61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sare_1653 on replicon NC_009953
Organism: Salinispora arenicola CNS-205



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009953  Sare_1653  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
397 aa  788    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0453749  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2638  hypothetical protein  45.62 
 
 
526 aa  235  1.0000000000000001e-60  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316802  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1056  helix-turn-helix domain-containing protein  97.39 
 
 
135 aa  231  2e-59  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.28939  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6440  hypothetical protein  43.68 
 
 
311 aa  173  5.999999999999999e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.401535 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1195  putative transcriptional regulator  36.43 
 
 
441 aa  171  2e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0125  XRE family transcriptional regulator  44.05 
 
 
412 aa  169  8e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.49068  normal  0.97143 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1710  transcriptional regulator, XRE family  37.89 
 
 
420 aa  147  2.0000000000000003e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.371639  normal  0.199479 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0512  transcriptional regulator, XRE family  38.21 
 
 
401 aa  148  2.0000000000000003e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6151  putative transcriptional regulator  31.51 
 
 
449 aa  109  1e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0764047  normal  0.610732 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0466  tetratricopeptide TPR_2  31.94 
 
 
449 aa  101  2e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.924549  normal  0.198291 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1224  regulator  29.49 
 
 
453 aa  97.8  3e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.483288  normal  0.967223 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2889  putative DNA-binding protein  31.01 
 
 
477 aa  93.2  8e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0241549  normal  0.497135 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6883  putative transcriptional regulator  27.25 
 
 
429 aa  92.8  1e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0592787  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1073  hypothetical protein  30.47 
 
 
579 aa  90.1  7e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.542041  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4484  hypothetical protein  29.04 
 
 
447 aa  87.8  3e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1107  hypothetical protein  32.89 
 
 
468 aa  85.9  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.551011  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3660  putative transcriptional regulator  29 
 
 
463 aa  82  0.00000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3448  hypothetical protein  29.33 
 
 
413 aa  82.4  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7319  putative DNA-binding protein  27.8 
 
 
432 aa  79  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000491826  decreased coverage  0.00000000376274 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5210  transcriptional regulator, XRE family  28.86 
 
 
530 aa  79.3  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.035838  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2498  XRE family transcriptional regulator  29.93 
 
 
474 aa  77.8  0.0000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.153795 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8777  transcriptional regulator  29.03 
 
 
469 aa  77.4  0.0000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.756748 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8297  hypothetical protein  30.4 
 
 
452 aa  76.3  0.0000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.512635  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3334  hypothetical protein  26.89 
 
 
524 aa  75.9  0.000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.176126  hitchhiker  0.000765121 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3080  hypothetical protein  31.8 
 
 
398 aa  75.5  0.000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000201414 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4805  hypothetical protein  28.53 
 
 
478 aa  75.5  0.000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0850035  normal  0.646806 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3968  hypothetical protein  30.9 
 
 
457 aa  75.1  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0256959  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1270  hypothetical protein  30.18 
 
 
497 aa  73.6  0.000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.404033  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0731  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  28.11 
 
 
418 aa  70.5  0.00000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00340964  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2899  hypothetical protein  30.37 
 
 
467 aa  70.1  0.00000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.285709  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0037  transcriptional regulator, XRE family  24.86 
 
 
460 aa  68.9  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1959  XRE family transcriptional regulator  28.47 
 
 
461 aa  68.2  0.0000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.24175 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0340  tetratricopeptide domain-containing protein  27.3 
 
 
418 aa  65.5  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.469664  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0702  hypothetical protein  26.43 
 
 
405 aa  65.1  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.554394 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8001  hypothetical protein  36.51 
 
 
487 aa  65.1  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0980  transcriptional regulator, XRE family  27.03 
 
 
445 aa  62  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3992  putative regulatory protein  28.9 
 
 
249 aa  62  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07960  Helix-turn-helix protein  27.32 
 
 
444 aa  61.2  0.00000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1244  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  30.92 
 
 
515 aa  60.1  0.00000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00560  Helix-turn-helix protein  24.83 
 
 
456 aa  60.1  0.00000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.95745 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7529  transcriptional regulator, XRE family  28.16 
 
 
457 aa  59.3  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.381731  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2422  hypothetical protein  38.78 
 
 
510 aa  57.4  0.0000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0414042  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0013  hypothetical protein  26.67 
 
 
418 aa  54.7  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14230  hypothetical protein  27.62 
 
 
433 aa  53.5  0.000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.413871  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0751  helix-turn-helix domain protein  25.76 
 
 
414 aa  52.8  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1019  hypothetical protein  27.99 
 
 
288 aa  52.4  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1379  XRE family transcriptional regulator  27.82 
 
 
507 aa  50.8  0.00004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.464445  normal  0.0167147 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2626  hypothetical protein  22.99 
 
 
519 aa  50.8  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2377  hypothetical protein  30.41 
 
 
437 aa  50.4  0.00005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.169867 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5136  XRE family transcriptional regulator  29.06 
 
 
488 aa  50.1  0.00006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.033803 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1481  transcriptional regulator, XRE family  29.77 
 
 
427 aa  50.4  0.00006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.438769  normal  0.39369 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4641  helix-turn-helix protein  28.66 
 
 
331 aa  49.3  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.640764 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2729  transcriptional regulator, XRE family  25.28 
 
 
431 aa  48.5  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000809201  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2327  hypothetical protein  24.29 
 
 
502 aa  47.8  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.576382  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2542  putative transcriptional regulator, XRE family  43.55 
 
 
277 aa  46.6  0.0008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.259314  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1829  hypothetical protein  23.57 
 
 
519 aa  46.2  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.790785  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1585  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 
124 aa  45.4  0.002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.772364  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4608  hypothetical protein  27.71 
 
 
363 aa  45.1  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10482  transcriptional regulator  36.67 
 
 
140 aa  43.9  0.005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4150  hypothetical protein  39.06 
 
 
96 aa  43.9  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0807  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
176 aa  43.1  0.009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.163665  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>