73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_7319 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_7319  putative DNA-binding protein  100 
 
 
432 aa  867    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000491826  decreased coverage  0.00000000376274 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2889  putative DNA-binding protein  55.58 
 
 
477 aa  444  1e-123  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0241549  normal  0.497135 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0895  putative DNA-binding protein  33.33 
 
 
503 aa  147  4.0000000000000006e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3334  hypothetical protein  29.35 
 
 
524 aa  143  5e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.176126  hitchhiker  0.000765121 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14230  hypothetical protein  28.07 
 
 
433 aa  130  6e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.413871  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2638  hypothetical protein  33.45 
 
 
526 aa  126  9e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316802  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4805  hypothetical protein  29.21 
 
 
478 aa  125  1e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0850035  normal  0.646806 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5210  transcriptional regulator, XRE family  28.07 
 
 
530 aa  119  9.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.035838  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4090  twin-arginine translocation pathway signal  28.17 
 
 
503 aa  114  3e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6151  putative transcriptional regulator  33.88 
 
 
449 aa  108  2e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0764047  normal  0.610732 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8297  hypothetical protein  30.63 
 
 
452 aa  108  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.512635  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1195  putative transcriptional regulator  29.08 
 
 
441 aa  108  3e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0466  tetratricopeptide TPR_2  31.56 
 
 
449 aa  102  1e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.924549  normal  0.198291 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1073  hypothetical protein  30.68 
 
 
579 aa  97.4  5e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.542041  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3448  hypothetical protein  29.12 
 
 
413 aa  92.8  1e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4484  hypothetical protein  28.97 
 
 
447 aa  92.8  1e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1107  hypothetical protein  28.77 
 
 
468 aa  92.4  1e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.551011  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2887  hypothetical protein  51.9 
 
 
249 aa  91.3  3e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00393929  normal  0.424597 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1959  XRE family transcriptional regulator  27.95 
 
 
461 aa  90.1  7e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.24175 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3660  putative transcriptional regulator  32.14 
 
 
463 aa  87.4  5e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1224  regulator  27.09 
 
 
453 aa  86.7  7e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.483288  normal  0.967223 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2538  putative DNA-binding protein  29.45 
 
 
434 aa  86.7  7e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8777  transcriptional regulator  32.17 
 
 
469 aa  85.5  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.756748 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00560  Helix-turn-helix protein  24.56 
 
 
456 aa  84.7  0.000000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.95745 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6883  putative transcriptional regulator  29.55 
 
 
429 aa  82.4  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0592787  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0125  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 
412 aa  82.4  0.00000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.49068  normal  0.97143 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1998  hypothetical protein  30.51 
 
 
460 aa  80.1  0.00000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.101502  normal  0.104668 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0731  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  32.38 
 
 
418 aa  79.7  0.00000000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00340964  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1653  XRE family transcriptional regulator  27.8 
 
 
397 aa  79  0.0000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0453749  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07960  Helix-turn-helix protein  27.76 
 
 
444 aa  77.4  0.0000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0512  transcriptional regulator, XRE family  28.88 
 
 
401 aa  74.7  0.000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0597  hypothetical protein  34.65 
 
 
475 aa  73.2  0.000000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.720535  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2327  hypothetical protein  25.99 
 
 
502 aa  72.4  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.576382  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2729  transcriptional regulator, XRE family  30.23 
 
 
431 aa  72.8  0.00000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000809201  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6440  hypothetical protein  28.25 
 
 
311 aa  72.8  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.401535 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0037  transcriptional regulator, XRE family  24.83 
 
 
460 aa  71.6  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2899  hypothetical protein  28.57 
 
 
467 aa  72.4  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.285709  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5136  XRE family transcriptional regulator  30.8 
 
 
488 aa  71.2  0.00000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.033803 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8001  hypothetical protein  27.03 
 
 
487 aa  70.9  0.00000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2422  hypothetical protein  27.7 
 
 
510 aa  69.7  0.00000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0414042  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4608  hypothetical protein  28.21 
 
 
363 aa  69.7  0.0000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3080  hypothetical protein  27.16 
 
 
398 aa  68.6  0.0000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000201414 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0751  helix-turn-helix domain protein  27.45 
 
 
414 aa  67.4  0.0000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2377  hypothetical protein  28.38 
 
 
437 aa  66.2  0.0000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.169867 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1710  transcriptional regulator, XRE family  28.37 
 
 
420 aa  66.2  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.371639  normal  0.199479 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1379  XRE family transcriptional regulator  31.65 
 
 
507 aa  65.5  0.000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.464445  normal  0.0167147 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1942  hypothetical protein  32.41 
 
 
449 aa  61.6  0.00000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.251834  normal  0.229464 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3968  hypothetical protein  28.47 
 
 
457 aa  60.8  0.00000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0256959  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1270  hypothetical protein  27.9 
 
 
497 aa  59.3  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.404033  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2802  hypothetical protein  27.62 
 
 
537 aa  58.9  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1244  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  24.41 
 
 
515 aa  57  0.0000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3992  putative regulatory protein  29.27 
 
 
249 aa  55.8  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1962  XRE family transcriptional regulator  31.03 
 
 
410 aa  55.1  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.622079 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2718  hypothetical protein  27.83 
 
 
452 aa  55.5  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.94605  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4409  hypothetical protein  29.06 
 
 
473 aa  54.7  0.000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0469483  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9064  hypothetical protein  24.56 
 
 
431 aa  54.3  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0564  hypothetical protein  25.9 
 
 
554 aa  53.5  0.000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.19709 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7529  transcriptional regulator, XRE family  27.1 
 
 
457 aa  53.1  0.000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.381731  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1813  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  27.8 
 
 
444 aa  52.4  0.00001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0013  hypothetical protein  29.44 
 
 
418 aa  52.8  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0166  hypothetical protein  27.19 
 
 
450 aa  51.2  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00671267  normal  0.080695 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01940  hypothetical protein  28.71 
 
 
360 aa  49.3  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.705916 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0702  hypothetical protein  28.03 
 
 
405 aa  48.5  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.554394 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1019  hypothetical protein  26.17 
 
 
288 aa  47.4  0.0005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1602  hypothetical protein  33.33 
 
 
221 aa  46.2  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2547  hypothetical protein  38.3 
 
 
545 aa  46.2  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.441995  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4641  helix-turn-helix protein  28.47 
 
 
331 aa  45.1  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.640764 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0051  hypothetical protein  25.94 
 
 
565 aa  45.4  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2005  transcriptional regulator, XRE family  28.86 
 
 
388 aa  45.1  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.445906  normal  0.114252 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6421  hypothetical protein  29.03 
 
 
127 aa  45.1  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.119215  normal  0.324857 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6698  transcriptional regulator, XRE family  26.16 
 
 
412 aa  45.1  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.142695 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7489  hypothetical protein  28.19 
 
 
400 aa  44.7  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0882714  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2541  hypothetical protein  58.62 
 
 
94 aa  43.1  0.009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>