22 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2886 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_2886  putative regulatory protein  100 
 
 
202 aa  389  1e-107  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00000113276  normal  0.634194 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4805  hypothetical protein  40.12 
 
 
478 aa  81.3  0.00000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0850035  normal  0.646806 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8297  hypothetical protein  36.99 
 
 
452 aa  73.6  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.512635  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5210  transcriptional regulator, XRE family  45.79 
 
 
530 aa  68.6  0.00000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.035838  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8777  transcriptional regulator  31.16 
 
 
469 aa  58.2  0.00000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.756748 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0466  tetratricopeptide TPR_2  33.33 
 
 
449 aa  57  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.924549  normal  0.198291 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14230  hypothetical protein  29.11 
 
 
433 aa  57.4  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.413871  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1224  regulator  36.07 
 
 
453 aa  57  0.0000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.483288  normal  0.967223 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4484  hypothetical protein  33.68 
 
 
447 aa  56.2  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2889  putative DNA-binding protein  31.41 
 
 
477 aa  56.2  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0241549  normal  0.497135 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3448  hypothetical protein  36.67 
 
 
413 aa  54.3  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1602  hypothetical protein  44.58 
 
 
221 aa  53.1  0.000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3715  hypothetical protein  35.67 
 
 
460 aa  50.8  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000995808  normal  0.471663 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3334  hypothetical protein  30.95 
 
 
524 aa  50.1  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.176126  hitchhiker  0.000765121 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1959  XRE family transcriptional regulator  27.27 
 
 
461 aa  47.4  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.24175 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6151  putative transcriptional regulator  29.34 
 
 
449 aa  46.2  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0764047  normal  0.610732 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1073  hypothetical protein  30 
 
 
579 aa  45.8  0.0004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.542041  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3660  putative transcriptional regulator  30.41 
 
 
463 aa  45.8  0.0004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00560  Helix-turn-helix protein  27.68 
 
 
456 aa  44.3  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.95745 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7319  putative DNA-binding protein  27.88 
 
 
432 aa  43.5  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000491826  decreased coverage  0.00000000376274 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2899  hypothetical protein  31.55 
 
 
467 aa  42.4  0.005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.285709  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1107  hypothetical protein  30.34 
 
 
468 aa  41.6  0.008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.551011  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>