24 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_4641 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_4641  helix-turn-helix protein  100 
 
 
331 aa  628  1e-179  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.640764 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07960  Helix-turn-helix protein  33.56 
 
 
444 aa  134  1.9999999999999998e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0751  helix-turn-helix domain protein  34.95 
 
 
414 aa  90.5  4e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2889  putative DNA-binding protein  29.17 
 
 
477 aa  69.7  0.00000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0241549  normal  0.497135 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6151  putative transcriptional regulator  34.97 
 
 
449 aa  65.5  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0764047  normal  0.610732 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3448  hypothetical protein  27.6 
 
 
413 aa  63.9  0.000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1195  putative transcriptional regulator  27.86 
 
 
441 aa  61.2  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6883  putative transcriptional regulator  27.6 
 
 
429 aa  59.7  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0592787  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2638  hypothetical protein  31.05 
 
 
526 aa  56.2  0.0000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316802  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2899  hypothetical protein  27.6 
 
 
467 aa  53.5  0.000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.285709  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8001  hypothetical protein  29.1 
 
 
487 aa  53.9  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0466  tetratricopeptide TPR_2  29.17 
 
 
449 aa  52.4  0.00001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.924549  normal  0.198291 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1224  regulator  30.49 
 
 
453 aa  52  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.483288  normal  0.967223 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0125  XRE family transcriptional regulator  31.98 
 
 
412 aa  52  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.49068  normal  0.97143 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1653  XRE family transcriptional regulator  28.45 
 
 
397 aa  51.2  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0453749  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1073  hypothetical protein  29.73 
 
 
579 aa  49.7  0.00006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.542041  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8297  hypothetical protein  27.64 
 
 
452 aa  50.1  0.00006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.512635  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1107  hypothetical protein  28.57 
 
 
468 aa  49.3  0.00008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.551011  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3968  hypothetical protein  28.51 
 
 
457 aa  48.1  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0256959  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0512  transcriptional regulator, XRE family  34.06 
 
 
401 aa  47.4  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7319  putative DNA-binding protein  26.74 
 
 
432 aa  45.8  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000491826  decreased coverage  0.00000000376274 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4805  hypothetical protein  25.36 
 
 
478 aa  45.1  0.002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0850035  normal  0.646806 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3660  putative transcriptional regulator  36.76 
 
 
463 aa  43.1  0.006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4484  hypothetical protein  32.89 
 
 
447 aa  43.1  0.007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>