49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_3448 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_3448  hypothetical protein  100 
 
 
413 aa  833    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8297  hypothetical protein  35.71 
 
 
452 aa  187  4e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.512635  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4484  hypothetical protein  36.96 
 
 
447 aa  183  5.0000000000000004e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1224  regulator  41.35 
 
 
453 aa  178  1e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.483288  normal  0.967223 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1107  hypothetical protein  33.33 
 
 
468 aa  173  5e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.551011  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4805  hypothetical protein  38.11 
 
 
478 aa  172  6.999999999999999e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0850035  normal  0.646806 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8777  transcriptional regulator  41.11 
 
 
469 aa  166  5e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.756748 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2899  hypothetical protein  41.67 
 
 
467 aa  156  6e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.285709  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14230  hypothetical protein  38.4 
 
 
433 aa  144  2e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.413871  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3968  hypothetical protein  36.47 
 
 
457 aa  126  6e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0256959  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6151  putative transcriptional regulator  37.09 
 
 
449 aa  117  3.9999999999999997e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0764047  normal  0.610732 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0466  tetratricopeptide TPR_2  34.66 
 
 
449 aa  117  5e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.924549  normal  0.198291 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3334  hypothetical protein  32.83 
 
 
524 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.176126  hitchhiker  0.000765121 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1195  putative transcriptional regulator  29.47 
 
 
441 aa  110  5e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1959  XRE family transcriptional regulator  28.92 
 
 
461 aa  108  2e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.24175 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8001  hypothetical protein  32.48 
 
 
487 aa  107  5e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1073  hypothetical protein  28.48 
 
 
579 aa  99  1e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.542041  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3660  putative transcriptional regulator  32.59 
 
 
463 aa  97.8  3e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2422  hypothetical protein  32.95 
 
 
510 aa  97.1  5e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0414042  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7319  putative DNA-binding protein  26.84 
 
 
432 aa  95.1  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000491826  decreased coverage  0.00000000376274 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3992  putative regulatory protein  35.12 
 
 
249 aa  93.2  8e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2377  hypothetical protein  31 
 
 
437 aa  91.7  2e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.169867 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2889  putative DNA-binding protein  27.14 
 
 
477 aa  90.9  4e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0241549  normal  0.497135 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5210  transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 
530 aa  90.5  6e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.035838  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2638  hypothetical protein  27.04 
 
 
526 aa  88.2  3e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316802  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3715  hypothetical protein  31.94 
 
 
460 aa  87  6e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000995808  normal  0.471663 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1653  XRE family transcriptional regulator  27.35 
 
 
397 aa  84.7  0.000000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0453749  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07960  Helix-turn-helix protein  30 
 
 
444 aa  80.9  0.00000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2498  XRE family transcriptional regulator  28.21 
 
 
474 aa  78.2  0.0000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.153795 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3080  hypothetical protein  27.63 
 
 
398 aa  76.6  0.0000000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000201414 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1270  hypothetical protein  28.37 
 
 
497 aa  72.8  0.00000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.404033  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2327  hypothetical protein  29.2 
 
 
502 aa  72.4  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.576382  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00560  Helix-turn-helix protein  24.55 
 
 
456 aa  68.6  0.0000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.95745 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6883  putative transcriptional regulator  24.23 
 
 
429 aa  67  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0592787  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4641  helix-turn-helix protein  27.49 
 
 
331 aa  63.5  0.000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.640764 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0037  transcriptional regulator, XRE family  24.09 
 
 
460 aa  63.2  0.000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0125  XRE family transcriptional regulator  26.18 
 
 
412 aa  61.6  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.49068  normal  0.97143 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1244  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  27.13 
 
 
515 aa  61.2  0.00000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1998  hypothetical protein  26.99 
 
 
460 aa  58.9  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.101502  normal  0.104668 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1602  hypothetical protein  37.08 
 
 
221 aa  58.2  0.0000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1710  transcriptional regulator, XRE family  27.65 
 
 
420 aa  55.8  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.371639  normal  0.199479 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2886  putative regulatory protein  36.67 
 
 
202 aa  48.1  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00000113276  normal  0.634194 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0564  hypothetical protein  29.88 
 
 
554 aa  48.1  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.19709 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5136  XRE family transcriptional regulator  24.89 
 
 
488 aa  46.2  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.033803 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1379  XRE family transcriptional regulator  25 
 
 
507 aa  45.4  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.464445  normal  0.0167147 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2802  hypothetical protein  28.21 
 
 
537 aa  45.4  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1019  hypothetical protein  28.12 
 
 
288 aa  44.7  0.003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1022  XRE family transcriptional regulator  33.58 
 
 
441 aa  43.5  0.006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.842716  normal  0.936661 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6314  helix-turn-helix domain-containing protein  33.58 
 
 
443 aa  43.5  0.007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>