49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3660 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_3660  putative transcriptional regulator  100 
 
 
463 aa  917    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1073  hypothetical protein  72.19 
 
 
579 aa  620  1e-176  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.542041  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8777  transcriptional regulator  32.09 
 
 
469 aa  150  7e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.756748 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8297  hypothetical protein  33.41 
 
 
452 aa  146  6e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.512635  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4805  hypothetical protein  35.47 
 
 
478 aa  140  4.999999999999999e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0850035  normal  0.646806 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4484  hypothetical protein  32.46 
 
 
447 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1224  regulator  30.77 
 
 
453 aa  134  3.9999999999999996e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.483288  normal  0.967223 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1107  hypothetical protein  30.3 
 
 
468 aa  127  6e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.551011  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2899  hypothetical protein  35.07 
 
 
467 aa  124  5e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.285709  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3968  hypothetical protein  30.28 
 
 
457 aa  112  2.0000000000000002e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0256959  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3448  hypothetical protein  32.56 
 
 
413 aa  104  4e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8001  hypothetical protein  27.24 
 
 
487 aa  101  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3334  hypothetical protein  29.84 
 
 
524 aa  99  2e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.176126  hitchhiker  0.000765121 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7319  putative DNA-binding protein  32.98 
 
 
432 aa  96.7  7e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000491826  decreased coverage  0.00000000376274 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2638  hypothetical protein  30.04 
 
 
526 aa  95.9  2e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316802  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2422  hypothetical protein  32.49 
 
 
510 aa  94.7  3e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0414042  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14230  hypothetical protein  29.71 
 
 
433 aa  93.2  9e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.413871  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1195  putative transcriptional regulator  28.49 
 
 
441 aa  91.3  3e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1998  hypothetical protein  30.08 
 
 
460 aa  89  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.101502  normal  0.104668 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1653  XRE family transcriptional regulator  30.11 
 
 
397 aa  89  2e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0453749  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2889  putative DNA-binding protein  29.35 
 
 
477 aa  87  6e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0241549  normal  0.497135 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3715  hypothetical protein  30.05 
 
 
460 aa  86.3  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000995808  normal  0.471663 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0466  tetratricopeptide TPR_2  30.55 
 
 
449 aa  76.3  0.000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.924549  normal  0.198291 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0125  XRE family transcriptional regulator  27.72 
 
 
412 aa  73.2  0.00000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.49068  normal  0.97143 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3080  hypothetical protein  29.46 
 
 
398 aa  73.2  0.00000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000201414 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3992  putative regulatory protein  30.22 
 
 
249 aa  70.9  0.00000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1959  XRE family transcriptional regulator  26.86 
 
 
461 aa  69.7  0.0000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.24175 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2498  XRE family transcriptional regulator  26.7 
 
 
474 aa  68.6  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.153795 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00560  Helix-turn-helix protein  25 
 
 
456 aa  68.6  0.0000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.95745 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6440  hypothetical protein  32.16 
 
 
311 aa  68.9  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.401535 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0037  transcriptional regulator, XRE family  24.22 
 
 
460 aa  67.8  0.0000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6151  putative transcriptional regulator  29.37 
 
 
449 aa  67.4  0.0000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0764047  normal  0.610732 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5210  transcriptional regulator, XRE family  26.84 
 
 
530 aa  65.9  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.035838  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07960  Helix-turn-helix protein  31.72 
 
 
444 aa  65.1  0.000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0512  transcriptional regulator, XRE family  29.09 
 
 
401 aa  65.1  0.000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2377  hypothetical protein  27.76 
 
 
437 aa  63.9  0.000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.169867 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0751  helix-turn-helix domain protein  28 
 
 
414 aa  55.1  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1244  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  30.3 
 
 
515 aa  53.9  0.000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2538  putative DNA-binding protein  28.41 
 
 
434 aa  53.1  0.00001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0731  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  26.13 
 
 
418 aa  50.4  0.00006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00340964  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6883  putative transcriptional regulator  26.74 
 
 
429 aa  50.4  0.00007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0592787  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1710  transcriptional regulator, XRE family  31.98 
 
 
420 aa  49.7  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.371639  normal  0.199479 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1270  hypothetical protein  25.53 
 
 
497 aa  47.8  0.0005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.404033  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2886  putative regulatory protein  30 
 
 
202 aa  45.8  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00000113276  normal  0.634194 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4641  helix-turn-helix protein  36.84 
 
 
331 aa  45.4  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.640764 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0340  tetratricopeptide domain-containing protein  27.49 
 
 
418 aa  44.7  0.003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.469664  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6759  putative HTH-type transcriptional regulator  28.09 
 
 
427 aa  44.7  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01940  hypothetical protein  31.33 
 
 
360 aa  43.9  0.007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.705916 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2327  hypothetical protein  26.14 
 
 
502 aa  43.9  0.007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.576382  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>