385  transcriptional regulator, SARP family  29.94 
 
 
940 aa  164  6e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1973  transcriptional regulator, SARP family  31.28 
 
 
1008 aa  164  8.000000000000001e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.458427  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5323  transcriptional regulator, SARP family  33.47 
 
 
1025 aa  163  9e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4139  transcriptional regulator, SARP family  35.84 
 
 
983 aa  162  2e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.180514 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0065  transcriptional regulator, SARP family  29.41 
 
 
934 aa  162  2e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4182  AAA ATPase  32.02 
 
 
690 aa  162  2e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3874  transcriptional regulator, SARP family  33.4 
 
 
935 aa  159  1e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.841165  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8120  NB-ARC domain protein  30.08 
 
 
978 aa  159  3e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7082  transcriptional regulator, SARP family  28.26 
 
 
990 aa  157  6e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.379783 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2572  transcriptional regulator, SARP family  29.54 
 
 
1011 aa  157  7e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7741  transcriptional regulator, SARP family  29.28 
 
 
1013 aa  156  1e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0132103  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5783  transcriptional regulator, SARP family  29.31 
 
 
1021 aa  157  1e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0303431  normal  0.017876 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3391  transcriptional regulator, SARP family  28.51 
 
 
971 aa  155  2.9999999999999998e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.436064 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4249  transcriptional regulator, SARP family  28.47 
 
 
1108 aa  155  2.9999999999999998e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.319347 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0994  transcriptional regulator, SARP family  33.94 
 
 
995 aa  153  1e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5351  hypothetical protein  30.6 
 
 
862 aa  153  1e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.466461 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6515  transcriptional regulator, SARP family  28.47 
 
 
1004 aa  153  1e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.409149  normal  0.360927 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0458  NB-ARC domain protein  28.94 
 
 
941 aa  150  9e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3737  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.29 
 
 
742 aa  149  2.0000000000000003e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1461  transcriptional regulator, SARP family  31.69 
 
 
950 aa  148  3e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.250739  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1770  Tetratricopeptide TPR_4  27.59 
 
 
741 aa  147  5e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.430666  normal  0.588831 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5355  transcriptional regulator, SARP family  33.11 
 
 
1138 aa  147  7.0000000000000006e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.610748 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5118  SARP family transcriptional regulator  30.45 
 
 
1346 aa  144  6e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0180644  normal  0.388014 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0601  transcriptional regulator, SARP family  32.99 
 
 
928 aa  143  9.999999999999999e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.752855  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3432  transcriptional regulator, SARP family  30.02 
 
 
775 aa  142  1.9999999999999998e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00818273  normal  0.368034 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0797  transcriptional regulator, SARP family  34.43 
 
 
1001 aa  142  1.9999999999999998e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9294  transcriptional regulator, SARP family  29.22 
 
 
1003 aa  140  1e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.705577 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5280  transcriptional regulator, SARP family  32.54 
 
 
632 aa  140  1e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.18548  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1666  transcriptional regulator, XRE family  41.5 
 
 
462 aa  140  1e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.237229  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4465  transcriptional regulator, SARP family  35.38 
 
 
1024 aa  140  1e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.435845  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3059  transcriptional regulator, SARP family  35.33 
 
 
1014 aa  137  5e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.163733  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3671  SARP family transcriptional regulator  28.19 
 
 
1048 aa  138  5e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046189 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1806  transcriptional regulator, SARP family  29.26 
 
 
1060 aa  135  3e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.287202  normal  0.440265 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6346  transcriptional regulator, SARP family  30.09 
 
 
1034 aa  134  5e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3394  transcriptional regulator, SARP family  30.46 
 
 
978 aa  132  2.0000000000000002e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000625659 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3571  transcriptional regulator, SARP family  28.74 
 
 
954 aa  132  2.0000000000000002e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2767  hypothetical protein  27.37 
 
 
715 aa  129  2.0000000000000002e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0532773  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34600  putative transcriptional regulator  32.03 
 
 
896 aa  129  2.0000000000000002e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.240739  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5531  transcriptional regulator, SARP family  35.06 
 
 
963 aa  129  2.0000000000000002e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.394906 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4471  transcriptional regulator, LuxR family  29.73 
 
 
680 aa  129  2.0000000000000002e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.129361 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3099  SARP family transcriptional regulator  33.33 
 
 
654 aa  128  5e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0399621 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0853  transcriptional regulator, SARP family  28.36 
 
 
1010 aa  127  7e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4174  transcriptional regulator, SARP family  32.45 
 
 
621 aa  126  2e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3989  transcriptional regulator, SARP family  33.23 
 
 
1003 aa  125  3e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0138619  normal  0.888144 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0796  transcriptional regulator, SARP family  32.18 
 
 
1033 aa  125  4e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.64254  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3782  transcriptional regulator, SARP family  28.6 
 
 
982 aa  125  4e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.519842  hitchhiker  0.00738187 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3484  transcriptional regulator, SARP family  31.64 
 
 
981 aa  124  6e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3884  transcriptional regulator, SARP family  29.37 
 
 
990 aa  124  6e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.039717  normal  0.641225 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6871  hypothetical protein  29.08 
 
 
854 aa  124  8e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.361895  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>